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- EMDB-64380: Structure of the complex of LGR4_ECD with Norrin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64380
タイトルStructure of the complex of LGR4_ECD with Norrin
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of the complex of LGR4_ECD with Norrin
    • タンパク質・ペプチド: MB52
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: Norrin,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
キーワードLGR4 Norrin / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / metanephric glomerulus development / metanephric nephron tubule morphogenesis / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / retinal rod cell differentiation / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis ...retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / metanephric glomerulus development / metanephric nephron tubule morphogenesis / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / retinal rod cell differentiation / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / ubiquitin-dependent endocytosis / intestinal stem cell homeostasis / glycine metabolic process / retina layer formation / retinal pigment epithelium development / establishment of blood-retinal barrier / endothelial cell differentiation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / microglial cell proliferation / dendritic spine development / establishment of blood-brain barrier / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / vacuole organization / protein targeting to lysosome / male genitalia development / microglia differentiation / bone remodeling / frizzled binding / digestive tract development / lens development in camera-type eye / negative regulation of cold-induced thermogenesis / exploration behavior / negative regulation of cytokine production / optic nerve development / immunoglobulin complex / smoothened signaling pathway / retinal ganglion cell axon guidance / bone mineralization / action potential / decidualization / blood vessel remodeling / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / response to axon injury / tricarboxylic acid cycle / visual perception / glutathione metabolic process / Regulation of FZD by ubiquitination / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway / osteoblast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nervous system development / mitotic cell cycle / : / spermatogenesis / angiogenesis / neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / inflammatory response / innate immune response / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Norrie disease protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Glycoprotein hormone receptor family / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain ...Norrie disease protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Glycoprotein hormone receptor family / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Cystine-knot cytokine / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / : / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Norrin / Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Camelus ferus (フタコブラクダ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Geng Y / Hu FZ / Qiao HR
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the complex of LGR4_ECD with Norrin
著者: Geng Y / Hu FZ / Qiao HR
履歴
登録2025年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64380.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64380.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 548.352 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 548.352 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 548.352 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.172
最小 - 最大-1.0869586 - 1.7673945
平均 (標準偏差)-0.00012791506 (±0.0074427007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 548.352 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_64380_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64380_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64380_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the complex of LGR4_ECD with Norrin

全体名称: Structure of the complex of LGR4_ECD with Norrin
要素
  • 複合体: Structure of the complex of LGR4_ECD with Norrin
    • タンパク質・ペプチド: MB52
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: Norrin,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

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超分子 #1: Structure of the complex of LGR4_ECD with Norrin

超分子名称: Structure of the complex of LGR4_ECD with Norrin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: MB52

分子名称: MB52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Camelus ferus (フタコブラクダ)
分子量理論値: 59.266367 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKIWLALAG LVLAFSASAQ VQLVESGGGL VQTKTTTSVI DTTNDAQNLL TQAQTIVNTL KDYCPILIAK SSSSNGGTNN ANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASDM INNAQKIVQE TQQLSANQPK NITQPHNLNL NSPSSLTALA QKMLKNAQSQ A EILKLANQ ...文字列:
MKKIWLALAG LVLAFSASAQ VQLVESGGGL VQTKTTTSVI DTTNDAQNLL TQAQTIVNTL KDYCPILIAK SSSSNGGTNN ANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASDM INNAQKIVQE TQQLSANQPK NITQPHNLNL NSPSSLTALA QKMLKNAQSQ A EILKLANQ VESDFNKLSS GHLKDYIGKC DASAISSANM TMQNQKNNWG NGCAGVEETQ SLLKTSAADF NNQTPQINQA QN LANTLIQ ELGNNPFRAS GGGSGGGGSG KLSDTYEQLS RLLTNDNGTN SKTSAQAINQ AVNNLNERAK TLAGGTTNSP AYQ ATLLAL RSVLGLWNSM GYAVICGGYT KSPGENNQKD FHYTDENGNG TTINCGGSTN SNGTHSYNGT NTLKADKNVS LSIE QYEKI HEAYQILSKA LKQAGLAPLN SKGEKLEAHV TTSKYGSLRL SCAASGYTYS PYCMGWFRQA PGKAREGVAT VDLDG STIY ADSVKGRFTI SQDNAKNTLY LQMNSLKPED TAMYYCASRT RAGVTCGLNW AIFSYWGQGT QVTVSSHHHH HH

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分子 #2: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4

分子名称: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.397508 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFAAPPL CAAPCSCDGD RRVDCSGKGL TAVPEGLSAF TQALDISMNN ITQLPEDAFK NFPFLEELQL AGNDLSFIH PKALSGLKEL KVLTLQNNQL KTVPSEAIRG LSALQSLRLD ANHITSVPED SFEGLVQLRH LWLDDNSLTE V PVHPLSNL ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFAAPPL CAAPCSCDGD RRVDCSGKGL TAVPEGLSAF TQALDISMNN ITQLPEDAFK NFPFLEELQL AGNDLSFIH PKALSGLKEL KVLTLQNNQL KTVPSEAIRG LSALQSLRLD ANHITSVPED SFEGLVQLRH LWLDDNSLTE V PVHPLSNL PTLQALTLAL NKISSIPDFA FTNLSSLVVL HLHNNKIRSL SQHCFDGLDN LETLDLNYNN LGEFPQAIKA LP SLKELGF HSNSISVIPD GAFDGNPLLR TIHLYDNPLS FVGNSAFHNL SDLHSLVIRG ASMVQQFPNL TGTVHLESLT LTG TKISSI PNNLCQEQKM LRTLDLSYNN IRDLPSFNGC HALEEISLQR NQIYQIKEGT FQGLISLRIL DLSRNLIHEI HSRA FATLG PITNLDVSFN ELTSFPTEGL NGLNQLKLVG NFKLKEALAA KDFVNLRSLS VPYAYQCCAF WGCDSYANLN TEDNS LQDH SVAQEKGTAD AANVTSTLEN EEHSQIIIHC TPSTGAFKPC EYLLGSWMIR LTVWFIFLVA LFFNLLVILT TFASCT SLP SSKLFIGLIS VSNLFMGIYT GILTFLDAVS WGRFAEFGIW WETGSGCKVA GFLAVFSSES AIFLLMLATV ERSLSAK DI MKNGKSNHLK QFRVAALLAF LGATVAGCFP LFHRGEYSAS PLCLPFPTGE TPSLGFTVTL VLLNSLAFLL MAVIYTKL Y CNLEKEDLSE NSQSSMIKHV AWLIFTNCIF FCPVAFFSFA PLITAISISP EIMKSVTLIF FPLPACLNPV LYVFFNPKF KEDWKLLKRR VTKKSGSVSV SISSQGGCLE QDFYYDCGMY SHLQGNLTVC DCCESFLLTK PVSCKHLIKS HSCPALAVAS CQRPEGYWS DCGTQSAHSD YADEEDSFVS DSSDQVQACG RACFYQSRGF PLVRYAYNLP RVKDAAADYK DDDDK

UniProtKB: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4

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分子 #3: Norrin,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

分子名称: Norrin,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.313438 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAKT DSSFIMDSDP RRCMRHHYVD SISHPLYKCS SKMVLLARCE GHCSQASRS EPLVSFSTVL KQPFRSSCHC CRPQTSKLKA LRLRCSGGMR LTATYRYILS CHCEECNSGG SGGSGGLEVL F QGPGGSGG ...文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAKT DSSFIMDSDP RRCMRHHYVD SISHPLYKCS SKMVLLARCE GHCSQASRS EPLVSFSTVL KQPFRSSCHC CRPQTSKLKA LRLRCSGGMR LTATYRYILS CHCEECNSGG SGGSGGLEVL F QGPGGSGG SGGKSCDKTH TCPPCPAPEL LGGPSVFLFP PKPKDTLMIS RTPEVTCVVV DVSHEDPEVK FNWYVDGVEV HN AKTKPRE EQYNSTYRVV SVLTVLHQDW LNGKEYKCKV SNKALPAPIE KTISKAKGQP REPQVYTLPP SRDELTKNQV SLT CLVKGF YPSDIAVEWE SNGQPENNYK ATPPVLDSDG SFFLYSKLTV DKSRWQQGNV FSCSVMHEAL HNHYTQKSLS LSPG KDYKD DDDK

UniProtKB: Norrin, Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1196610
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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