[日本語] English
万見
- EMDB-64376: Plant-TaNNS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64376
タイトルPlant-TaNNS
マップデータ
試料
  • 複合体: TaNNS
    • タンパク質・ペプチド: Protein kinase domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: TaNNS-C
キーワードComplex / Immunity / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to fungus / somatic embryogenesis / brassinosteroid mediated signaling pathway / positive regulation of innate immune response / regulation of growth / post-embryonic development / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase ...: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
non-specific serine/threonine protein kinase / Protein kinase domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Wang L / Zhao J / Yin C / Chi C / Hou S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32472567 中国
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2025
タイトル: Recognition of a phytocytokine by the DEPR1-SERK2 receptor complex confers multi-pathogen resistance in wheat.
著者: Lijun Wang / Jun Zhao / Chuanchun Yin / Hongxu Li / Yanan Xiao / Cuicui Du / Zhaoxi Lu / Yongjian Zhang / Fangshuai Jia / Jiaxin Hao / Jinghui Yan / Yi Zhang / Jian Li / Xinhua Ding / Zhifu ...著者: Lijun Wang / Jun Zhao / Chuanchun Yin / Hongxu Li / Yanan Xiao / Cuicui Du / Zhaoxi Lu / Yongjian Zhang / Fangshuai Jia / Jiaxin Hao / Jinghui Yan / Yi Zhang / Jian Li / Xinhua Ding / Zhifu Han / Haitao Cui / Jijie Chai / Xingwang Deng / Cheng Chi / Shuguo Hou /
要旨: The recognition of plant-derived immunogenic peptides, known as phytocytokines (PCKs), by cell surface receptors triggers immune signaling pathways that bolster basal plant defense against pathogens. ...The recognition of plant-derived immunogenic peptides, known as phytocytokines (PCKs), by cell surface receptors triggers immune signaling pathways that bolster basal plant defense against pathogens. However, little is known about the molecular mechanisms that underlie PCK-mediated immune regulation in wheat. In this study, we identified a wheat PCK, delta-like PCK (DEP), that robustly activates immune responses and confers multi-pathogen resistance. DEP is perceived by the leucine-rich repeat (LRR) receptor kinases (RKs) DEP RECEPTOR 1 (DEPR1) and SOMATIC EMBRYOGENESIS RECEPTOR-LIKE KINASE 2 (SERK2) and triggers DEPR1- and SERK2-dependent immune signaling. Cryogenic electron microscopy structural analysis revealed that DEP2 binds to the extracellular LRR domain of DEPR1 and recruits SERK2 through a disulfide-bond-stabilized loop to promote DEPR1-SERK2 heterodimerization. Furthermore, we showed that the DEP2-DEPR1-SERK2 module confers wheat resistance to Xanthomonas translucens, Fusarium graminearum, and Fusarium pseudograminearum. We also demonstrated that this module enhances wheat resistance to X. translucens by antagonizing abscisic acid signaling. Collectively, our study reveals a novel PCK-mediated immune signaling pathway and suggests a promising strategy for engineering multi-pathogen resistance in wheat.
履歴
登録2025年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_64376.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64376.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.194
最小 - 最大-0.84597236 - 1.4576644
平均 (標準偏差)-0.00007066493 (±0.034269303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_64376_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_64376_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : TaNNS

全体名称: TaNNS
要素
  • 複合体: TaNNS
    • タンパク質・ペプチド: Protein kinase domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: TaNNS-C

-
超分子 #1: TaNNS

超分子名称: TaNNS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The 3.3A resolution structure of wheat immune-related proteins.
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)

-
分子 #1: Protein kinase domain-containing protein

分子名称: Protein kinase domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 61.336746 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: QAADDRQLLI RIKRVWRDPP VLAAWNGSGD HCTWPYVTCD ASGRVTSLSL ANTGVAGPFP DAIGGLSGLT SLDLSGNYLD GELPADIGR ALGKNLTSLM LNGNYFNGTI PTSLSRLKNL QSLALDNNFL AGTIPAELGD LTGLQMLTLA NNSFSVGVLP A SFKNLTQL ...文字列:
QAADDRQLLI RIKRVWRDPP VLAAWNGSGD HCTWPYVTCD ASGRVTSLSL ANTGVAGPFP DAIGGLSGLT SLDLSGNYLD GELPADIGR ALGKNLTSLM LNGNYFNGTI PTSLSRLKNL QSLALDNNFL AGTIPAELGD LTGLQMLTLA NNSFSVGVLP A SFKNLTQL KTFWAAICNL TGDFPSYVAE MRELEVLDLS VNALTGSIPP AIWNLAKLQT MALFANNFTG GVVVADGAFS AV NLVMIDL SSNHRLSGPI PEAFGHLPNL ETLNLYFNNF SGEIPASIGR LPSLVTLSLF RNRLTGRLPP DLGKNSSAGL MYI DVDDNE ISGAIPEGLC ANGKFQSLIA RNNRLNGSIP AGLASCATLN NLMLGNNQLS GEVPEALWTV PQLEYVLLRN NRLS GSLPV KMFINLSTLH IENNQFGGNI PAAAVGLREF IAGNNNFSGE MPASLGKGMP LLQAMNLSGN QLFGGIPSSV AKLRL LTQL DLSRNQLAGE IPAELGAMRV LSALDLSSNK LSGYIPPPLA GLPLTFLNLS SNQLDGQVPA GLATAAYDRS FLGNPG LCH AGLGPRYLTG VRSCAAGS

UniProtKB: Protein kinase domain-containing protein

-
分子 #2: Somatic embryogenesis receptor kinase 1

分子名称: Somatic embryogenesis receptor kinase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 20.076572 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
NTEGDALYSL RQSLKDANNV LQSWDPTLVN PCTWFHVTCN TDNSVIRVDL GNAQLSGALV SQLGQLKNLQ YLELYSNNIS GTIPLELGN LTNLVSLDLY LNKFTGGIPD TLGKLLKLRF LRLNNNSLSG QIPQSLTNIS TLQVLDLSNN NLSGAVPSTG S FSLFTPIS FGNNPNLCGP GTTKPCPGA

UniProtKB: non-specific serine/threonine protein kinase

-
分子 #3: TaNNS-C

分子名称: TaNNS-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
分子量理論値: 2.530781 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
PRGGGSAGAP NGCTNNPKHP PGGKCHG

UniProtKB: Uncharacterized protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57705
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る