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万見
- EMDB-64143: Cryo-EM structure of ClassIII Salivaricin modification enzyme Sal... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64143
タイトルCryo-EM structure of ClassIII Salivaricin modification enzyme SalKC in the presence of SalA
マップデータ
試料
  • 複合体: Dimeric structure of Class III lanthipeptide modification SalKC with AGS and SalA bound to one protomer.
    • タンパク質・ペプチド: SalKC
    • タンパク質・ペプチド: SalA
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードLanthibiotic / RiPPs / LanKC / CryoEM / Antimicrobial peptides / ANTIMICROBIAL PROTEIN
生物種Streptococcus salivarius (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Li Y / Luo M / Shao K
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Structural Basis of Substrate Recognition and Nucleotide Specificity in the Class III-b LanKC Enzyme SalKC.
著者: Yifan Li / Kai Shao / Yicong Li / Bee Koon Gan / Min Luo /
要旨: Lanthipeptides are ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides (RiPPs) with potent antimicrobial functions. Their biosynthesis is carried out by dedicated biosynthetic enzymes, ...Lanthipeptides are ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides (RiPPs) with potent antimicrobial functions. Their biosynthesis is carried out by dedicated biosynthetic enzymes, including the recently described Class III-b LanKC enzymes, which represent a newly defined subclass of trifunctional synthetases. Here, we report the high-resolution cryo-EM structure and biochemical characterization of SalKC from , which catalyzes the maturation of the antimicrobial peptide salivaricin. SalKC adopts a conserved dimeric architecture stabilized by a His36 hotspot, mirroring that of the previously characterized PneKC. Cryo-EM structure resolved to sub-3.0 Å revealed the side chains of the bound leader peptide in atomic detail, allowing clear visualization of a conserved recognition motif and offering new structural insight into peptide engagement. Biochemical assays showed that SalKC prefers ATP over GTP, contrasting with the GTP-preferring PneKC. Structural comparison identified a single amino acid switch: Lys303 in SalKC versus His300 in PneKC, as the key determinant of this specificity. Mutation of Lys303 to histidine reverses nucleotide preference, confirming its functional role. Together, these findings revealed conserved principles and specialized adaptations within Class III-b LanKC enzymes and provided a molecular framework for understanding their substrate and cofactor selectivity.
履歴
登録2025年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64143.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64143.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.9548688 - 2.732432
平均 (標準偏差)-0.00051519653 (±0.061918903)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64143_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64143_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric structure of Class III lanthipeptide modification SalKC w...

全体名称: Dimeric structure of Class III lanthipeptide modification SalKC with AGS and SalA bound to one protomer.
要素
  • 複合体: Dimeric structure of Class III lanthipeptide modification SalKC with AGS and SalA bound to one protomer.
    • タンパク質・ペプチド: SalKC
    • タンパク質・ペプチド: SalA
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Dimeric structure of Class III lanthipeptide modification SalKC w...

超分子名称: Dimeric structure of Class III lanthipeptide modification SalKC with AGS and SalA bound to one protomer.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Streptococcus salivarius (バクテリア)
分子量理論値: 210 KDa

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分子 #1: SalKC

分子名称: SalKC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus salivarius (バクテリア)
分子量理論値: 100.188383 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQYDFSLKDP LFFTLTDDDL TDFSSKYSAP LPYDWHELSN NSEWVNQYPI GFTTERQGWK VHISSDYKHS HEVLEVVSKV CHEFRVVFK YLKTEKVFVL RNGKNIDRGY SGKFITCYPN IESLEGFLKE LERKLKGYTG PYILSDRRWR EAPIYLRYGV F RESIPELE ...文字列:
MQYDFSLKDP LFFTLTDDDL TDFSSKYSAP LPYDWHELSN NSEWVNQYPI GFTTERQGWK VHISSDYKHS HEVLEVVSKV CHEFRVVFK YLKTEKVFVL RNGKNIDRGY SGKFITCYPN IESLEGFLKE LERKLKGYTG PYILSDRRWR EAPIYLRYGV F RESIPELE GNLKSDELLV SGKIIKDIRS PKFIIPEGLE IPEFLEKWLK DIKGDEKSEF PFTIESAIRF SNCGGIYNAT LS SSNKKII LREARPYTGL DFSGEYSTER MKSERRALTI LKDIDGIPNV FWYGKLWEHN FLGVEKMDGI PLNHWLTKNY PLY DSKGKE KYLYRAKNIL KQLISIVERA HKHSVYHQDI HFGNILIDRS DRLSLIDWEQ VRFDNSKMVE QKMAAPGYGS WIDD YPSKI DWYGVKQIAH YLYFPLIEQT SLVLGYDQQT FKVAHRNFVE MGYSDTDIKN MEVIINALDN KCSTFDNLSE KKILK PCLN NLVINSKADI NDFASRLGKG LLTISDEWKR KYKNKRIFPV HYYGLKINQG IAFSDLGILL SYKKLIDLLS DKVDNS YEE IKNLAIQTAI AKFRDDSPGL LDGMSGTIWI IHELGEKQLA IDLFRKYYSE MLRKSSEKNI YSGTAGILLV GLYLISQ HN DLSIKELIIS DMNLFADNYL FNPSDFCKVG VGDTNSNDPY EADSGLLFGH TGIGWLFGEA YRYTKNSKFL KCLNLAIE S ELVAYEKDDF DRLQYNQGKR LLPYLSTGSA GLLLLISRNK EFLQNSVLNN CHYLEKAVSP NFCVFPGIAN GMCGLFLSK NLYKSNINYV QQCKELIRCL ETYLCVVEDG FALAGDSGLK LTTDISTGTA GIILTLVSLR NGKLELLPSV Q

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分子 #2: SalA

分子名称: SalA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus salivarius (バクテリア)
分子量理論値: 1.792164 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLEEVLKLQL MDAKE

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分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mM(HOCH2)3CNH2Tris

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
粒子像選択選択した数: 2440874
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 493047
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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画像解析 #2

Image processing ID2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 493047
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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