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万見
- EMDB-64088: The structure of FIPV RBD and cat APN complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64088
タイトルThe structure of FIPV RBD and cat APN complex
マップデータ
試料
  • 複合体: The structure of FIPV RBD and cat APN complex
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Aminopeptidase N
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードprotein / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane alanyl aminopeptidase / alanyl aminopeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / angiotensin maturation / virus receptor activity / angiogenesis / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cell differentiation / receptor-mediated virion attachment to host cell ...membrane alanyl aminopeptidase / alanyl aminopeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / angiotensin maturation / virus receptor activity / angiogenesis / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cell differentiation / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / : / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase ...Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Aminopeptidase N
類似検索 - 構成要素
生物種Feline infectious peritonitis virus (strain 79-1146) (ウイルス) / Felis catus (イエネコ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Sun JQ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32270157 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of FIPV RBD and cat APN complex
著者: Sun JQ
履歴
登録2025年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月7日-
マップ公開2026年1月7日-
更新2026年1月7日-
現状2026年1月7日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64088.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64088.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 400 pix.
= 276. Å		0.69 Å/pix.
x 400 pix.
= 276. Å		0.69 Å/pix.
x 400 pix.
= 276. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.111
最小 - 最大-0.43334478 - 0.90824646
平均 (標準偏差)-0.00033267387 (±0.026850155)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 276.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64088_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64088_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The structure of FIPV RBD and cat APN complex

全体名称: The structure of FIPV RBD and cat APN complex
要素
  • 複合体: The structure of FIPV RBD and cat APN complex
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Aminopeptidase N
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: The structure of FIPV RBD and cat APN complex

超分子名称: The structure of FIPV RBD and cat APN complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Feline infectious peritonitis virus (strain 79-1146) (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Feline infectious peritonitis virus (strain 79-1146) (ウイルス)
分子量理論値: 19.159557 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
TANLNNGFYP VASSEVGFVN KSVVLLPSFF TYTAVNITID LGMKLSGYGQ PIASTLSNIT LPMQDNNTDV YCIRSNQFSV YVHSTCKSS LWDNIFNQDC TDVLEATAVI KTGTCPFSFD KLNNYLTFNK FCLSLSPVGA NCKFDVAART RTNEQVVRSL Y VIYEEGDN IVGVPS

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Aminopeptidase N

分子名称: Aminopeptidase N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: membrane alanyl aminopeptidase
由来(天然)生物種: Felis catus (イエネコ)
分子量理論値: 105.928375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EKNRSTESST AASTAAPTGP TTTVATTLDQ SKPWNVYRLP KTLIPDSYNV TLRPYLTPNN KGLYVFTGTN IVRFTCKEST NIVIIHSKR LNYTSHQGHM VALSGVGGFH PQPVIVRTEL VELTEYLVVH LQEPLVAGRQ YEMNSEFQGE LADDLAGFYR S EYMENGVK ...文字列:
EKNRSTESST AASTAAPTGP TTTVATTLDQ SKPWNVYRLP KTLIPDSYNV TLRPYLTPNN KGLYVFTGTN IVRFTCKEST NIVIIHSKR LNYTSHQGHM VALSGVGGFH PQPVIVRTEL VELTEYLVVH LQEPLVAGRQ YEMNSEFQGE LADDLAGFYR S EYMENGVK KVLATTHMQA TEARKSFPCF DEPAMKATFN ITIIHPNNLV ALSNMLPRGP SVPFGEDPTW KVTEFETTPI MS TYLLAYI VSEFSYVETR APSGVLIRIW ARPSAINQGH GDYALKVTGP ILDFFSQHYD TPYPLNKSDQ IALPDFNAGA MEN WGLVTY RESALLYDRQ SSSSGNQERV VTVIAHELAH QWFGNLVTLE WWNDLWLNEG FASYVEYLGA DFAEPTWNLK DLMV LNDVY RVMAVDALAS SHPLSTPASE INTPAQISEV FDSISYSKGA SVLRMLSNFL TEDLFKMGIA SYLHTYKYGN TIYLN LWEH LQQVVDKQPT IKLPDTVSAI MDRWILQMGF PVITVDTQTG TISQQHFLLD PQSVVTRPSQ FNYLWIVPIS SVRSGS PQA HYWLPGVEKA QNDLFKTTAN DWVLLNLNVT GYYLVNYDNE NWKKIQTQLQ TDLSVIPVIN RAQVIHDAFN LASAQKV PV TLALNNTLFL IQETEYMPWQ AALSSLSYFK LMFDRSEVYG PMKRYLKKQV TPLFNHFERV TKNWTDHPQT LMDQYSEI N AVSTACSYGV PECEKLAATL FAQWKKNPQN NPIHPNLRST VYCNAIAQGG EEEWNFVWEQ FLKAELVNEA DKLRGALAC SNQVWILNRF LSYTLDPNLI RKQDVTSTLS SISSNVVGQT LVWDFVQSNW KKLFQDYGTG SFSFSNLIQA VTRRFSTEFE LQQLEQFKK NNMDTGFGSA TRALEQALEK TKANLKWVKE NKDVVLRWFT ENS

UniProtKB: Aminopeptidase N

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 302929
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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