EMDB-64073: Cryo-EM structure of the human G6P transporter SLC37A2 in the G6P...

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登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-64073

タイトル

Cryo-EM structure of the human G6P transporter SLC37A2 in the G6P bound state with a symmetric cytosolic-open conformation.

マップデータ

試料

複合体: SLC37A2
- タンパク質・ペプチド: Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A2
リガンド: 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose
リガンド: water

キーワード

Transporter / G6P / MFS / ER membrane / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose 6-phosphate:phosphate antiporter activity / glucose-6-phosphate transport / Gluconeogenesis / phosphate ion transmembrane transport / endoplasmic reticulum membrane / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Sun L / Liu X / Lai Q

資金援助

中国, 4件

Organization	Grant number	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32471279	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32322041	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32321001	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	W2412029	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the human G6P transporter SLC37A2 in the G6P bound state with a symmetric cytosolic-open conformation.
著者: Sun L / Liu X / Lai Q

履歴

登録	2025年4月7日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年11月5日	-
マップ公開	2025年11月5日	-
更新	2025年11月5日	-
現状	2025年11月5日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_64073.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_64073.map.gz	59.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-64073-v30.xml emd-64073.xml	16.2 KB 16.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_64073_fsc.xml	8.4 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_64073.png	68.9 KB
Filedesc metadata	emd-64073.cif.gz	5.6 KB
その他	emd_64073_half_map_1.map.gz emd_64073_half_map_2.map.gz	59.3 MB 59.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-64073 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-64073	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_64073_validation.pdf.gz	875.4 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_64073_full_validation.pdf.gz	874.9 KB	表示
XML形式データ	emd_64073_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_64073_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-64073 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-64073	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9udwMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (6) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_64073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.1 Å/pix. x 256 pix. = 281.6 Å	1.1 Å/pix. x 256 pix. = 281.6 Å	1.1 Å/pix. x 256 pix. = 281.6 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.1 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.3
最小 - 最大	-1.5241427 - 2.1110015
平均 (標準偏差)	-0.0007110726 (±0.045766495)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_64073_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_64073_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : SLC37A2

全体	名称: SLC37A2
要素	複合体: SLC37A2 タンパク質・ペプチド: Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A2 リガンド: 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose リガンド: water

-
超分子 #1: SLC37A2

超分子	名称: SLC37A2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A2

分子	名称: Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 54.477105 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: MRSSLAPGVW FFRAFSRDSW FRGLILLLTF LIYACYHMSR KPISIVKSRL HQNCSEQIKP INDTHSLNDT MWCSWAPFDK DNYKELLGG VDNAFLIAYA IGMFISGVFG ERLPLRYYLS AGMLLSGLFT SLFGLGYFWN IHELWYFVVI QVCNGLVQTT G WPSVVTCV ...文字列: MRSSLAPGVW FFRAFSRDSW FRGLILLLTF LIYACYHMSR KPISIVKSRL HQNCSEQIKP INDTHSLNDT MWCSWAPFDK DNYKELLGG VDNAFLIAYA IGMFISGVFG ERLPLRYYLS AGMLLSGLFT SLFGLGYFWN IHELWYFVVI QVCNGLVQTT G WPSVVTCV GNWFGKGKRG FIMGIWNSHT SVGNILGSLI AGIWVNGQWG LSFIVPGIIT AVMGVITFLF LIEHPEDVDC AP PQHHGEP AENQDNPEDP GNSPCSIRES GLETVAKCSK GPCEEPAAIS FFGALRIPGV VEFSLCLLFA KLVSYTFLYW LPL YIANVA HFSAKEAGDL STLFDVGGII GGIVAGLVSD YTNGRATTCC VMLILAAPMM FLYNYIGQDG IASSIVMLII CGGL VNGPY ALITTAVSAD LGTHKSLKGN AKALSTVTAI IDGTGSIGAA LGPLLAGLIS PTGWNNVFYM LISADVLACL LLCRL VYKE ILAWKVSLSR GSGYKEI UniProtKB: Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A2

-
分子 #2: 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose

分子	名称: 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: G6P
分子量	理論値: 260.136 Da
Chemical component information	ChemComp-G6P: 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose

-
分子 #3: water

分子	名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量	理論値: 18.015 Da
Chemical component information	ChemComp-HOH: WATER

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: NONE
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1) / 使用した粒子像数: 68003
初期角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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超分子 #1: SLC37A2

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分子 #2: 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose

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分子 #3: water

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-全体 : SLC37A2

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-分子 #1: Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A2

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