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基本情報
| 登録情報 | ![]() | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | CysLTR2-LTD4-miniGq complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | GPCR / complex / lipids / receptor / LIPID BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / LIPID BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報cysteinyl leukotriene receptor activity / leukotriene receptor activity / Leukotriene receptors / LTC4-CYSLTR mediated IL4 production / galanin receptor activity / neuropeptide signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta ...cysteinyl leukotriene receptor activity / leukotriene receptor activity / Leukotriene receptors / LTC4-CYSLTR mediated IL4 production / galanin receptor activity / neuropeptide signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / G beta:gamma signalling through BTK / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / extracellular vesicle / sensory perception of taste / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / fibroblast proliferation / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang C / Liu H | |||||||||
| 資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: CysLTR2-LTD4-miniGq Complex 著者: Wang C / Liu H | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
|---|
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_63986.map.gz | 97.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-63986-v30.xml emd-63986.xml | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| 画像 | emd_63986.png | 132.2 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-63986.cif.gz | 7 KB | ||
| その他 | emd_63986_half_map_1.map.gz emd_63986_half_map_2.map.gz | 95.7 MB 95.7 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-63986 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-63986 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 9uanMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
|---|---|
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
-
リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_63986.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_63986_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_63986_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : CysLTR2-LTD4-miniGq complex
| 全体 | 名称: CysLTR2-LTD4-miniGq complex |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: CysLTR2-LTD4-miniGq complex
| 超分子 | 名称: CysLTR2-LTD4-miniGq complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3-#5 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Beta-2 adrenergic receptor,Cysteinyl leukotriene receptor 2,Oplop...
| 分子 | 名称: Beta-2 adrenergic receptor,Cysteinyl leukotriene receptor 2,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit,Cysteinyl leukotriene receptor 2,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase ...名称: Beta-2 adrenergic receptor,Cysteinyl leukotriene receptor 2,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit,Cysteinyl leukotriene receptor 2,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit,Cysteinyl leukotriene receptor 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
| 分子量 | 理論値: 66.958734 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MATMDSKGSS QKGSRLLLLL VVSNLLLCQG VVSDYKDDDD GQPGNGSAFL LAPNGSHAPD HNVTQQRDEE NLYFQGVDME RKFMSLQPS ISVSEMEPNG TFSNNNSRNC TIENFKREFF PIVYLIIFFW GVLGNGLSIY VFLQPYKKST SVNVFMLNLA I SDLLFIST ...文字列: MATMDSKGSS QKGSRLLLLL VVSNLLLCQG VVSDYKDDDD GQPGNGSAFL LAPNGSHAPD HNVTQQRDEE NLYFQGVDME RKFMSLQPS ISVSEMEPNG TFSNNNSRNC TIENFKREFF PIVYLIIFFW GVLGNGLSIY VFLQPYKKST SVNVFMLNLA I SDLLFIST LPFRADYYLR GSNWIFGDLA CRIMSYSLYV NMYSSIYFLT VLSVVRFLAM VHPFRLLHVT SIRSAWILCG II WILIMAS SIMLLDSGSE QNGSVTSCLE LNLYKIAKLQ TMNYIALVVG CLLPFFTLSI CYLLIIRVLL KVEVPESGLR VSH RKALTT IIITLIIFFL CFLPYHTLRT VHLTTWKVGL CKDRLHKALV ITLALAAANA CFNPLLYYFA GENFKDRLKS ALRK GHPQK AKTKCVFPVS VWLRKETRVA AAVFTLEDFV GDWEQTAAYN LDQVLEQGGV SSLLQNLAVS VTPIQRIVRS GENAL KIDI HVIIPYEGLS ADQMAQIEEV FKVVYPVDDH HFKVILPYGT LVIDGVTPNM LNYFGRPYEG IAVFDGKKIT VTGTLW NGN KIIDERLITP DGSMLFRVTI NSHHHHHHHH UniProtKB: Cysteinyl leukotriene receptor 2 |
-分子 #2: miniGq
| 分子 | 名称: miniGq / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 56.211551 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MGSTVSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA ...文字列: MGSTVSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA RYTTPEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRKEFV DISTASGDGR HICYPHFTCS VDTENARRIF NDCKDIILQM NL REYNLVM GSTVSAEDKA AAERSKMIDK NLREDGEKAR RTLRLLLLGA DNSGKSTIVK QMRILHGGSG GSGGTSGIFE TKF QVDKVN FHMFDVGAQR DERRKWIQCF NDVTAIIFVV DSSDYNRLQE ALNDFKSIWN NRWLRTISVI LFLNKQDLLA EKVL AGKSK IEDYFPEFAR YTTPEDATPE PGEDPRVTRA KYFIRKEFVD ISTASGDGRH ICYPHFTCSV DTENARRIFN DCKDI ILQM NLREYNLV |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
| 分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 41.729582 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR ...文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR FLDDNQIVTS SGDTTCALWD IETGQQTTTF TGHTGDVMSL SLAPDTRLFV SGACDASAKL WDVREGMCRQ TF TGHESDI NAICFFPNGN AFATGSDDAT CRLFDLRADQ ELMTYSHDNI ICGITSVSFS KSGRLLLAGY DDFNCNVWDA LKA DRAGVL AGHDNRVSCL GVTDDGMAVA TGSWDSFLKI WNGGSGGGGS GGSSSGGVSG WRLFKKIS UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
| 分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 7.432554 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: ASNNTASIAQ ARKLVEQLKM EANIDRIKVS KAAADLMAYC EAHAKEDPLL TPVPASENPF REKKFFC UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #5: scFv16
| 分子 | 名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 28.551732 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS SGGGGSGGGG SGGGSSDIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR S SKSLLHSN ...文字列: VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS SGGGGSGGGG SGGGSSDIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR S SKSLLHSN GNTYLYWFLQ RPGQSPQLLI YRMSNLASGV PDRFSGSGSG TAFTLTISRL EAEDVGVYYC MQHLEYPLTF GA GTKLELK AAAENLYFQG HHHHHHHH |
-分子 #6: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
| 分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: Y01 |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 486.726 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-Y01: |
-分子 #7: (5~{S},6~{R},7~{E},9~{E},11~{Z},14~{Z})-6-[(2~{R})-2-azanyl-3-(2-...
| 分子 | 名称: (5~{S},6~{R},7~{E},9~{E},11~{Z},14~{Z})-6-[(2~{R})-2-azanyl-3-(2-hydroxy-2-oxoethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-5-oxidanyl-icosa-7,9,11,14-tetraenoic acid タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: LTD |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 496.66 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-LTD: |
-分子 #8: CHOLESTEROL
| 分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: CLR |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 386.654 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
| 緩衝液 | pH: 7.5 |
|---|---|
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5000 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 倍率(補正後): 10500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 10500 |
| 試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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キーワード
Homo sapiens (ヒト)
データ登録者
中国, 1件
引用





















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解析
FIELD EMISSION GUN
