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- EMDB-63982: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutral... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63982
タイトルNipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 1D6
マップデータ
試料
  • 複合体: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 1D6
    • 複合体: Nipah virus fusion glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: 1D6 VH
      • タンパク質・ペプチド: 1D6 VH
    • 複合体: 1D6 VL
      • タンパク質・ペプチド: 1D6-VL
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
キーワードHenipavirus / Fusion glycoprotein / Antibody / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Henipavirus nipahense (ウイルス) / Macaca (オナガザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Fan PF / Ren Y / Yu CM / Chen W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other governmentJCKY2020802B001 中国
引用ジャーナル: Adv Sci (Weinh) / 年: 2025
タイトル: Potent Cross-neutralizing Antibodies Reveal Vulnerabilities of Henipavirus Fusion Glycoprotein.
著者: Yi Ren / Pengfei Fan / Xinghai Zhang / Ting Fang / Zhengshan Chen / Yanfeng Yao / Xiangyang Chi / Guanying Zhang / Xiaofan Zhao / Bingjie Sun / Fangxu Li / Zixuan Liu / Zhenwei Song / Baoyue ...著者: Yi Ren / Pengfei Fan / Xinghai Zhang / Ting Fang / Zhengshan Chen / Yanfeng Yao / Xiangyang Chi / Guanying Zhang / Xiaofan Zhao / Bingjie Sun / Fangxu Li / Zixuan Liu / Zhenwei Song / Baoyue Zhang / Cheng Peng / Entao Li / Yilong Yang / Jianmin Li / Sandra Chiu / Changming Yu /
要旨: Hendra and Nipah viruses (HNVs), zoonotic paramyxoviruses with >50% case fatality rates, cause fatal encephalitis and respiratory disease, yet lack approved therapies. Here, nine rhesus-derived ...Hendra and Nipah viruses (HNVs), zoonotic paramyxoviruses with >50% case fatality rates, cause fatal encephalitis and respiratory disease, yet lack approved therapies. Here, nine rhesus-derived monoclonal antibodies (mAbs) targeting the fusion glycoprotein (F) prefusion conformation are developed. Four mAbs exhibit first-rate cross-neutralization against HNVs, with two showing synergistic potency when combined with attachment glycoprotein (G)-specific mAbs. Single-dose administration of mAbs confers robust protection against lethal Nipah virus challenge in hamsters. Structural insights reveal that 8 of the 9 potent mAbs adopt a human IGHV4-59-like framework with protruding CDRH3 loops, forming pushpin-shaped paratopes that stabilize the prefusion F-trimer by occupying vulnerable interprotomer cavities. Systematic mutational profiling identifies 14 prefusion-locking residues within the F ectodomain, classified as i) structural linchpins governing fusogenicity or ii) immunodominant hotspots targeted by cross-neutralizing mAbs. This work delivers promising therapeutic candidates against HNVs and provides blueprints for the rational design of antibodies and vaccines targeting viral fusion machinery.
履歴
登録2025年3月31日-
置き換え2025年4月9日ID: EMD-38499
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63982.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63982.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 460 pix.
= 340.4 Å		0.74 Å/pix.
x 460 pix.
= 340.4 Å		0.74 Å/pix.
x 460 pix.
= 340.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.188
最小 - 最大-1.9812429 - 4.226046
平均 (標準偏差)0.00001417722 (±0.08051938)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 340.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63982_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63982_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutral...

全体名称: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 1D6
要素
  • 複合体: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 1D6
    • 複合体: Nipah virus fusion glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: 1D6 VH
      • タンパク質・ペプチド: 1D6 VH
    • 複合体: 1D6 VL
      • タンパク質・ペプチド: 1D6-VL
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutral...

超分子名称: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 1D6
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: Nipah virus fusion glycoprotein

超分子名称: Nipah virus fusion glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)

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超分子 #3: 1D6 VH

超分子名称: 1D6 VH / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)

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超分子 #4: 1D6 VL

超分子名称: 1D6 VL / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)

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分子 #1: 1D6-VL

分子名称: 1D6-VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 11.247248 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
PVLTQPPSAS EAARKSVTIS CSGSSSNIGS NSVSWYQQLP GTALKLLISY NDQRASGVSD RFSGSKSGTS ASLAISGLQT EDEADYYCA AWDDSLSGPV FGGGTRLTVL

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分子 #2: 1D6 VH

分子名称: 1D6 VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 13.690283 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGASIS SYWWGWIRQP PGKGLEWIAD IYPNSGSTNY NPSLKSRVTN SKDASKNQFS LKLSSVTAA DTAMYYCARA PRGYSYSYVF GHRFDVWGPG VLVTVS

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分子 #3: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)
分子量理論値: 49.473598 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ILHYEKLSKI GLVKGVTRKY KIKSNPLTKD IVIKMIPNVS NMSQCTGSVM ENYKTRLNGI LTPIKGALEI YKNNTHDLVG DVRLAGVIM AGVAIGIATA AQITAGVALY EAMKNADNIN KLKSSIESTN EAVVKLQETA EKTVYVLTAL QDYINTNLVP T IDKISCKQ ...文字列:
ILHYEKLSKI GLVKGVTRKY KIKSNPLTKD IVIKMIPNVS NMSQCTGSVM ENYKTRLNGI LTPIKGALEI YKNNTHDLVG DVRLAGVIM AGVAIGIATA AQITAGVALY EAMKNADNIN KLKSSIESTN EAVVKLQETA EKTVYVLTAL QDYINTNLVP T IDKISCKQ TELSLDLALS KYLSDLLFVF GPNLQDPVSN SMTIQAISQA FGGNYETLLR TLGYATEDFD DLLESDSITG QI IYVDLSS YYIIVRVYFP ILTEIQQAYI QELLPVSFNN DNSEWISIVP NFILVRNTLI SNIEIGFCLI TKRSVICNQD YAT PMTNNM RECLTGSTEK CPRELVVSSH VPRFALSNGV LFANCISVTC QCQTTGRAIS QSGEQTLLMI DNTTCPTAVL GNVI ISLGK YLGSVNYNSE GIAIGPPVFT DKVDISSQIS SMNQSLQQSK DYIKE

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 553 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 137 mM NaCl, 2.7mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 47.51 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1141629
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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