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万見
- EMDB-63962: Cryo-EM structure of Oryza sativa phosphate transporter SPDT -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63962
タイトルCryo-EM structure of Oryza sativa phosphate transporter SPDT
マップデータmap
試料
  • 複合体: Structure of SPDT in GDN
    • タンパク質・ペプチド: SULTR-like phosphorus distribution transporter
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードphosphate transport / SPDT / SLC26 / SULTR / cryo-EM / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary active sulfate transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SULTR-like phosphorus distribution transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. indica (イネ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Fang S / Zhang X / Zhang P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32025020 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Molecular mechanism underlying phosphate distribution by SULTR family transporter SPDT in .
著者: Sunzhenhe Fang / Yang Zhao / Xue Zhang / Fang Yu / Peng Zhang /
要旨: Phosphorus (P) limitation severely affects crop yields. To address the molecular basis of inorganic phosphate (Pi) specific transport within the sulfate transporter (SULTR) family, we determined the ...Phosphorus (P) limitation severely affects crop yields. To address the molecular basis of inorganic phosphate (Pi) specific transport within the sulfate transporter (SULTR) family, we determined the cryo-electron microscopy structures of SULTR-like phosphorus distribution transporter (OsSPDT), a key Pi transporter for grain allocation, in apo- and Pi-binding states. OsSPDT forms a domain-swapped homodimer with each protomer containing an N-terminal domain (NTD), a transmembrane domain (TMD) divided into core and gate subdomains, and a C-terminal sulfate transporter and antisigma factor (STAS) domain. The structure adopts a cytoplasm-facing conformation with Pi coordinated at the core-gate interface. Key residues, including SPDT-unique Ser, mediate Pi specificity within the binding pocket, distinguishing it evolutionarily from sulfate transporters within the SULTR family. Domain-swapping and mutational studies demonstrate functional interdependence of the NTD, TMD, and STAS domains. This work elucidates Pi selectivity in plant SULTR transporters and provides a molecular basis for developing low-phytate rice via OsSPDT gene editing.
履歴
登録2025年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63962.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63962.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 280 pix.
= 260.96 Å		0.93 Å/pix.
x 280 pix.
= 260.96 Å		0.93 Å/pix.
x 280 pix.
= 260.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.86
最小 - 最大-3.9524183 - 6.448712
平均 (標準偏差)0.0025323457 (±0.15220515)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 260.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half a

ファイルemd_63962_half_map_1.map
注釈half a
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half b

ファイルemd_63962_half_map_2.map
注釈half b
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of SPDT in GDN

全体名称: Structure of SPDT in GDN
要素
  • 複合体: Structure of SPDT in GDN
    • タンパク質・ペプチド: SULTR-like phosphorus distribution transporter
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: Structure of SPDT in GDN

超分子名称: Structure of SPDT in GDN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Oryza sativa subsp. indica (イネ)

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分子 #1: SULTR-like phosphorus distribution transporter

分子名称: SULTR-like phosphorus distribution transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa subsp. indica (イネ)
分子量理論値: 72.05418 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MVVNNKVDSL SYDVEAPPAQ APTTPAVVSA PPTPRGEAPA MTTTAAAELH KVSVPERRST AKALRQRLAE VFFPDDPLHQ FKNQSSARR LVLALQYFFP IFHWGSDYSL RLLRSDVVSG LTIASLAIPQ GISYAKLANL PPIIGLYSSF VPPLIYSLLG S SRDLAVGP ...文字列:
MVVNNKVDSL SYDVEAPPAQ APTTPAVVSA PPTPRGEAPA MTTTAAAELH KVSVPERRST AKALRQRLAE VFFPDDPLHQ FKNQSSARR LVLALQYFFP IFHWGSDYSL RLLRSDVVSG LTIASLAIPQ GISYAKLANL PPIIGLYSSF VPPLIYSLLG S SRDLAVGP VSIASLVMGS MLRQAVSPDQ EPILYLQLAF TSTFFAGVFQ ASLGFLRLGF IVDFLSKATL TGFMGGAAII VS LQQLKGL LGIIHFTSQM GFVQVMHSVF KHHDEWAWQT ILMGVAFLAV LLTTRHISAR NPKLFWVSAA APLTSVIIST IIS FVSKAH GISVIGDLPK GLNPPSANML TFSGSYVGLA LNTGIMTGIL SLTEGIAVGR TFASINNYQV DGNKEMMAIG VMNM AGSCA SCYVTTGSFS RSAVNYSAGC KTAVSNIVMA SAVLVTLLFL MPLFHYTPNV ILSAIIITAV IGLIDVRGAA RLWKV DKLD FLACMAAFLG VLLVSVQMGL AIAVGISLFK ILLQVTRPNM VVKGVVPGTA SYRSMAQYRE AMRVPSFLVV GVESAI YFA NSMYLGERIM RFLREEDERA AKCNQCPVRC IILDMSAVAA IDTSGLDALA ELKKVLEKRN IELVLANPVG SVTERLY NS VVGKTFGSDR VFFSVAEAVA AAPHKTQP

UniProtKB: SULTR-like phosphorus distribution transporter

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分子 #2: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 314767
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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