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- EMDB-63833: Cryo-EM structure of spMETTL16 in complex with U6 snRNA_delta17 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63833
タイトルCryo-EM structure of spMETTL16 in complex with U6 snRNA_delta17
マップデータProcessed by DeepEMhancer.
試料
  • 複合体: Schizosaccharomyces pombe N6-methyladenosine methyltransferase METTL16 in complex with U6 snRNA_delta17
    • RNA: U6 small nuclear RNA
    • タンパク質・ペプチド: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
キーワードm6A methyltransferase / U6 snRNA / protein-RNA complex / splicing / TRANSFERASE / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / rRNA base methylation / mRNA splicing, via spliceosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase METTL16/PsiM / RNA methyltransferase / METTL16/RlmF family / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ju J / Tomita K
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H00368 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structures and mechanisms of U6 snRNA mA modification by METTL16.
著者: Jue Ju / Kozo Tomita /
要旨: The N-methyladenosine (mA) modification in U6 snRNA, catalyzed by METTL16 using S-adenosylmethionine (SAM) as the methyl donor, is required for efficient and accurate pre-mRNA splicing. However, the ...The N-methyladenosine (mA) modification in U6 snRNA, catalyzed by METTL16 using S-adenosylmethionine (SAM) as the methyl donor, is required for efficient and accurate pre-mRNA splicing. However, the mechanism by which METTL16 modifies U6 snRNA with mA remains elusive. Here, we present cryo-EM structures of METTL16 in complex with U6 snRNA, providing insights into the METTL16-mediated modification of U6 snRNA with mA. The structures reveal that U6 snRNA is recruited to METTL16 through specific interactions between the C-terminal kinase-associated 1 (KA-1) domain of METTL16 and the internal stem-loop (ISL) of U6 snRNA. Upon SAM binding to the catalytic pocket within the N-terminal methyltransferase domain (MTD), U6 snRNA undergoes a structural rearrangement that positions the target adenine-containing motif at the catalytic site. This conformational change is followed by an additional structural adjustment of U6 snRNA into a productive conformation, bringing the target adenosine closer to SAM within the catalytic pocket and thereby ensuring efficient mA modification. The KA-1 domain functions as a scaffold for initial substrate recognition and facilitates the subsequent dynamic methylation process within the MTD, highlighting the cooperative roles of METTL16 domains for U6 snRNA modification.
履歴
登録2025年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63833.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63833.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Processed by DeepEMhancer.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0411
最小 - 最大-0.0017254734 - 2.4385934
平均 (標準偏差)0.0006548961 (±0.01923361)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63833_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63833_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63833_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Schizosaccharomyces pombe N6-methyladenosine methyltransferase ME...

全体名称: Schizosaccharomyces pombe N6-methyladenosine methyltransferase METTL16 in complex with U6 snRNA_delta17
要素
  • 複合体: Schizosaccharomyces pombe N6-methyladenosine methyltransferase METTL16 in complex with U6 snRNA_delta17
    • RNA: U6 small nuclear RNA
    • タンパク質・ペプチド: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase

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超分子 #1: Schizosaccharomyces pombe N6-methyladenosine methyltransferase ME...

超分子名称: Schizosaccharomyces pombe N6-methyladenosine methyltransferase METTL16 in complex with U6 snRNA_delta17
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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分子 #1: U6 small nuclear RNA

分子名称: U6 small nuclear RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 26.476871 KDa
配列文字列:
GGUCAAAUUG AAACGAUACA GAGAAGAUUA GCAUGGCCCC UGCACAAGGA UGACACUGCG ACAUUGAGAG AAAACCCAUU UU

GENBANK: GENBANK: 3JB9_N

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分子 #2: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase

分子名称: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Residues MET A -22 to SER A 0 are expression tags. MET A 1 to PHE A 23 are part of the protein sequence, based on publication (DOI: 10.1038/s41467-021-23457-6).
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: U6 snRNA m6A methyltransferase
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: ED668
分子量理論値: 48.442223 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTDKTDI INFDSLARDY PDLRSFVKNG RIDFWNEDAI RTLGKAILDR DYSLRVEFPE NRLCPMVPN RATYIRYIHD LLSSTSGQKD KKRIIGLDIG TGASCIYPLL GCRMYSYDFV GTEIDKFSFE TAKSNILQNN M ESQIKIVL ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTDKTDI INFDSLARDY PDLRSFVKNG RIDFWNEDAI RTLGKAILDR DYSLRVEFPE NRLCPMVPN RATYIRYIHD LLSSTSGQKD KKRIIGLDIG TGASCIYPLL GCRMYSYDFV GTEIDKFSFE TAKSNILQNN M ESQIKIVL RSKQDCLLPD TEGMEEFTFV MCNPPFYEHE EDFINFKQNP PSGVCTGVYH EMVTEGGEVG FANKILTESK KR KGIQWYT CMFGKKSSVP AVVDKLREQN ISNYGIYELA LGKTKRWIIC WSFQAMRPHN ELIRPSSTSL SKYFPHKVLQ NWT LDPELC AQIDDILQKF LDDNKIPWSK KGSVLEISTK SITWSRKARR ISKSQTSVSS LEGQMKCELN VIDNQLQCKW IEGY DYNVY ESFCSALARA LRDNKK

UniProtKB: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6010 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4868850
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / 使用した粒子像数: 173139
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-9u47:
Cryo-EM structure of spMETTL16 in complex with U6 snRNA_delta17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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