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万見
- EMDB-63754: CryoEM structure of a transmembrane protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63754
タイトルCryoEM structure of a transmembrane protein
マップデータlocal refinement with transmembrane domain mask
試料
  • 複合体: Heteromeric Kir4.1/5.1 channel in complex with VU0134992 in curly form
    • タンパク質・ペプチド: Inward rectifier potassium channel 16
    • タンパク質・ペプチド: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: 2-(2-bromanyl-4-propan-2-yl-phenoxy)-~{N}-(2,2,6,6-tetramethylpiperidin-4-yl)ethanamide
キーワードkir4.1 / kir5.1 / potassium channel / VU0134992 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Potassium transport channels / glutamate reuptake / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / central nervous system myelination / regulation of resting membrane potential / potassium ion homeostasis / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / non-motile cilium assembly / cellular response to potassium ion ...Potassium transport channels / glutamate reuptake / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / central nervous system myelination / regulation of resting membrane potential / potassium ion homeostasis / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / non-motile cilium assembly / cellular response to potassium ion / adult walking behavior / astrocyte projection / ciliary base / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated potassium channel complex / visual perception / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / presynapse / cell body / basolateral plasma membrane / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir5 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir1.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10 / Inward rectifier potassium channel 16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Ning Y / Ge J / Yu J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other governmentLG-QS-202203-05; 22PJ1410300; 32471016
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of a transmembrane protein
著者: Ning Y / Ge J / Yu J
履歴
登録2025年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63754.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63754.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local refinement with transmembrane domain mask
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-1.0579427 - 1.8890907
平均 (標準偏差)0.00019164657 (±0.02341806)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 332.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: local refinement with transmembrane domain mask

ファイルemd_63754_additional_1.map
注釈local refinement with transmembrane domain mask
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: local refinement with transmembrane domain mask

ファイルemd_63754_half_map_1.map
注釈local refinement with transmembrane domain mask
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: local refinement with transmembrane domain mask

ファイルemd_63754_half_map_2.map
注釈local refinement with transmembrane domain mask
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heteromeric Kir4.1/5.1 channel in complex with VU0134992 in curly form

全体名称: Heteromeric Kir4.1/5.1 channel in complex with VU0134992 in curly form
要素
  • 複合体: Heteromeric Kir4.1/5.1 channel in complex with VU0134992 in curly form
    • タンパク質・ペプチド: Inward rectifier potassium channel 16
    • タンパク質・ペプチド: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: 2-(2-bromanyl-4-propan-2-yl-phenoxy)-~{N}-(2,2,6,6-tetramethylpiperidin-4-yl)ethanamide

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超分子 #1: Heteromeric Kir4.1/5.1 channel in complex with VU0134992 in curly form

超分子名称: Heteromeric Kir4.1/5.1 channel in complex with VU0134992 in curly form
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Inward rectifier potassium channel 16

分子名称: Inward rectifier potassium channel 16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.99707 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYPPEHIIAE KRRARRRLLH KDGSCNVYFK HIFGEWGSYV VDIFTTLVDT KWRHMFVIFS LSYILSWLIF GSVFWLIAFH HGDLLNDPD ITPCVDNVHS FTGAFLFSLE TQTTIGYGYR CVTEECSVAV LMVILQSILS CIINTFIIGA ALAKMATARK R AQTIRFSY ...文字列:
MYPPEHIIAE KRRARRRLLH KDGSCNVYFK HIFGEWGSYV VDIFTTLVDT KWRHMFVIFS LSYILSWLIF GSVFWLIAFH HGDLLNDPD ITPCVDNVHS FTGAFLFSLE TQTTIGYGYR CVTEECSVAV LMVILQSILS CIINTFIIGA ALAKMATARK R AQTIRFSY FALIGMRDGK LCLMWRIGDF RPNHVVEGTV RAQLLRYTED SEGRMTMAFK DLKLVNDQII LVTPVTIVHE ID HESPLYA LDRKAVAKDN FEILVTFIYT GDSTGTSHQS RSSYVPREIL WGHRFNDVLE VKRKYYKVNC LQFEGSVEVY APF CSAKQL DWKDQQLHIE K

UniProtKB: Inward rectifier potassium channel 16

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分子 #2: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10

分子名称: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.984992 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MIRRRRVLTK DGRSNVRMEH IADKRFLYLK DLWTTFIDMQ WRYKLLLFSA TFAGTWFLFG VVWYLVAVAH GDLLELDPPA NHTPCVVQV HTLTGAFLFS LESQTTIGYG FRYISEECPL AIVLLIAQLV LTTILEIFIT GTFLAKIARP KKRAETIRFS Q HAVVASHN ...文字列:
MIRRRRVLTK DGRSNVRMEH IADKRFLYLK DLWTTFIDMQ WRYKLLLFSA TFAGTWFLFG VVWYLVAVAH GDLLELDPPA NHTPCVVQV HTLTGAFLFS LESQTTIGYG FRYISEECPL AIVLLIAQLV LTTILEIFIT GTFLAKIARP KKRAETIRFS Q HAVVASHN GKPCLMIRVA NMRKSLLIGC QVTGKLLQTH QTKEGENIRL NQVNVTFQVD TASDSPFLIL PLTFYHVVDE TS PLKDLPL RSGEGDFELV LILSGTVEST SATCQVRTSY LPEEILWGYE FTPAISLSAS GKYIADFSLF DQVVKVASPS GLR DSTVRY GDPEKLKLEE SLREQAEKE

UniProtKB: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10

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分子 #3: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #4: 2-(2-bromanyl-4-propan-2-yl-phenoxy)-~{N}-(2,2,6,6-tetramethylpip...

分子名称: 2-(2-bromanyl-4-propan-2-yl-phenoxy)-~{N}-(2,2,6,6-tetramethylpiperidin-4-yl)ethanamide
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: A1ENN
分子量理論値: 411.376 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 195697
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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