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- EMDB-63724: Cryo-EM structure of human OAT1 in complex with cefazolin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63724
タイトルCryo-EM structure of human OAT1 in complex with cefazolin
マップデータ
試料
  • 複合体: OAT1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Solute carrier family 22 member 6
  • リガンド: Cefazolin
キーワードtransporter OAT1 / organic anion transport / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


renal tubular secretion / alpha-ketoglutarate transport / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / Organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / metanephric proximal tubule development / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport ...renal tubular secretion / alpha-ketoglutarate transport / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / Organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / metanephric proximal tubule development / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport / solute:inorganic anion antiporter activity / organic anion transmembrane transporter activity / monoatomic anion transport / chloride ion binding / antiporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / basal plasma membrane / : / caveola / basolateral plasma membrane / protein-containing complex / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Organic cation transport protein/SVOP / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 22 member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Zhang W / Zhang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human OAT1 in complex with cefazolin
著者: Zhang W / Zhang Y
履歴
登録2025年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63724.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63724.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 230 pix.
= 214.36 Å		0.93 Å/pix.
x 230 pix.
= 214.36 Å		0.93 Å/pix.
x 230 pix.
= 214.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.134
最小 - 最大-2.2612088 - 3.4326637
平均 (標準偏差)-0.00019607162 (±0.07725438)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ230230230
Spacing230230230
セルA=B=C: 214.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63724_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63724_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OAT1

全体名称: OAT1
要素
  • 複合体: OAT1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Solute carrier family 22 member 6
  • リガンド: Cefazolin

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超分子 #1: OAT1

超分子名称: OAT1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Isoform 2 of Solute carrier family 22 member 6

分子名称: Isoform 2 of Solute carrier family 22 member 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.12566 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAFNDLLQQV GGVGRFQQIQ VTLVVLPLLL MASHNTLQNF TAAIPTHHCR PPADANLSKN GGLEVWLPRD RQGQPESCLR FTSPQWGLP FLNGTEANGT GATEPCTDGW IYDNSTFPST IVTEWDLVCS HRALRQLAQS LYMVGVLLGA MVFGYLADRL G RRKVLILN ...文字列:
MAFNDLLQQV GGVGRFQQIQ VTLVVLPLLL MASHNTLQNF TAAIPTHHCR PPADANLSKN GGLEVWLPRD RQGQPESCLR FTSPQWGLP FLNGTEANGT GATEPCTDGW IYDNSTFPST IVTEWDLVCS HRALRQLAQS LYMVGVLLGA MVFGYLADRL G RRKVLILN YLQTAVSGTC AAFAPNFPIY CAFRLLSGMA LAGISLNCMT LNVEWMPIHT RACVGTLIGY VYSLGQFLLA GV AYAVPHW RHLQLLVSAP FFAFFIYSWF FIESARWHSS SGRLDLTLRA LQRVARINGK REEGAKLSME VLRASLQKEL TMG KGQASA MELLRCPTLR HLFLCLSMLW FATSFAYYGL VMDLQGFGVS IYLIQVIFGA VDLPAKLVGF LVINSLGRRP AQMA ALLLA GICILLNGVI PQDQSIVRTS LAVLGKGCLA ASFNCIFLYT GELYPTMIRQ TGMGMGSTMA RVGSIVSPLV SMTAE LYPS MPLFIYGAVP VAASAVTVLL PETLGQPLPD TVQDLESR

UniProtKB: Solute carrier family 22 member 6

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分子 #2: Cefazolin

分子名称: Cefazolin / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: X56
分子量理論値: 454.507 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 16.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 127828
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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