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- EMDB-63717: GPR3 dimer with antagonist AF64394 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63717
タイトルGPR3 dimer with antagonist AF64394
マップデータ
試料
  • 複合体: GPR3 dimer with antagonist AF64394
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,G-protein coupled receptor 3
  • リガンド: (Z)-N-(2-hydroxyethyl)octadec-9-enamide
  • リガンド: 1-DODECANOL
  • リガンド: (4Z)-oct-4-en-1-ol
  • リガンド: N-[(4-chloranyl-2-propan-2-yloxy-phenyl)methyl]-5-phenyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine
キーワードGPCR / dimer / antagonist / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingosine-1-phosphate receptor activity / regulation of meiotic nuclear division / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...sphingosine-1-phosphate receptor activity / regulation of meiotic nuclear division / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G protein-coupled receptor 3 / G protein-coupled receptor 3/6/12 orphan / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / G-protein coupled receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Geng C / Jun X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanism and function of GPR3 regulated by a negative allosteric modulator.
著者: Geng Chen / Jana Bláhová / Nico Staffen / Harald Hübner / Nadja Nunhöfer / Chen Qiu / Peter Gmeiner / Dorothee Weikert / Yang Du / Jun Xu /
要旨: Allosteric modulators have gained substantial interest in current GPCR drug discovery. Here, we present a mechanism of allosteric modulation involving the dimerization of GPR3, a promising drug ...Allosteric modulators have gained substantial interest in current GPCR drug discovery. Here, we present a mechanism of allosteric modulation involving the dimerization of GPR3, a promising drug target for metabolic diseases and central nervous system disorders. We show that GPR3 forms constitutive homodimers in live cells and reveal that the inhibitor AF64394 functions as a negative allosteric modulator (NAM) specifically targeting dimeric GPR3. Using cryogenic electron microscopy (cryo-EM), we determine the structures of the AF64394-bound GPR3 dimer and its dimer-Gs signaling complex. These high-resolution structures reveal that AF64394 binds to the transmembrane dimer interface. AF64394 binding prevents the dissociation of the GPR3 dimer upon engagement with Gs and restrains transmembrane helix 5 in an inactive-like intermediate conformation, leading to reduced coupling with Gs. Our studies unveil a mechanism of dimer-specific inhibition of signaling with significant implications for the discovery of drugs targeting GPCRs capable of dimerization.
履歴
登録2025年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63717.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.0320507 - 1.345961
平均 (標準偏差)-0.0003189499 (±0.021672403)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 265.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: halfA map

ファイルemd_63717_half_map_1.map
注釈halfA_map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfB map

ファイルemd_63717_half_map_2.map
注釈halfB map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GPR3 dimer with antagonist AF64394

全体名称: GPR3 dimer with antagonist AF64394
要素
  • 複合体: GPR3 dimer with antagonist AF64394
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,G-protein coupled receptor 3
  • リガンド: (Z)-N-(2-hydroxyethyl)octadec-9-enamide
  • リガンド: 1-DODECANOL
  • リガンド: (4Z)-oct-4-en-1-ol
  • リガンド: N-[(4-chloranyl-2-propan-2-yloxy-phenyl)methyl]-5-phenyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine

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超分子 #1: GPR3 dimer with antagonist AF64394

超分子名称: GPR3 dimer with antagonist AF64394 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Soluble cytochrome b562,G-protein coupled receptor 3

分子名称: Soluble cytochrome b562,G-protein coupled receptor 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.446375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: DYKDDDDKLE VLFQGPGSAD LEDNWETLND NLKVIEKADN AAQVKDALTK MRAAALDAQK ATPPKLEDKS PDSPEMKDFR HGFDILVGQ IDDALKLANE GKVKEAQAAA EQLKTTRNAY IQKYLMMWGA GSPLAWLSAG SGNVNVSSVG PAEGPTGPAA P LPSPKAWD ...文字列:
DYKDDDDKLE VLFQGPGSAD LEDNWETLND NLKVIEKADN AAQVKDALTK MRAAALDAQK ATPPKLEDKS PDSPEMKDFR HGFDILVGQ IDDALKLANE GKVKEAQAAA EQLKTTRNAY IQKYLMMWGA GSPLAWLSAG SGNVNVSSVG PAEGPTGPAA P LPSPKAWD VVLCISGTLV SCENALVVAI IVGTPAFRAP MFLLVGSLAV ADLLAGLGLV LHFAAVFCIG SAEMSLVLVG VL AMAFTAS IGSLLAITVD RYLSLYNALT YYSETTVTRT YVMLALVWGG ALGLGLLPVL AWNCLDGLTT CGVVYPLSKN HLV VLAIAF FMVFGIMLQL YAQICRIVCR HAQQIALQRH LLPASHYVAT RKGIATLAVV LGAFAACWLP FTVYCLLGDA HSPP LYTYL TLLPATYNSM INPIIYAFRN QDVQKVLWAV CCCCSSSKIP FRSRSPSDVL EHHHHHHHHH H

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, G-protein coupled receptor 3

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分子 #2: (Z)-N-(2-hydroxyethyl)octadec-9-enamide

分子名称: (Z)-N-(2-hydroxyethyl)octadec-9-enamide / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: 5YM
分子量理論値: 325.529 Da
Chemical component information

ChemComp-5YM:
(Z)-N-(2-hydroxyethyl)octadec-9-enamide / アゴニスト*YM

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分子 #3: 1-DODECANOL

分子名称: 1-DODECANOL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: 1DO
分子量理論値: 186.334 Da
Chemical component information

ChemComp-1DO:
1-DODECANOL

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分子 #4: (4Z)-oct-4-en-1-ol

分子名称: (4Z)-oct-4-en-1-ol / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: A1AJD
分子量理論値: 128.212 Da

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分子 #5: N-[(4-chloranyl-2-propan-2-yloxy-phenyl)methyl]-5-phenyl-[1,2,4]t...

分子名称: N-[(4-chloranyl-2-propan-2-yloxy-phenyl)methyl]-5-phenyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: A1EM2
分子量理論値: 393.869 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM NaCl, 100mM Hepes, 0.003% LMNG, 0.001% GDN
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.12 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8x2k

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98600
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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