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- EMDB-63662: structure of FliD-FliC at a 10:10 stoichiometry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63662
タイトルstructure of FliD-FliC at a 10:10 stoichiometry
マップデータ
試料
  • 複合体: the FliD-FliC with 10:10 stoichiometry
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar hook-associated protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin
キーワードComplex / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


TLR5 cascade / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / NFkB and MAPK activation mediated by TRAF6 / bacterial-type flagellum filament cap / The IPAF inflammasome / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / receptor ligand activity ...TLR5 cascade / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / NFkB and MAPK activation mediated by TRAF6 / bacterial-type flagellum filament cap / The IPAF inflammasome / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / receptor ligand activity / structural molecule activity / : / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellin D3 / : / Flagellin D3 domain / Flagellin, barrel domain / Flagellar hook-associated protein 2, N-terminal / Flagellar hook-associated protein 2, C-terminal / Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellar hook-associated protein 2 N-terminus / Flagellar hook-associated protein 2 C-terminus / Flagellin hook, IN motif ...Flagellin D3 / : / Flagellin D3 domain / Flagellin, barrel domain / Flagellar hook-associated protein 2, N-terminal / Flagellar hook-associated protein 2, C-terminal / Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellar hook-associated protein 2 N-terminus / Flagellar hook-associated protein 2 C-terminus / Flagellin hook, IN motif / Flagellin hook IN motif / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellin / Flagellar hook-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Chen LX / Chen XQ / Zhang FF / Jiang WX / Xing Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)32371277 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the initiation of bacterial flagellar filament elongation
著者: Chen LX / Dong X / Zhang FF / Cheng XQ / Wang X / Jiang WX / Ma LX / Xing Q
履歴
登録2025年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63662.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63662.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.76 Å/pix.
x 600 pix.
= 453.336 Å		0.76 Å/pix.
x 600 pix.
= 453.336 Å		0.76 Å/pix.
x 600 pix.
= 453.336 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.75556 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.48392513 - 0.9635129
平均 (標準偏差)-0.00035685077 (±0.011349516)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 453.336 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63662_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63662_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the FliD-FliC with 10:10 stoichiometry

全体名称: the FliD-FliC with 10:10 stoichiometry
要素
  • 複合体: the FliD-FliC with 10:10 stoichiometry
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar hook-associated protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin

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超分子 #1: the FliD-FliC with 10:10 stoichiometry

超分子名称: the FliD-FliC with 10:10 stoichiometry / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

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分子 #1: Flagellar hook-associated protein 2

分子名称: Flagellar hook-associated protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sequence reference for strain 'Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id P16328.
コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
分子量理論値: 45.971234 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DLTKNEKGRL TPITKQQSAN SAKLTAYGTL KSALEKFQTA NTALNKADLF KSTVASSTTE DLKVSTTAGA AAGTYKINVT QLAAAQSLA TKTTFATTKE QLGDTSVTSR TIKIEQPGRK EPLEIKLDKG DTSMEAIRDA INDADSGIAA SIVKVKENEF Q LVLTANSG ...文字列:
DLTKNEKGRL TPITKQQSAN SAKLTAYGTL KSALEKFQTA NTALNKADLF KSTVASSTTE DLKVSTTAGA AAGTYKINVT QLAAAQSLA TKTTFATTKE QLGDTSVTSR TIKIEQPGRK EPLEIKLDKG DTSMEAIRDA INDADSGIAA SIVKVKENEF Q LVLTANSG TDNTMKITVE GDTKLNDLLA YDSTTNTGNM QELVKAENAK LNVNGIDIER QSNTVTDAPQ GITLTLTKKV TD ATVTVTK DDTKAKEAIK SWVDAYNSLV DTFSSLTKYT AVEPGEEASD KNGALLGDSV VRTIQTGIRA QFANSGSNSA FKT MAEIGI TQDGTSGKLK IDDDKLTKVL KDNTAAAREL LVGDGKETGI TTKIATEVKS YLADDGIIDN AQDNVNATLK SLTK QYLSV SNSIDETVAR YKAQFTQLDT MMSKL

UniProtKB: Flagellar hook-associated protein 2

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分子 #2: Flagellin

分子名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Sequence reference for strain 'Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id P06179.
コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
分子量理論値: 41.695375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: FTANIKGLTQ ASRNANDGIS IAQTTEGALN EINNNLQRVR ELAVQSANST NSQSDLDSIQ AEITQRLNEI DRVSGQTQFN GVKVLAQDN TLTIQVGAND GETIDIDLKQ INSQTLGLDT LNVQQKYKVS DTAATVTGYA DTTIALDNST FKASATGLGG T DQKIDGDL ...文字列:
FTANIKGLTQ ASRNANDGIS IAQTTEGALN EINNNLQRVR ELAVQSANST NSQSDLDSIQ AEITQRLNEI DRVSGQTQFN GVKVLAQDN TLTIQVGAND GETIDIDLKQ INSQTLGLDT LNVQQKYKVS DTAATVTGYA DTTIALDNST FKASATGLGG T DQKIDGDL KFDDTTGKYY AKVTVTGGTG KDGYYEVSVD KTNGEVTLAG GATSPLTGGL PATATEDVKN VQVANADLTE AK AALTAAG VTGTASVVKM SYTDNNGKTI DGGLAVKVGD DYYSATQNKD GSISINTTKY TADDGTSKTA LNKLGGADGK TEV VSIGGK TYAASKAEGH NFKAQPDLAE AAATTTENPL QKIDAALAQV DTLRSDLGAV QNRFNSAITN LGNTVNNLTS ARSR I

UniProtKB: Flagellin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.01) / 使用した粒子像数: 395012
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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