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- EMDB-63631: Structure of human TRPC5 bound with (-)-englerin A, class 2. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63631
タイトルStructure of human TRPC5 bound with (-)-englerin A, class 2.
マップデータSharpened map of hTRPC5 with (-)-englerin A in the low calcium.
試料
  • 複合体: human TRPC5
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 5
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (-)-englerin A
キーワードTRPC5 / ion channel / (-)-englerin A / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / actinin binding / clathrin binding / TRP channels ...regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / actinin binding / clathrin binding / TRP channels / regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of axon extension / calcium channel complex / positive regulation of neuron differentiation / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / neuron differentiation / calcium ion transport / nervous system development / presynapse / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / growth cone / ATPase binding / actin binding / neuron apoptotic process / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical 5 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential channel, canonical 5 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Short transient receptor potential channel 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Chen YK / Wei M / Chen L
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFA0806504 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32225027 中国
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2025
タイトル: Mechanism of (-)-Englerin A and calcium binding on the human TRPC5 channel.
著者: Yikun Chen / Kangcheng Song / Wenjun Guo / Miao Wei / Lei Chen /
要旨: The natural product (-)-Englerin A (EA) selectively inhibits renal cancer cell growth by potently activating TRPC4 and TRPC5-containing ion channels. However, its binding site on these channels has ...The natural product (-)-Englerin A (EA) selectively inhibits renal cancer cell growth by potently activating TRPC4 and TRPC5-containing ion channels. However, its binding site on these channels has remained elusive. In this study, we present two cryo-EM structures of human TRPC5 in complex with EA at 2.5 and 2.6 Å resolution, which reveal the EA-binding site and identify two major conformations influenced by calcium. EA binds between the pore helix and S5/S6 helices of hTRPC5, forming critical hydrophobic and polar interactions that underscore its specificity. Calcium binding at the intracellular domain of TRPC5 induces structural changes that stabilize the domain in a compact conformation. These findings expand our understanding of the structural pharmacology of TRPC5 and provide a framework for investigating calcium regulation in TRPC channels.
履歴
登録2025年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63631.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63631.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of hTRPC5 with (-)-englerin A in the low calcium.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 320 pix.
= 333.216 Å		1.04 Å/pix.
x 320 pix.
= 333.216 Å		1.04 Å/pix.
x 320 pix.
= 333.216 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0413 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.06
最小 - 最大-3.7756226 - 6.1681075
平均 (標準偏差)-0.0017197893 (±0.13121408)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 333.216 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map of hTRPC5 with (-)-englerin A in the low calcium.

ファイルemd_63631_additional_1.map
注釈Map of hTRPC5 with (-)-englerin A in the low calcium.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of hTRPC5 with (-)-englerin A in the low calcium.

ファイルemd_63631_half_map_1.map
注釈Half map of hTRPC5 with (-)-englerin A in the low calcium.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of hTRPC5 with (-)-englerin A in the low calcium.

ファイルemd_63631_half_map_2.map
注釈Half map of hTRPC5 with (-)-englerin A in the low calcium.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human TRPC5

全体名称: human TRPC5
要素
  • 複合体: human TRPC5
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 5
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (-)-englerin A

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超分子 #1: human TRPC5

超分子名称: human TRPC5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Short transient receptor potential channel 5

分子名称: Short transient receptor potential channel 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.221984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PEFMAQLYYK KVNYSPYRDR IPLQIVRAET ELSAEEKAFL NAVEKGDYAT VKQALQEAEI YYNVNINCMD PLGRSALLIA IENENLEIM ELLLNHSVYV GDALLYAIRK EVVGAVELLL SYRRPSGEKQ VPTLMMDTQF SEFTPDITPI MLAAHTNNYE I IKLLVQKR ...文字列:
PEFMAQLYYK KVNYSPYRDR IPLQIVRAET ELSAEEKAFL NAVEKGDYAT VKQALQEAEI YYNVNINCMD PLGRSALLIA IENENLEIM ELLLNHSVYV GDALLYAIRK EVVGAVELLL SYRRPSGEKQ VPTLMMDTQF SEFTPDITPI MLAAHTNNYE I IKLLVQKR VTIPRPHQIR CNCVECVSSS EVDSLRHSRS RLNIYKALAS PSLIALSSED PILTAFRLGW ELKELSKVEN EF KAEYEEL SQQCKLFAKD LLDQARSSRE LEIILNHRDD HSEELDPQKY HDLAKLKVAI KYHQKEFVAQ PNCQQLLATL WYD GFPGWR RKHWVVKLLT CMTIGFLFPM LSIAYLISPR SNLGLFIKKP FIKFICHTAS YLTFLFMLLL ASQHIVRTDL HVQG PPPTV VEWMILPWVL GFIWGEIKEM WDGGFTEYIH DWWNLMDFAM NSLYLATISL KIVAYVKYNG SRPREEWEMW HPTLI AEAL FAISNILSSL RLISLFTANS HLGPLQISLG RMLLDILKFL FIYCLVLLAF ANGLNQLYFY YETRAIDEPN NCKGIR CEK QNNAFSTLFE TLQSLFWSVF GLLNLYVTNV KARHEFTEFV GATMFGTYNV ISLVVLLNML IAMMNNSYQL IADHADI EW KFARTKLWMS YFDEGGTLPP PFNIIPSPKS FLYLGNWFNN TFCPKRDPDG RRRRRNLRSF TERNADSLIQ NQHYQEVI R NLVKRYVAAM IRNSKTHEGL TEENFKELKQ DISSFRYEVL DLLGNR

UniProtKB: Short transient receptor potential channel 5

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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分子 #4: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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分子 #6: (-)-englerin A

分子名称: (-)-englerin A / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: A1L55
分子量理論値: 442.545 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 1311 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 109774
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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