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万見
- EMDB-63629: CryoEM structure of the alpha1AAR complex with silodosin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63629
タイトルCryoEM structure of the alpha1AAR complex with silodosin
マップデータ
試料
  • 複合体: CryoEM structure of the the alpha1AAR complex with silodosin
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-1A adrenergic receptor
  • リガンド: Silodosin
キーワードGPCR / Alpha1AAR / Silodosin / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of heart rate involved in baroreceptor response to increased systemic arterial blood pressure / alpha1-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / positive regulation of the force of heart contraction by epinephrine-norepinephrine / pilomotor reflex / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / neuron-glial cell signaling / cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of action potential ...negative regulation of heart rate involved in baroreceptor response to increased systemic arterial blood pressure / alpha1-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / positive regulation of the force of heart contraction by epinephrine-norepinephrine / pilomotor reflex / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / neuron-glial cell signaling / cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of action potential / positive regulation of smooth muscle contraction / adult heart development / Adrenoceptors / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / smooth muscle contraction / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / response to hormone / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of autophagy / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / caveola / MAPK cascade / G alpha (12/13) signalling events / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / nuclear membrane / G alpha (q) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha 1A adrenoceptor / Adrenoceptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1A adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Liu SS / Guo Q / Tao YY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Molecular mechanism of antagonists recognition and regulation of the α- adrenoceptor. (α-Adrenoceptor Antagonist Recognition).
著者: Sisi Liu / Haizhan Jiao / Yuyong Tao / Dandan Wang / Qiong Guo /
要旨: The α-adrenoceptor (αAR) is a critically important class of G protein-coupled receptors (GPCRs), comprising three subtypes: αAR, αAR, and αAR. Currently, drugs targeting αAR have been used in ...The α-adrenoceptor (αAR) is a critically important class of G protein-coupled receptors (GPCRs), comprising three subtypes: αAR, αAR, and αAR. Currently, drugs targeting αAR have been used in the treatment of various diseases. Notably, antagonists of αAR play a pivotal role in the management of benign prostatic hyperplasia (BPH). In recent years, researchers have developed selective antagonists for the αAR subtype that have a minimal impact on blood pressure for the treatment of BPH. However, these agents still exhibit certain side effects, necessitating the continuous development of new medications to mitigate adverse reactions while achieving more precise regulation. We report the cryo-EM structures of the αAR selective antagonist doxazosin and the αAR subtype selective antagonist silodosin in complex with αAR, demonstrating that M292 and V185 are key residues that confer subtype selectivity to silodosin. Additionally, modifications to αAR enhanced silodosin's inhibitory efficacy against αAR. These findings deepen our understanding of the recognition patterns of αAR antagonists, revealing the molecular principles underlying the selective binding of silodosin to αAR and promoting further research and development of subtype selective drugs targeting αAR.
履歴
登録2025年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63629.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.8 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.8 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0767
最小 - 最大-1.9582818 - 2.3273075
平均 (標準偏差)-0.00015397345 (±0.0386754)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 247.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63629_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63629_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of the the alpha1AAR complex with silodosin

全体名称: CryoEM structure of the the alpha1AAR complex with silodosin
要素
  • 複合体: CryoEM structure of the the alpha1AAR complex with silodosin
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-1A adrenergic receptor
  • リガンド: Silodosin

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超分子 #1: CryoEM structure of the the alpha1AAR complex with silodosin

超分子名称: CryoEM structure of the the alpha1AAR complex with silodosin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Alpha-1A adrenergic receptor

分子名称: Alpha-1A adrenergic receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.7925 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: APVNISKAIL LGVILGGLIL FGVLGNILVI LSVACHRHLH SVTHYYIVNL AVADLLLTST VLPFSAIFEV LGYWAFGRVF CNIWAAVDV LCCTASIMGL CIISIDRYIG VSYPLRYPTI VTQRRGLMAL LCVWALSLVI SIGPLFGWRQ PAPEDETICQ I NEEPGYVL ...文字列:
APVNISKAIL LGVILGGLIL FGVLGNILVI LSVACHRHLH SVTHYYIVNL AVADLLLTST VLPFSAIFEV LGYWAFGRVF CNIWAAVDV LCCTASIMGL CIISIDRYIG VSYPLRYPTI VTQRRGLMAL LCVWALSLVI SIGPLFGWRQ PAPEDETICQ I NEEPGYVL FSALGSFYLP LAIILVMYCR VYVVAKRESR GLKSGLKTDK SDSEQVTLRI HRKNAPAGGS GMASAKTKTH FS VRLLKFS REKKAAKTLG IVVGCFVLCW LPFFLVMPIG SFFPDFKPSE TVFKIVFWLG YLNSCINPII YPCSSQEFKK AFQ NVL

UniProtKB: Alpha-1A adrenergic receptor

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分子 #2: Silodosin

分子名称: Silodosin / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: A1EMV
分子量理論値: 495.534 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3759439
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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