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- EMDB-63603: Cryo-EM structure of Rc-o319 RBD/R. cornutus ACE2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63603
タイトルCryo-EM structure of Rc-o319 RBD/R. cornutus ACE2 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Rc-o319 RBD and R. cornutus ACE2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
キーワードRhinolophus cornutus / Coronavirinae / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Rhinolophus cornutus (コキクガシラコウモリ) / Sarbecovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Matsumoto K / Shihoya W / Nureki O
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of sarbecovirus evolution and receptor tropism in natural hosts, potential intermediate hosts, and humans.
著者: Kosugi Y / Matsumoto K / Lytras S / Plianchaisuk A / Tolentino EJ / Fujita S / Yo SM / Luo C / Kim Y / Shihoya W / Ito J / Nureki O / Sato K
履歴
登録2025年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63603.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63603.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 210 pix.
= 232.407 Å		1.11 Å/pix.
x 210 pix.
= 232.407 Å		1.11 Å/pix.
x 210 pix.
= 232.407 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.40912214 - 0.8656296
平均 (標準偏差)-0.000027447308 (±0.022901697)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 232.40698 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63603_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63603_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_63603_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rc-o319 RBD and R. cornutus ACE2 complex

全体名称: Rc-o319 RBD and R. cornutus ACE2 complex
要素
  • 複合体: Rc-o319 RBD and R. cornutus ACE2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein

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超分子 #1: Rc-o319 RBD and R. cornutus ACE2 complex

超分子名称: Rc-o319 RBD and R. cornutus ACE2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rhinolophus cornutus (コキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 99.73 kDa/nm

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分子 #1: Angiotensin-converting enzyme

分子名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Rhinolophus cornutus (コキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 69.564234 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: STTEDEAKKF LNDFNSEAEN LTYQSSLASW DYNTNISDEN VQKMDEAGAK WSAFYEEQSK IAKNYPLEEI QTDIVKRQLQ ILQQSGSPV LSEDKSKRLN SILNAMSTIY STGKVCKPNN PQECLLLEPG LDNIMGTSKD YHERLWAWEG WRAEVGKQLR P LYEEYVVL ...文字列:
STTEDEAKKF LNDFNSEAEN LTYQSSLASW DYNTNISDEN VQKMDEAGAK WSAFYEEQSK IAKNYPLEEI QTDIVKRQLQ ILQQSGSPV LSEDKSKRLN SILNAMSTIY STGKVCKPNN PQECLLLEPG LDNIMGTSKD YHERLWAWEG WRAEVGKQLR P LYEEYVVL KNEMARGYHY EDYGDYWRRD YETEESSGPG YSRDQLMKDV DRIFTEIKPL YEHLHAYVRA KLMDTYPLHI SP TGCLPAH LLGDMWGRFW TNLYPLTVPF GQKPNIDVTD EMVKQGWDAN RIFKEAEKFF VSVGLPNMTE GFWNNSMLTE PGD GRKVVC HPTAWDLGKG DFRIKMCTKV TMEDFLTAHH EMGHIQYDMA YASQPYLLRN GANEGFHEAV GEVMSLSVAT PKHL KTMGL LSPDFREDDE TEINFLLKQA LNIVGTLPFT YMLEKWRWMV FKGEIPKEEW MKKWWEMRRE IVGVVEPVPH DETYC DPAS LFHVANDYSF IRYYTRTIFE FQFHEALCRI AQHNGPLHKC DISNSTDAGK KLHQMLSVGK SQAWTKTLED IVGSRN MDV GPLLRYFEPL YTWLQEQNRK SYVGWNTDWS PYSD

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme

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分子 #2: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sarbecovirus (ウイルス)
分子量理論値: 133.626016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EFKLATMGIL PSPGMPALLS LVSLLSVLLM GCVAETGVYG CVNITYGSHH LYVSSRTRGV YYPDDAFRSS TNVLHEGFFL PFDSNVTWY SFWNQKYSVA TSPFGDGVYF STIDKSNVVR GWVFGTTLDN DTQSVLLYND GTHVRVEVCT FHFCPTPVFS A SSPHLYSS ...文字列:
EFKLATMGIL PSPGMPALLS LVSLLSVLLM GCVAETGVYG CVNITYGSHH LYVSSRTRGV YYPDDAFRSS TNVLHEGFFL PFDSNVTWY SFWNQKYSVA TSPFGDGVYF STIDKSNVVR GWVFGTTLDN DTQSVLLYND GTHVRVEVCT FHFCPTPVFS A SSPHLYSS AFNCTLNYTL ASVRADFTEV DGSFKTIREF VFKLQDGSLN VYYASTSYVL AIGATSQLPS GVTPLVPLWK IP IGLNITN FKTLVYLRSD NTPLQAAYVV GHLKRRTMMF KYDENGTIVD AIDCALDPLS ETKCTLRSFI VEKGIYQTSN FRV QPQDTV VRFPNITNLC PFSEVFNATT FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSTSFST FQCYGVSSTK LNDLCFTNVY ADSF VVRGD EVRQIAPGQT GVIADYNYKL PDDFTGCVLA WNSRNQDAST SGNFNYYYRI WRSEKLRPFE RDIAHYDYQV GTQFK SSLK NYGFYSSAGD SHQPYRVVVL SFELLNAPAT VCGPKQSTEL IKNKCVNFNF NGLTGTGVLT DSNKKFQSFQ QFGRDV SDF TDSVKDPKTL EVLDITPCSY GGVSVITPGT NASTQVAVLY QDVNCTDVPT AIHAEQLTPS WRVYSTGTNM FQTQAGC LI GAEHVNNSYD CDIPIGAGIC ATYHTPSMLR SANNNKRIVA YVMSLGAENS VAYSNNTIAI PTNFTISVTT EVMPVSMT K TSVDCTMYIC GDSVECSTLL LQYGSFCTQL NRALTGIAVE QDKNTQEVFA QVKQIYKTPD IKDFGGFNFS QILPDPSKP SKRSPIEDLL FNKVTLADAG FVKQYGDCLG DIQARDLICA QKFNGLTVLP PLLTDEMIAA YTAALISGTA TAGWTFGAGP ALQIPFPMQ MAYRFNGIGV TQNVLYENQK LIANQFNSAI GKIQESLTST PSALGKLQDV VNQNAQALNT LVKQLSSNFG A ISSVLNDI ISRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SF PQAAPHG VVFLHVTYIP SQERNFTTAP AICHEGKAHF PREGVFVSNG THWFITQRNF YEPQIITTDN TFVSGTCDVV IGI VNNTVY DPLQPELESF KDELDKYFKN HTSPDIDLGD ISGINASVVD IQKEIDILKD VAKNLNESLI NLQELGKYEQ YIGT KHHHH HH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 49.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1330941
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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