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万見
- EMDB-63530: RfxCas13d-crRNA binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63530
タイトルRfxCas13d-crRNA binary complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Binary complex of RfxCas13d with crRNA
    • RNA: RNA (51-MER)
    • タンパク質・ペプチド: RfxCas13d
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCas13d / RNA / Complex / RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Cloning vector pgRNA-ccdB-1 (その他) / Ruminococcus sp. XPD3002 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yang QX / Sun YF
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92469108 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970146 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structure of the RfxCas13d-crRNA-off-target-RNA complex.
著者: Qianxi Yang / Yifang Sun / Lei Sun / Tian Chi / Zhenguo Chen /
要旨: The CRISPR-Cas system is crucial for the adaptive immune response of prokaryotes and has been widely applied for genetic engineering. Cas13d, a type VI-D CRISPR-Cas effector, functions as RNA-guided ...The CRISPR-Cas system is crucial for the adaptive immune response of prokaryotes and has been widely applied for genetic engineering. Cas13d, a type VI-D CRISPR-Cas effector, functions as RNA-guided ribonuclease and has been engineered for programmable RNA editing, which is a commonly used, active, and well-characterized small type VI editor. Here, we determined cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of Ruminococcus flavefaciens Cas13d in a RfxCas13d-crRNA-off-target-RNA ternary complex and RfxCas13d-crRNA binary complex at 3.10 and 3.13 Å resolution. The ternary complex consists of RfxCas13d, crRNA, and a captured short off-target ssRNA at a complex state of binding proximal mismatched RNA. RfxCas13d undergoes conformational changes with or without the off-target RNA, but the catalytic sites remain unchanged. Mg aids in stabilizing the crRNA repeat region structure, which may be crucial for RNA binding. This discovery provides the foundation for developing RfxCas13d as a mature tool and offers a framework for advancing transcriptome engineering.
履歴
登録2025年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63530.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63530.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.384 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.384 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.384 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.86574423 - 27.750938000000001
平均 (標準偏差)0.0029489493 (±0.45766017)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 272.384 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63530_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63530_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of RfxCas13d with crRNA

全体名称: Binary complex of RfxCas13d with crRNA
要素
  • 複合体: Binary complex of RfxCas13d with crRNA
    • RNA: RNA (51-MER)
    • タンパク質・ペプチド: RfxCas13d
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Binary complex of RfxCas13d with crRNA

超分子名称: Binary complex of RfxCas13d with crRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: RNA (51-MER)

分子名称: RNA (51-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cloning vector pgRNA-ccdB-1 (その他)
分子量理論値: 16.327809 KDa
配列文字列:
AACCCCUACC AACUGGUCGG GGUUUGAAAC CAAAGACGAC UCGUCCCACA G

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分子 #2: RfxCas13d

分子名称: RfxCas13d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ruminococcus sp. XPD3002 (バクテリア)
分子量理論値: 111.506922 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: IEKKKSFAKG MGVKSTLVSG SKVYMTTFAE GSDARLEKIV EGDSIRSVNE GEAFSAEMAD KNAGYKIGNA KFSHPKGYAV VANNPLYTG PVQQDMLGLK ETLEKRYFGE SADGNDNICI QVIHNILDIE KILAEYITNA AYAVNNISGL DKDIIGFGKF S TVYTYDEF ...文字列:
IEKKKSFAKG MGVKSTLVSG SKVYMTTFAE GSDARLEKIV EGDSIRSVNE GEAFSAEMAD KNAGYKIGNA KFSHPKGYAV VANNPLYTG PVQQDMLGLK ETLEKRYFGE SADGNDNICI QVIHNILDIE KILAEYITNA AYAVNNISGL DKDIIGFGKF S TVYTYDEF KDPEHHRAAF NNNDKLINAI KAQYDEFDNF LDNPRLGYFG QAFFSKEGRN YIINYGNECY DILALLSGLA HW VVANNEE ESRISRTWLY NLDKNLDNEY ISTLNYLYDR ITNELTNSFS KNSAANVNYI AETLGINPAE FAEQYFRFSI MKE QKNLGF NITKLREVML DRKDMSEIRK NHKVFDSIRT KVYTMMDFVI YRYYIEEDAK VAAANKSLPD NEKSLSEKDI FVIN LRGSF NDDQKDALYY DEANRIWRKL ENIMHNIKEF RGNKTREYKK KDAPRLPRIL PAGRDVSAFS KLMYALTMFL DGKEI NDLL TTLINKFDNI QSFLKVMPLI GVNAKFVEEY AFFKDSAKIA DELRLIKSFA RMGEPIADAR RAMYIDAIRI LGTNLS YDE LKALADTFSL DENGNKLKKG KHGMRNFIIN NVISNKRFHY LIRYGDPAHL HEIAKNEAVV KFVLGRIADI QKKQGQN GK NQIDRYYETC IGKDKGKSVS EKVDALTKII TGMNYDQFDK KRSVIEDTGR ENAEREKFKK IISLYLTVIY HILKNIVN I NARYVIGFHC VERDAQLYKE KGYDINLKKL EEKGFSSVTK LCAGIDETAP DKRKDVEKEM AERAKESIDS LESANPKLY ANYIKYSDEK KAEEFTRQIN REKAKTALNA YLRNTKWNVI IREDLLRIDN KTCTLFANKA VALEVARYVH AYINDIAEVN SYFQLYHYI MQRIIMNERY EKSSGKVSEY FDAVNDEKKY NDRLLKLLCV PFGYCIPRFK NLSIEALFDR NEAAKFDKEK K KVSGNS

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 58.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 196037
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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