[日本語] English
万見
- EMDB-63429: Asymmetric reconstruction of Native Flock House virus at 2.82 ang... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63429
タイトルAsymmetric reconstruction of Native Flock House virus at 2.82 angstroms resolution.
マップデータThe primary sharpened map generated in the last round of refinement.
試料
  • ウイルス: Flock House virus (ウイルス)
キーワードAsymmetric Reconstruction / Non-Enveloped Virus / Single Particle Reconstruction / Flock House Virus / VIRUS
生物種Flock House virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Suhag K / Banerjee M
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)EMR/2015/000644 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Genome organization of a non-enveloped Icosahedral virus.
著者: Suhag K / Banerjee M
履歴
登録2025年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_63429.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63429.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The primary sharpened map generated in the last round of refinement.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 528. Å		1.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 528. Å		1.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 528. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.38
最小 - 最大-1.0623245 - 2.0131133
平均 (標準偏差)0.016769499 (±0.12708203)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 528.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: The Raw map generated in the final round of refinement in cryosparc.

ファイルemd_63429_additional_1.map
注釈The Raw map generated in the final round of refinement in cryosparc.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2 generated during the final round of refinement.

ファイルemd_63429_half_map_1.map
注釈half map 2 generated during the final round of refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 1 generated during the final round of refinement.

ファイルemd_63429_half_map_2.map
注釈half map 1 generated during the final round of refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Flock House virus

全体名称: Flock House virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Flock House virus (ウイルス)

-
超分子 #1: Flock House virus

超分子名称: Flock House virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: RNA1 and RNA2 of Flock House Virus (FHV) were co-transfected in Schneider's line 1 (DL1) cells for generation of FHV followed by purification using standard protocol.
NCBI-ID: 12287 / 生物種: Flock House virus / Sci species strain: Flock House virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Drosophila (ハエ)
分子量理論値: 9 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 340.0 Å / T番号(三角分割数): 3

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: C8H18N2O4S / 構成要素 - 名称: HEPES
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 292.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 77.15 K / 最高: 77.15 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細All alignment procedures were used.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12617 / 平均露光時間: 2.6 sec. / 平均電子線量: 40.3 e/Å2 / 詳細: 38 frames/s, tiff gain corrected movies
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.25 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細The movies were collected in tiff gain normalized format and imported to cryoSPARC for further reconstruction. The movies with a CTF fit resolution better than 7Angstrom and good relative ice thickness were taken forward.
粒子像選択選択した数: 138720
詳細: A few hundred micrographs were used to pick particles using blob picker and 2D classification was run. The best 2D classes were used for a template based particle picking on the complete data set.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF estimation was used / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 10 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / 使用した粒子像数: 99474
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 9947 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る