[日本語] English
万見
- EMDB-63418: IAA-free AUX1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63418
タイトルIAA-free AUX1
マップデータ
試料
  • 複合体: AUX1
    • タンパク質・ペプチド: Auxin transporter protein 1,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody
    • タンパク質・ペプチド: light chain
キーワードLeuT-fold / transport / PROTEIN TRANSPORT/IMMUNE SYSTEM / PROTEIN TRANSPORT-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


root hair cell differentiation / root cap development / auxin binding / lateral root formation / auxin influx transmembrane transporter activity / positive gravitropism / auxin polar transport / establishment of planar polarity / auxin-activated signaling pathway / amino acid transmembrane transporter activity ...root hair cell differentiation / root cap development / auxin binding / lateral root formation / auxin influx transmembrane transporter activity / positive gravitropism / auxin polar transport / establishment of planar polarity / auxin-activated signaling pathway / amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / response to nematode / electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / endosome / iron ion binding / heme binding / cell surface / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Amino acid transporter, transmembrane domain / Transmembrane amino acid transporter protein / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Auxin transporter protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Jing D / Kong F / Wang CC / Shi YG / Huang GXY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of auxin binding and transport by Arabidopsis thaliana AUX1
著者: Jing D / Kong F
履歴
登録2025年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_63418.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63418.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 344.736 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 344.736 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 344.736 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0773 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-4.2827363 - 7.65236
平均 (標準偏差)0.0007432045 (±0.0590062)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 344.736 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_63418_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_63418_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63418_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : AUX1

全体名称: AUX1
要素
  • 複合体: AUX1
    • タンパク質・ペプチド: Auxin transporter protein 1,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody
    • タンパク質・ペプチド: light chain

-
超分子 #1: AUX1

超分子名称: AUX1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2, #4, #3
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

-
分子 #1: Auxin transporter protein 1,Soluble cytochrome b562

分子名称: Auxin transporter protein 1,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 68.898891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHHHH HGSVEDYKDD DDKGSMSEGV EAIVANDNGT DQVNGNRTGK DNEEHDGSTG SNLSNFLWHG GSVWDAWFSC ASNQVAQVL LTLPYSFSQL GMLSGIVLQI FYGLLGSWTA YLISVLYVEY RARKEKEGKS FKADLEDNWE TLNDNLKVIE K ADNAAQVK ...文字列:
MHHHHHHHHH HGSVEDYKDD DDKGSMSEGV EAIVANDNGT DQVNGNRTGK DNEEHDGSTG SNLSNFLWHG GSVWDAWFSC ASNQVAQVL LTLPYSFSQL GMLSGIVLQI FYGLLGSWTA YLISVLYVEY RARKEKEGKS FKADLEDNWE TLNDNLKVIE K ADNAAQVK DALTKMRAAA LDAQKATPPK LEDKSPDSPE MKDFRHGFDI LVGQIDDALK LANEGKVKEA QAAAEQLKTT RN AYIQKYL NHVIQWFEVL DGLLGSYWKA LGLAFNCTFL LFGSVIQLIA CASNIYYIND HLDKRTWTYI FGACCATTVF IPS FHNYRI WSFLGLGMTT YTAWYLAIAS IIHGQAEGVK HSGPTKLVLY FTGATNILYT FGGHAVTVEI MHAMWKPQKF KYIY LMATL YVFTLTIPSA AAVYWAFGDA LLDHSNAFSL MPKNAWRDAA VILMLIHQFI TFGFACTPLY FVWEKVIGMH DTKSI CLRA LARLPVVIPI WFLAIIFPFF GPINSAVGAL LVSFTVYIIP SLAHMLTYRS ASARQNAAEK PPFFMPSWTA MYVLNA FVV VWVLIVGFGF GGWASVTNFV RQVDTFGLFA KCYQCKPAAA AAHAPVSALH HRL

UniProtKB: Auxin transporter protein 1, Soluble cytochrome b562, Auxin transporter protein 1

-
分子 #2: heavy chain

分子名称: heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.569965 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSLILLFL VAVATRVLSE ISEVQLVESG GGLVQPGGSL RLSCAASGFN VVDFSLHWVR QAPGKGLEWV AYISSSSGST SYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSLR AEDTAVYYCA RWGYWPGEPW WKAFDYWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP S SKSTSGGT ...文字列:
MGWSLILLFL VAVATRVLSE ISEVQLVESG GGLVQPGGSL RLSCAASGFN VVDFSLHWVR QAPGKGLEWV AYISSSSGST SYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSLR AEDTAVYYCA RWGYWPGEPW WKAFDYWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP S SKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KV DKKVEPK SCDKHHHHHH

-
分子 #3: light chain

分子名称: light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.575604 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSS DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYCQ QYLYYSLVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSS DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYCQ QYLYYSLVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

-
分子 #4: Nanobody

分子名称: Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 19.229166 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCMDYKDDDD KGGSQVQLQE SGGGLVQPGG SLRLSCAASG RTISRYAMSW FRQAPGKERE FVAVARRSG DGAFYADSVQ GRFTVSRDDA KNTVYLQMNS LKPEDTAVYY CAIDSDTFYS GSYDYWGQGT QVTVSSLEHH H HHHGSDYK DDDDK

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
糖包埋材質: LMNG/CHS
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AF-Q96247-F1
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 175799
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る