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- EMDB-63370: Cryo-EM structure of LH1-RC from Ery. sanguineus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63370
タイトルCryo-EM structure of LH1-RC from Ery. sanguineus
マップデータ
試料
  • 複合体: LH1-RC
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 13種
キーワードlight harvesting complex 2 / Erythrobacte sanguineus / photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / endomembrane system / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex ...Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / Photosynthetic reaction centre, M subunit / PRC-barrel domain / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L subunit / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Light-harvesting complex 1 alpha chain / Antenna complex alpha/beta subunit / Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center H subunit / Reaction center protein M chain / Secreted protein
類似検索 - 構成要素
生物種Erythrobacter sanguineus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Yue X-Y / Wang G-L / Yu L-J
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)ZR2019ZD48 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022SZX12 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structures of photocomplexes from the free-living aerobic anoxygenic phototrophic bacterium Erythrobacter sanguineus.
著者: Xing-Yu Yue / Guang-Lei Wang / Mei-Juan Zou / Fei Ma / Zheng-Yu Wang-Otomo / Michael T Madigan / Long-Jiang Yu /
要旨: Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria (AAPB) are widely distributed in nature and they are important members of the marine phototrophic community. However, a structural and functional ...Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria (AAPB) are widely distributed in nature and they are important members of the marine phototrophic community. However, a structural and functional understanding of the AAPB photosynthetic apparatus is still lacking. Here, we present cryo-EM structures of the LH1-RC (core) and LH2 (peripheral) photocomplexes from the model aerobic phototroph Erythrobacter (Ery.) sanguineus. The LH1 αβ-heterodimers bind the carotenoids bacteriorubixanthinal and caloxanthin-pigments that are absent from anaerobic anoxygenic phototrophs-to form a closed ring structure. Ery. sanguineus LH1-RC contains a lipid-anchored polypeptide unrelated to any of the auxiliary proteins identified in the core complexes of purple bacteria so far. The Ery. sanguineus LH2 complex shows unique absorption characteristics, with its Q transition being blue-shifted to 814 nm. This work provides structural insights into the unusual photosynthetic properties of AAPB and points to new avenues to further explore their biology.
履歴
登録2025年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63370.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63370.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 323.2 Å		0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 323.2 Å		0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 323.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.808 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0961
最小 - 最大-0.53226733 - 0.8944612
平均 (標準偏差)0.0023010585 (±0.019132657)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 323.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63370_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63370_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LH1-RC

全体名称: LH1-RC
要素
  • 複合体: LH1-RC
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting complex 1 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center H subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Secreted protein
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: (1~{R},2~{R})-3,3,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-4-ene-1,2-diol
  • リガンド: (2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E})-2-[(1~{Z},3~{Z},5~{E})-8-methoxy-4,8-dimethyl-nona-1,3,5-trienyl]-6,11,15-trimethyl-17-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]heptadeca-2,4,6,8,10,12,14,16-octaenal
  • リガンド: Octadecane
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: Ubiquinone-8
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E})-2,31-dimethoxy-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyl-dotriaconta-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26-undecaene
  • リガンド: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

+
超分子 #1: LH1-RC

超分子名称: LH1-RC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Erythrobacter sanguineus (バクテリア)

+
分子 #1: Light-harvesting complex 1 alpha chain

分子名称: Light-harvesting complex 1 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Erythrobacter sanguineus (バクテリア)
分子量理論値: 7.175297 KDa
配列文字列:
MWRIWFYFDI RRALVALHVG LAVLAFTIHF ILLSTDRYNW LERAPGAPAP VQAAIESSEA PAAG

UniProtKB: Light-harvesting complex 1 alpha chain

+
分子 #2: Antenna complex alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Erythrobacter sanguineus (バクテリア)
分子量理論値: 5.817729 KDa
配列文字列:
MADPTPGERV GTYLTPEEAQ EIHKGFMGTF VLYVAIALVA HALMWAYKPW FG

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit

+
分子 #3: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Erythrobacter sanguineus (バクテリア)
分子量理論値: 30.142752 KDa
配列文字列: MALLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVTTA ISALLGTALI FAAAAQGPTL NPWLISINPP SIEAGLAFAP LSEGGYWQV ITACAVVAFS SWVLRQAEIS RKLGMSYHVP IAFGVAVFAY VTLNVIRPLW MGAWGNGFPY GIWTHLDWVS N VGYAFGNF ...文字列:
MALLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVTTA ISALLGTALI FAAAAQGPTL NPWLISINPP SIEAGLAFAP LSEGGYWQV ITACAVVAFS SWVLRQAEIS RKLGMSYHVP IAFGVAVFAY VTLNVIRPLW MGAWGNGFPY GIWTHLDWVS N VGYAFGNF HYNPVHMLAI TFFFTNCLAL ALHGGLVLSA VNPTGGTDVK TPEYEDTYFR DFIGYSVGTL GIHRVGLFLA LN AGFWSAI CIVISGTLYV GSWIEFWDFW KKIPIWS

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #4: Photosynthetic reaction center H subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center H subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Erythrobacter sanguineus (バクテリア)
分子量理論値: 29.917133 KDa
配列文字列: MNHAYIVGTF DVAELAFLLF FGFFIALVFY LNRESRREGY PLEDEQTGKI HPGSLFDGDK KAFQLPHGRG TYVPENVARD DINVPGVRS FRSAGAPWVP TGDPMKDGMG PAAWANRSKY PDLTFDGRPR IVPIAQSHEL IIAPNDPQLI GWPVMAADKK M VGKVSDIW ...文字列:
MNHAYIVGTF DVAELAFLLF FGFFIALVFY LNRESRREGY PLEDEQTGKI HPGSLFDGDK KAFQLPHGRG TYVPENVARD DINVPGVRS FRSAGAPWVP TGDPMKDGMG PAAWANRSKY PDLTFDGRPR IVPIAQSHEL IIAPNDPQLI GWPVMAADKK M VGKVSDIW VDQAEHMIRY LEVETTTGKK VLAPMMVASV HGNSLIDALL PIVEDKPKFV EIDAITAAQF EDVPALETPG II TRYEEDR VQAYFGGGYM YAMPERAEPW L

UniProtKB: Photosynthetic reaction center H subunit

+
分子 #5: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Erythrobacter sanguineus (バクテリア)
分子量理論値: 36.107172 KDa
配列文字列: MATYQNIFTQ VQVTGPPEMG VPHLDGSEGR VELTGHNYWL GKIGQAQIGP IYLGLLGTIS LTFGAAAIMI IGLNFWAQAG WSPQTFMRE FFWLSLDPPG PEYGFSPFVP LNEGGWFIMA GAFLTIAVLT WWARTYTRAK ALGMGMHIPW AFASAIWLFL V LGFIRPML ...文字列:
MATYQNIFTQ VQVTGPPEMG VPHLDGSEGR VELTGHNYWL GKIGQAQIGP IYLGLLGTIS LTFGAAAIMI IGLNFWAQAG WSPQTFMRE FFWLSLDPPG PEYGFSPFVP LNEGGWFIMA GAFLTIAVLT WWARTYTRAK ALGMGMHIPW AFASAIWLFL V LGFIRPML LGDWSEAVPY GIFSHLDWTN NFSLRYGNLF YNPFHALSIV FLYGSAVLFA MHGATILALG RYGGEREIEQ IT DRGTAAE RGALFWRWVM GFNATFESIH RWAWWFAVLT TLTGGIGILI TGTVVDNWYL WAQEHYYAPE TFNYDPSGAI AGS TGQ

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #6: Secreted protein

分子名称: Secreted protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Erythrobacter sanguineus (バクテリア)
分子量理論値: 13.297557 KDa
配列文字列:
MKLHVILTGA AALALTACSG NTASGNIAAE QAAQEAASAP AVEETPVAST FPESVGAFGD GYPEAGDPCR NLGETAATSN YLDDSAILA GCPDTASAEA LGGEIVDTVD GIIMVMVPQG DTMAPPTTLE GAAPEE

UniProtKB: Secreted protein

+
分子 #7: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 36 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #8: (1~{R},2~{R})-3,3,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},1...

分子名称: (1~{R},2~{R})-3,3,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca- ...名称: (1~{R},2~{R})-3,3,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-4-ene-1,2-diol
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 16 / 式: A1EL2
分子量理論値: 584.871 Da

+
分子 #9: (2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E})-2-[(1~{Z},3...

分子名称: (2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E})-2-[(1~{Z},3~{Z},5~{E})-8-methoxy-4,8-dimethyl-nona-1,3,5-trienyl]-6,11,15-trimethyl-17-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1- ...名称: (2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E})-2-[(1~{Z},3~{Z},5~{E})-8-methoxy-4,8-dimethyl-nona-1,3,5-trienyl]-6,11,15-trimethyl-17-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]heptadeca-2,4,6,8,10,12,14,16-octaenal
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 16 / 式: A1ELD
分子量理論値: 596.882 Da

+
分子 #10: Octadecane

分子名称: Octadecane / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 11 / 式: 8K6
分子量理論値: 254.494 Da
Chemical component information

ChemComp-8K6:
Octadecane

+
分子 #11: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 8 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #12: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #13: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A

+
分子 #14: Ubiquinone-8

分子名称: Ubiquinone-8 / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 3 / 式: UQ8
分子量理論値: 727.109 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ8:
Ubiquinone-8

+
分子 #15: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #16: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~...

分子名称: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E})-2,31-dimethoxy-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyl-dotriaconta-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26-undecaene
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: H4X
分子量理論値: 600.956 Da
Chemical component information

ChemComp-H4X:
(6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E})-2,31-dimethoxy-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyl-dotriaconta-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26-undecaene

+
分子 #17: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: PEF
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #18: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION

+
分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7eqd

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 210570
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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