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万見
- EMDB-63366: HBx R96E fused DDB1 4M mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63366
タイトルHBx R96E fused DDB1 4M mutant
マップデータ
試料
  • 複合体: the complex of HBx and DDB1
    • タンパク質・ペプチド: Protein X, DNA damage-binding protein 1
キーワードHBV / complex / VIRAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Tanaka H / Kita S / Sasaki M / Maenaka K / Machida S
資金援助 日本, 5件
OrganizationGrant number国
Other government22T003
Other government23A1017
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20ae0101047 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121037 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP223fa627005 日本
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural basis of the hepatitis B virus X protein in complex with DDB1.
著者: Hiroki Tanaka / Joao Diogo Dias / Basile Jay / Shunsuke Kita / Mina Sasaki / Hiroyuki Takeda / Naoki Kishimoto / Shunsuke Sasaki / Shogo Misumi / Masashi Mizokami / Christine Neuveut / ...著者: Hiroki Tanaka / Joao Diogo Dias / Basile Jay / Shunsuke Kita / Mina Sasaki / Hiroyuki Takeda / Naoki Kishimoto / Shunsuke Sasaki / Shogo Misumi / Masashi Mizokami / Christine Neuveut / Takashi Sumikama / Mikihiro Shibata / Katsumi Maenaka / Shinichi Machida /
要旨: A cure for chronic hepatitis B requires eliminating or permanently silencing covalently closed circular DNA (cccDNA). A pivotal target of this approach is the hepatitis B virus (HBV) X protein (HBx), ...A cure for chronic hepatitis B requires eliminating or permanently silencing covalently closed circular DNA (cccDNA). A pivotal target of this approach is the hepatitis B virus (HBV) X protein (HBx), which is a key factor that promotes transcription from cccDNA. However, the HBx structure remains unsolved. Here, we present the cryoelectron microscopy structure of HBx in complex with DDB1, which is an essential complex for cccDNA transcription. In this structure, hydrophobic interactions within HBx were identified, and mutational analysis highlighted their importance in the HBV life cycle. Our biochemical analysis revealed that the HBx-DDB1 complex directly interacts simultaneously with NSE3, which is a component of the SMC5/6 complex, and Spindlin1. Additionally, HBx-DDB1 complex dynamics were explored via high-speed atomic force microscopy. These findings provide comprehensive insights into the structure and function of HBx in HBV replication.
履歴
登録2025年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63366.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63366.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.67 Å/pix.
x 320 pix.
= 214.4 Å		0.67 Å/pix.
x 320 pix.
= 214.4 Å		0.67 Å/pix.
x 320 pix.
= 214.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.67 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0023
最小 - 最大-0.0055550183 - 0.011990441
平均 (標準偏差)0.000026743206 (±0.00036210415)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 214.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63366_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63366_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the complex of HBx and DDB1

全体名称: the complex of HBx and DDB1
要素
  • 複合体: the complex of HBx and DDB1
    • タンパク質・ペプチド: Protein X, DNA damage-binding protein 1

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超分子 #1: the complex of HBx and DDB1

超分子名称: the complex of HBx and DDB1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Protein X, DNA damage-binding protein 1

分子名称: Protein X, DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASAWSHPQF EKGSGSGMAA RLYCQLDPSR DVLCLRPVGA ESRGRPLSGP LGTLSSPSPS AVPADHGAHL SLRGLPVCAF SSAGPCALRF TSARCMETTV NAHQILPKVL HKETLGLPAM STTDLEAYFK DCVFKDWEEL GEEIRLKVFV LGGCRHKLVC APAPCNFFTS ...文字列:
MASAWSHPQF EKGSGSGMAA RLYCQLDPSR DVLCLRPVGA ESRGRPLSGP LGTLSSPSPS AVPADHGAHL SLRGLPVCAF SSAGPCALRF TSARCMETTV NAHQILPKVL HKETLGLPAM STTDLEAYFK DCVFKDWEEL GEEIRLKVFV LGGCRHKLVC APAPCNFFTS ASGSGSGSGS GSGMSYNYVV TAQKPTAVNG CVTGHFTSAE DLNLLIAKNT RLEIYVVTAE GLRPVKEVGM YGKIAVMELF RPKGESKDLL FILTAKYNAC ILEYKQSGES IDIITRAHGN VQDRIGRPSE TGIIGIIDPE CRMIGLRLYD GLFKVIPLDR DNKELKAFNI RLEELHVIDV KFLYGCQAPT ICFVYQDPQG RHVKTYEVSL REKEFNKGPW KQENVEAEAS MVIAVPEPFG GAIIIGQESI TYHNGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDLRVELLGE TSIAECLTYL DNGVVFVGSR LGDSQLVKLN VDSNEQGSYV VAMETFTNLG PIVDMCVVDL ERQGQGQLVT CSGAFKEGSL RIIRNGIGIH EHDSIDLPGI KGLWPLRSDP NRETDDTLVL SFVGQTRVLM LNGEEVEETE LMGFVDDQQT FFCGNVAHQQ LIQITSASVR LVSQEPKALV SEWKEPQAKN ISVASCNSSQ VVVAVGRALY YLQIHPQELR QISHTEMEHE VACLDITPLG DSNGLSPLCA IGLKTDISAR ILKLPSFELL HKEMLGGEID PESILMTTFE SSHYLLCALG DGALFYFGLN IETGLLSDRK KVTLGTQPTV LRTFRSLSTT NVFACSDRPT VIYSSNHKLV FSNVNLKEVN YMCPLNSDGY PDSLALANNS TLTIGTIDEI QKLHIRTVPL YESPRKICYQ EVSQCFGVLS SRIEVQDTSG GTTALRPSAS TQALSSSVSS SKLFSSSTAP HETSFGEEVE VHNLLIIDQH TFEVLHAHQF LQNEYALSLV SCKLGKDPNT YFIVGTAMVY PEEAEPKQGR IVVFQYSDGK LQTVAEKEVK GAVYSMVEFN GKLLASINST VRLYEWTTEK ELRTECNHYN NIMALYLKTK GDFILVGDLM RSVLLLAYKP MEGNFEEIAR DFNPNWMSAV EILDDDNFLG AENAFNLFVC QKDSAATTDE ERQHLQEVGL FHLGEFVNVF CHGSLVMQNL GETSTPTQGS VLFGTVNGMI GLVTSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDISRPKMQE VVANLQYDDG SGMKREATAD DLIKVVEELT RIH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 49.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2b5m

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91049
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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