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万見
- EMDB-6332: 3D reconstruction of a ferritin-based nanoparticle displaying H1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6332
タイトル3D reconstruction of a ferritin-based nanoparticle displaying H1 Hemagglutinin stem epitopes
マップデータferritin-hemagglutinin nanoparticle
試料
  • 試料: H. pylori ferritin fusion with engineered H1 hemagglutin stem domain
  • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin stem ferritin nanoparticle
キーワードnanoparticle / vaccine / epitope display / influenza
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Gallagher JR / Harris AK / Yassine HM / Boyington JC / McTamney PM / Wei CJ / Masaru M / Kong WP / Wang L / Zhang Y ...Gallagher JR / Harris AK / Yassine HM / Boyington JC / McTamney PM / Wei CJ / Masaru M / Kong WP / Wang L / Zhang Y / Joyce MG / Lingwood D / Moin SM / Andersen H / Okuno Y / Rao SS / Kwong PD / Mascola JR / Nabel GJ / Graham BS
引用ジャーナル: Nat Med / 年: 2015
タイトル: Hemagglutinin-stem nanoparticles generate heterosubtypic influenza protection.
著者: Hadi M Yassine / Jeffrey C Boyington / Patrick M McTamney / Chih-Jen Wei / Masaru Kanekiyo / Wing-Pui Kong / John R Gallagher / Lingshu Wang / Yi Zhang / M Gordon Joyce / Daniel Lingwood / ...著者: Hadi M Yassine / Jeffrey C Boyington / Patrick M McTamney / Chih-Jen Wei / Masaru Kanekiyo / Wing-Pui Kong / John R Gallagher / Lingshu Wang / Yi Zhang / M Gordon Joyce / Daniel Lingwood / Syed M Moin / Hanne Andersen / Yoshinobu Okuno / Srinivas S Rao / Audray K Harris / Peter D Kwong / John R Mascola / Gary J Nabel / Barney S Graham /
要旨: The antibody response to influenza is primarily focused on the head region of the hemagglutinin (HA) glycoprotein, which in turn undergoes antigenic drift, thus necessitating annual updates of ...The antibody response to influenza is primarily focused on the head region of the hemagglutinin (HA) glycoprotein, which in turn undergoes antigenic drift, thus necessitating annual updates of influenza vaccines. In contrast, the immunogenically subdominant stem region of HA is highly conserved and recognized by antibodies capable of binding multiple HA subtypes. Here we report the structure-based development of an H1 HA stem-only immunogen that confers heterosubtypic protection in mice and ferrets. Six iterative cycles of structure-based design (Gen1-Gen6) yielded successive H1 HA stabilized-stem (HA-SS) immunogens that lack the immunodominant head domain. Antigenic characterization, determination of two HA-SS crystal structures in complex with stem-specific monoclonal antibodies and cryo-electron microscopy analysis of HA-SS on ferritin nanoparticles (H1-SS-np) confirmed the preservation of key structural elements. Vaccination of mice and ferrets with H1-SS-np elicited broadly cross-reactive antibodies that completely protected mice and partially protected ferrets against lethal heterosubtypic H5N1 influenza virus challenge despite the absence of detectable H5N1 neutralizing activity in vitro. Passive transfer of immunoglobulin from H1-SS-np-immunized mice to naive mice conferred protection against H5N1 challenge, indicating that vaccine-elicited HA stem-specific antibodies can protect against diverse group 1 influenza strains.
履歴
登録2015年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月27日-
マップ公開2015年8月19日-
更新2015年9月16日-
現状2015年9月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6332.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6332.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ferritin-hemagglutinin nanoparticle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.63 Å/pix.
x 128 pix.
= 336.64 Å		2.63 Å/pix.
x 128 pix.
= 336.64 Å		2.63 Å/pix.
x 128 pix.
= 336.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.63 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.024 / ムービー #1: 0.024
最小 - 最大-0.04077554 - 0.1163357
平均 (標準偏差)0.00035891 (±0.01660633)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 336.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.632.632.63
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z336.640336.640336.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-800-4
NX/NY/NZ1611358
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0410.1160.000

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添付データ

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セグメンテーションマップ: relion postprocess automask: threshold=0.008 extend=4, soft-edge=8,

注釈relion_postprocess automask: threshold=0.008 extend=4, soft-edge=8,
ファイルemd_6332_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : H. pylori ferritin fusion with engineered H1 hemagglutin stem domain

全体名称: H. pylori ferritin fusion with engineered H1 hemagglutin stem domain
要素
  • 試料: H. pylori ferritin fusion with engineered H1 hemagglutin stem domain
  • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin stem ferritin nanoparticle

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超分子 #1000: H. pylori ferritin fusion with engineered H1 hemagglutin stem domain

超分子名称: H. pylori ferritin fusion with engineered H1 hemagglutin stem domain
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: nanoparticle of 24 subunits / Number unique components: 1
分子量実験値: 1 MDa / 理論値: 970 KDa / 手法: gel filtration

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分子 #1: Hemagglutinin stem ferritin nanoparticle

分子名称: Hemagglutinin stem ferritin nanoparticle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: HA-stem ferritin nanoparticle / コピー数: 24 / 集合状態: nanoparticle of 24 subunits / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量実験値: 1 MDa / 理論値: 970 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 12 mM Na/K phosphate, 137 mM NaCl
グリッド詳細: holey carbon film, Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 118 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K
日付2014年10月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 209 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected manually.
CTF補正詳細: micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION
詳細: final reconstruction from 49% of the initial particle set
使用した粒子像数: 6540
最終 2次元分類クラス数: 80
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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