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- EMDB-63290: Structure of human DNMT3A-TCL1A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63290
タイトルStructure of human DNMT3A-TCL1A complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of human DNMT3A-TCL1A complex
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
    • タンパク質・ペプチド: T-cell leukemia/lymphoma protein 1A
  • リガンド: ZINC ION
キーワードcomplex / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular response to hypoxia / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / protein-cysteine methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / unmethylated CpG binding / cellular response to bisphenol A / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins ...positive regulation of cellular response to hypoxia / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / protein-cysteine methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / unmethylated CpG binding / cellular response to bisphenol A / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins / XY body / response to vitamin A / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / response to ionizing radiation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / hepatocyte apoptotic process / lncRNA binding / cellular response to ethanol / chromosome, centromeric region / catalytic complex / heterochromatin / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / DNA methylation / protein serine/threonine kinase activator activity / PRC2 methylates histones and DNA / post-embryonic development / Defective pyroptosis / response to cocaine / cellular response to amino acid stimulus / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / euchromatin / response to lead ion / response to toxic substance / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / neuron differentiation / transcription corepressor activity / response to estradiol / spermatogenesis / methylation / cellular response to hypoxia / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
TCL1/MTCP1 / TCL1/MTCP1 superfamily / TCL1/MTCP1 family / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger ...TCL1/MTCP1 / TCL1/MTCP1 superfamily / TCL1/MTCP1 family / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell leukemia/lymphoma protein 1A / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Liu QT / Li JH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular basis for inhibition of de novo DNA methylation by TCL1A
著者: Liu QT / Li JH
履歴
登録2025年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63290.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63290.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-1.564861 - 2.0969105
平均 (標準偏差)-0.0002915931 (±0.03242038)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_63290_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63290_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63290_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of human DNMT3A-TCL1A complex

全体名称: Structure of human DNMT3A-TCL1A complex
要素
  • 複合体: Structure of human DNMT3A-TCL1A complex
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
    • タンパク質・ペプチド: T-cell leukemia/lymphoma protein 1A
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Structure of human DNMT3A-TCL1A complex

超分子名称: Structure of human DNMT3A-TCL1A complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Isoform 1 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

分子名称: Isoform 1 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.997477 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPAMPSSGPG DTSSSAAERE EDRKDGEEQE EPRGKEERQE PSTTARKVGR PGRKRKHPPV ESGDTPKDPA VISKSPSMAQ DSGASELLP NGDLEKRSEP QPEEGSPAGG QKGGAPAEGE GAAETLPEAS RAVENGCCTP KEGRGAPAEA GKEQKETNIE S MKMEGSRG ...文字列:
MPAMPSSGPG DTSSSAAERE EDRKDGEEQE EPRGKEERQE PSTTARKVGR PGRKRKHPPV ESGDTPKDPA VISKSPSMAQ DSGASELLP NGDLEKRSEP QPEEGSPAGG QKGGAPAEGE GAAETLPEAS RAVENGCCTP KEGRGAPAEA GKEQKETNIE S MKMEGSRG RLRGGLGWES SLRQRPMPRL TFQAGDPYYI SKRKRDEWLA RWKREAEKKA KVIAGMNAVE ENQGPGESQK VE EASPPAV QQPTDPASPT VATTPEPVGS DAGDKNATKA GDDEPEYEDG RGFGIGELVW GKLRGFSWWP GRIVSWWMTG RSR AAEGTR WVMWFGDGKF SVVCVEKLMP LSSFCSAFHQ ATYNKQPMYR KAIYEVLQVA SSRAGKLFPV CHDSDESDTA KAVE VQNKP MIEWALGGFQ PSGPKGLEPP EEEKNPYKEV YTDMWVEPEA AAYAPPPPAK KPRKSTAEKP KVKEIIDERT RERLV YEVR QKCRNIEDIC ISCGSLNVTL EHPLFVGGMC QNCKNCFLEC AYQYDDDGYQ SYCTICCGGR EVLMCGNNNC CRCFCV ECV DLLVGPGAAQ AAIKEDPWNC YMCGHKGTYG LLRRREDWPS RLQMFFANNH DQEFDPPKVY PPVPAEKRKP IRVLSLF DG IATGLLVLKD LGIQVDRYIA SEVCEDSITV GMVRHQGKIM YVGDVRSVTQ KHIQEWGPFD LVIGGSPCND LSIVNPAR K GLYEGTGRLF FEFYRLLHDA RPKEGDDRPF FWLFENVVAM GVSDKRDISR FLESNPVMID AKEVSAAHRA RYFWGNLPG MNRPLASTVN DKLELQECLE HGRIAKFSKV RTITTRSNSI KQGKDQHFPV FMNEKEDILW CTEMERVFGF PVHYTDVSNM SRLARQRLL GRSWSVPVIR HLFAPLKEYF ACV

UniProtKB: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

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分子 #2: T-cell leukemia/lymphoma protein 1A

分子名称: T-cell leukemia/lymphoma protein 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.475537 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MAECPTLGEA VTDHPDRLWA WEKFVYLDEK QHAWLPLTIE IKDRLQLRVL LRREDVVLGR PMTPTQIGPS LLPIMWQLYP DGRYRSSDS SFWRLVYHIK IDGVEDMLLE LLPDD

UniProtKB: T-cell leukemia/lymphoma protein 1A

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMTrisTris(hydroxymethyl)aminomethane
5.0 mMDTTDithiothreitol

詳細: 25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl,5 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Vitrification carried out in argon atmosphere.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 51.36 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Coot (ver. 0.9.8.1) / 使用した粒子像数: 2226401
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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