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- EMDB-63249: Cryo-EM structure of human MON1A-CCZ1-RAB7A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63249
タイトルCryo-EM structure of human MON1A-CCZ1-RAB7A
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of human MON1A-CCZ1-RAB7A
    • 複合体: Ternary complex vacuolar fusion protein CCZ1 homolog with MON1A and RAB7A
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog B
    • 複合体: Ternary complex of vacuolar fusion protein MON1 homolog A with CCZ1 and RAB7A
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein MON1 homolog A
    • 複合体: Ternary complex of Ras-related protein Rab-7a with Vacuolar fusion protein CCZ1 and MON1A
      • タンパク質・ペプチド: Ras-related protein Rab-7a
キーワードComplex / GEF / RAB-GTPase / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Mon1-Ccz1 complex / synaptic vesicle recycling via endosome / lipophagy / positive regulation of viral process / phagosome acidification / protein to membrane docking / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / negative regulation of intralumenal vesicle formation ...Mon1-Ccz1 complex / synaptic vesicle recycling via endosome / lipophagy / positive regulation of viral process / phagosome acidification / protein to membrane docking / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / negative regulation of intralumenal vesicle formation / Suppression of autophagy / phagosome-lysosome fusion / negative regulation of exosomal secretion / establishment of vesicle localization / retromer complex binding / phagosome maturation / presynaptic endosome / protein localization to lysosome / endosome to plasma membrane protein transport / early endosome to late endosome transport / phagophore assembly site membrane / positive regulation of exosomal secretion / protein targeting to vacuole / RAB geranylgeranylation / protein targeting to lysosome / melanosome membrane / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / endosome to lysosome transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / autophagosome membrane / viral release from host cell / protein secretion / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / autophagosome assembly / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / bone resorption / intracellular transport / lipid catabolic process / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / lipid droplet / RAC1 GTPase cycle / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / MHC class II antigen presentation / secretory granule membrane / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / response to bacterium / small GTPase binding / mitochondrial membrane / phagocytic vesicle membrane / endocytosis / positive regulation of protein catabolic process / GDP binding / synaptic vesicle membrane / late endosome membrane / late endosome / protein transport / G protein activity / lysosome / endosome membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / mitochondrion / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuolar fusion protein Ccz1 / Vacuolar fusion protein Mon1 / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain ...Vacuolar fusion protein Ccz1 / Vacuolar fusion protein Mon1 / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-related protein Rab-7a / Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog B / Vacuolar fusion protein MON1 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Li X / Li D / Tang D / Wang J / Qi S
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)32201025 中国
National Science Foundation (NSF, China)32071214 中国
National Science Foundation (NSF, China)32471311 中国
引用ジャーナル: Life Metab / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the human MON1A-CCZ1-RAB7A complex provides insights into nucleotide exchange mechanism.
著者: Xinna Li / Dan Li / Dan Tang / Xiaofang Huang / Hui Bao / Jiawei Wang / Shiqian Qi /
要旨: Autophagy is a fundamental cellular process, conserved across species from yeast to mammals, that plays a crucial role in maintaining cellular homeostasis. The functionally conserved MON1-CCZ1 (MC1) ...Autophagy is a fundamental cellular process, conserved across species from yeast to mammals, that plays a crucial role in maintaining cellular homeostasis. The functionally conserved MON1-CCZ1 (MC1) complex serves as a guanine nucleotide exchange factor (GEF) for the RAB GTPase RAB7A and is indispensable for directing RAB7A recruitment to autophagosome or lysosomal membranes. Despite its critical role, the precise molecular mechanism underlying the assembly of the human MON1A-CCZ1 (HsMC1) complex and its specific GEF activity towards RAB7A has remained unclear. In this study, we report the high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the HsMC1 GEF domain in a complex with the nucleotide-free RAB7A at 2.85 Å resolution. Our structural data demonstrate that engagement with the HsMC1 complex induces marked conformational shifts in the phosphate-binding loop (P-loop) and Switch I/II regions of RAB7A. A striking feature of this complex is the direct interaction between the P-loop of RAB7A and CCZ1, a structural detail not previously observed. Furthermore, biochemical assays targeting residues within Interface I or II of the HsMC1-RAB7A complex highlight their critical role in mediating the interaction and suggest a unique mechanism for nucleotide exchange facilitated by the HsMC1 complex. These findings provide novel molecular insights into the functional mechanisms of the HsMC1-RAB7A complex, offering a robust structural framework to inform future investigations into disease-related targets and therapeutic development.
履歴
登録2025年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63249.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63249.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 265.216 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 265.216 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 265.216 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.036 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.348
最小 - 最大-4.016941 - 4.6503515
平均 (標準偏差)-0.000059662434 (±0.0911741)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 265.216 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63249_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63249_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of human MON1A-CCZ1-RAB7A

全体名称: Cryo-EM structure of human MON1A-CCZ1-RAB7A
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of human MON1A-CCZ1-RAB7A
    • 複合体: Ternary complex vacuolar fusion protein CCZ1 homolog with MON1A and RAB7A
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog B
    • 複合体: Ternary complex of vacuolar fusion protein MON1 homolog A with CCZ1 and RAB7A
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein MON1 homolog A
    • 複合体: Ternary complex of Ras-related protein Rab-7a with Vacuolar fusion protein CCZ1 and MON1A
      • タンパク質・ペプチド: Ras-related protein Rab-7a

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超分子 #1: Cryo-EM structure of human MON1A-CCZ1-RAB7A

超分子名称: Cryo-EM structure of human MON1A-CCZ1-RAB7A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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超分子 #2: Ternary complex vacuolar fusion protein CCZ1 homolog with MON1A a...

超分子名称: Ternary complex vacuolar fusion protein CCZ1 homolog with MON1A and RAB7A
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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超分子 #3: Ternary complex of vacuolar fusion protein MON1 homolog A with CC...

超分子名称: Ternary complex of vacuolar fusion protein MON1 homolog A with CCZ1 and RAB7A
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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超分子 #4: Ternary complex of Ras-related protein Rab-7a with Vacuolar fusio...

超分子名称: Ternary complex of Ras-related protein Rab-7a with Vacuolar fusion protein CCZ1 and MON1A
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog B

分子名称: Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.935016 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAAAAGAGS GPWAAQEKQF PPALLSFFIY NPRFGPREGQ EENKILFYHP NEVEKNEKIR NVGLCEAIVQ FTRTFSPSKP AKSLHTQKN RQFFNEPEEN FWMVMVVRNP IIEKQSKDGK PVIEYQEEEL LDKVYSSVLR QCYSMYKLFN GTFLKAMEDG G VKLLKERL ...文字列:
MAAAAAGAGS GPWAAQEKQF PPALLSFFIY NPRFGPREGQ EENKILFYHP NEVEKNEKIR NVGLCEAIVQ FTRTFSPSKP AKSLHTQKN RQFFNEPEEN FWMVMVVRNP IIEKQSKDGK PVIEYQEEEL LDKVYSSVLR QCYSMYKLFN GTFLKAMEDG G VKLLKERL EKFFHRYLQT LHLQSCDLLD IFGGISFFPL DKMTYLKIQS FINRMEESLN IVKYTAFLYN DQLIWSGLEQ DD MRILYKY LTTSLFPRHI EPELAGRDSP IRAEMPGNLQ HYGRFLTGPL NLNDPDAKCR FPKIFVNTDD TYEELHLIVY KAM SAAVCF MIDASVHPTL DFCRRLDSIV GPQLTVLASD ICEQFNINKR MSGSEKEPQF KFIYFNHMNL AEKSTVHMRK TPSV SLTSV HPDLMKILGD INSDFTRVDE DEEIIVKAMS DYWVVGKKSD RRELYVILNQ KNANLIEVNE EVKKLCATQF NNIFF LD

UniProtKB: Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog B

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分子 #2: Vacuolar fusion protein MON1 homolog A

分子名称: Vacuolar fusion protein MON1 homolog A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62.206281 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MATDMQRKRS SECLDGTLTP SDGQSMERAE SPTPGMAQGM EPGAGQEGAM FVHARSYEDL TESEDGAASG DSHKEGTRGP PPLPTDMRQ ISQDFSELST QLTGVARDLQ EEMLPGSSED WLEPPGAVGR PATEPPREGT TEGDEEDATE AWRLHQKHVF V LSEAGKPV ...文字列:
MATDMQRKRS SECLDGTLTP SDGQSMERAE SPTPGMAQGM EPGAGQEGAM FVHARSYEDL TESEDGAASG DSHKEGTRGP PPLPTDMRQ ISQDFSELST QLTGVARDLQ EEMLPGSSED WLEPPGAVGR PATEPPREGT TEGDEEDATE AWRLHQKHVF V LSEAGKPV YSRYGSEEAL SSTMGVMVAL VSFLEADKNA IRSIHADGYK VVFVRRSPLV LVAVARTRQS AQELAQELLY IY YQILSLL TGAQLSHIFQ QKQNYDLRRL LSGSERITDN LLQLMARDPS FLMGAARCLP LAAAVRDTVS ASLQQARARS LVF SILLAR NQLVALVRRK DQFLHPIDLH LLFNLISSSS SFREGEAWTP VCLPKFNAAG FFHAHISYLE PDTDLCLLLV STDR EDFFA VSDCRRRFQE RLRKRGAHLA LREALRTPYY SVAQVGIPDL RHFLYKSKSS GLFTSPEIEA PYTSEEEQER LLGLY QYLH SRAHNASRPL KTIYYTGPNE NLLAWVTGAF ELYMCYSPLG TKASAVSAIH KLMRWIRKEE DRLFILTPLT Y

UniProtKB: Vacuolar fusion protein MON1 homolog A

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分子 #3: Ras-related protein Rab-7a

分子名称: Ras-related protein Rab-7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: small monomeric GTPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.515773 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTSRKKVLLK VIILGDSGVG KTSLMNQYVN KKFSNQYKAT IGADFLTKEV MVDDRLVTMQ IWDTAGQERF QSLGVAFYRG ADCCVLVFD VTAPNTFKTL DSWRDEFLIQ ASPRDPENFP FVVLGIKIDL ENRQVATKRA QAWCYSKNNI PYFETSAKEA I NVEQAFQT ...文字列:
MTSRKKVLLK VIILGDSGVG KTSLMNQYVN KKFSNQYKAT IGADFLTKEV MVDDRLVTMQ IWDTAGQERF QSLGVAFYRG ADCCVLVFD VTAPNTFKTL DSWRDEFLIQ ASPRDPENFP FVVLGIKIDL ENRQVATKRA QAWCYSKNNI PYFETSAKEA I NVEQAFQT IARNALKQET EVELYNEFPE PIKLDKNDRA KASAESCSC

UniProtKB: Ras-related protein Rab-7a

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.42 mg/mL
緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate
グリッド材質: GOLD / メッシュ: 300

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 6406 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6406
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1246669 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4554171
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 3次元分類クラス数: 1246669
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9lol:
Cryo-EM structure of human MON1A-CCZ1-RAB7A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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