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- EMDB-63235: An antibody target the fusion protein of Nipah virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63235
タイトルAn antibody target the fusion protein of Nipah virus
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Nipah virus fusion protein with an antibody
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: Fab NiF03-3C9 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab NiF03-3C9 light chain
キーワードNipah virus / antibody / complex / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Henipavirus nipahense (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Xu H / Su XD
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFC2301402 中国
引用ジャーナル: Antiviral Res / 年: 2025
タイトル: A monoclonal antibody targeting conserved regions of pre-fusion protein cross-neutralizes Nipah and Hendra virus variants.
著者: Tao Li / Hua Xu / Mengyi Zhang / Jianhui Nie / Binfan Liao / Jingshu Xie / Yinan Jiang / Yawen Liu / Pingju Ge / Chunhui Zhao / Ziqi Sun / Yunbo Bai / Maoling Tang / Xiaodong Su / Youchun Wang / Weijin Huang /
要旨: Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) have an extremely high case fatality, leading to hundreds of deaths in several countries around the globe. Belonging to the same genus Henipavirus (HNV), the ...Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) have an extremely high case fatality, leading to hundreds of deaths in several countries around the globe. Belonging to the same genus Henipavirus (HNV), the two species have a high degree of sequence similarity, resulting in cross-neutralizing immunity under favorable conditions. Here, we obtained ten anti-NiV-F monoclonal antibodies using hybridoma technology, and verified that these antibodies had potent neutralizing activities against epidemic NiV strains from different regions using a pseudovirus assay, and the neutralizing concentration reached the nanogram per milliliter level. Moreover, two of the antibodies, NiF03-3C9 and NiF03-2F6, were found to have cross-neutralizing activity against HeV, which was even stronger than that against NiV. Epitope competition analysis revealed two classes of epitopes for these antibodies. Cryo-electron microscopy showed that NiF03-3C9 binds to lateral residues of the prefusion F protein trimer, highly conserved in both Nipah and Hendra. The protective potency of the antibodies was also validated using in vivo pseudovirus infection models of Nipah and Hendra viruses. The mAbs developed in this study and their conserved cross-neutralizing epitopes elucidated by structural analysis may contribute to the control of highly pathogenic HNV outbreaks.
履歴
登録2025年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63235.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63235.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-2.2325845 - 3.3613236
平均 (標準偏差)0.0011206213 (±0.10377874)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 265.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63235_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63235_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Nipah virus fusion protein with an antibody

全体名称: Complex of Nipah virus fusion protein with an antibody
要素
  • 複合体: Complex of Nipah virus fusion protein with an antibody
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: Fab NiF03-3C9 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab NiF03-3C9 light chain

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超分子 #1: Complex of Nipah virus fusion protein with an antibody

超分子名称: Complex of Nipah virus fusion protein with an antibody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)
分子量理論値: 54.739805 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: ILHYEKLSKI GLVKGVTRKY KIKSNPLTKD IVIKMIPNVS NMSQCTGSVM ENYKTRLNGI LTPIKGALEI YKNNTHDLVG DVRLAGVIM AGVAIGIATA AQITAGVALY EAMKNADNIN KLKSSIESTN EAVVKLQETA EKTVYVLTAL QDYINTNLVP T IDKISCKQ ...文字列:
ILHYEKLSKI GLVKGVTRKY KIKSNPLTKD IVIKMIPNVS NMSQCTGSVM ENYKTRLNGI LTPIKGALEI YKNNTHDLVG DVRLAGVIM AGVAIGIATA AQITAGVALY EAMKNADNIN KLKSSIESTN EAVVKLQETA EKTVYVLTAL QDYINTNLVP T IDKISCKQ TELSLDLALS KYLSDLLFVF GPNLQDPVSN SMTIQAISQA FGGNYETLLR TLGYATEDFD DLLESDSITG QI IYVDLSS YYIIVRVYFP ILTEIQQAYI QELLPVSFNN DNSEWISIVP NFILVRNTLI SNIEIGFCLI TKRSVICNQD YAT PMTNNM RECLTGSTEK CPRELVVSSH VPRFALSNGV LFANCISVTC QCQTTGRAIS QSGEQTLLMI DNTTCPTAVL GNVI ISLGK YLGSVNYNSE GIAIGPPVFT DKVDISSQIS SMNQSLQQSK DYIKEAQRLL DTVNPSLKLM KQIEDKIEEI LSKIY HIEN EIARIKKLIG E

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: Fab NiF03-3C9 heavy chain

分子名称: Fab NiF03-3C9 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.750713 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASMKI ACKASGYSFT DYTMNWVKQS HGKNLEWIGL INPYIGGTNY NQKFKGKATL TVDKSSSTAY MELLSLTFE DSAVYYCARD PSRAMDYWGQ GTSVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH ...文字列:
EVQLQQSGPE LVKPGASMKI ACKASGYSFT DYTMNWVKQS HGKNLEWIGL INPYIGGTNY NQKFKGKATL TVDKSSSTAY MELLSLTFE DSAVYYCARD PSRAMDYWGQ GTSVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCDK

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分子 #3: Fab NiF03-3C9 light chain

分子名称: Fab NiF03-3C9 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.229797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPAS LSASVGETVT ITCGASENIY GALNWFQRKQ GKSPQLLIYG ATNLADGMSS RFSGSGSGRQ YSLKIGSMHP DDVATYYCQ NVLSTPWTFG GGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPAS LSASVGETVT ITCGASENIY GALNWFQRKQ GKSPQLLIYG ATNLADGMSS RFSGSGSGRQ YSLKIGSMHP DDVATYYCQ NVLSTPWTFG GGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 477578
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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