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- EMDB-63230: SFP21A phage tail fiber (Gp09) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63230
タイトルSFP21A phage tail fiber (Gp09)
マップデータmain EM map
試料
  • 複合体: Trimeric complex of phage tail fiber
    • タンパク質・ペプチド: Tail fibers protein
キーワードShigella flexneri / bacteriophage / tail fiber / Podoviridae / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell
類似検索 - 分子機能
Tail spike TSP1/Gp66, N-terminal domain / Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain / Bacteriophage T7 tail fibre protein / Phage T7 tail fibre protein, N-terminal domain / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail fibers protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / Shigella phage SFP21A (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Baek Y / Ha N-C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the tail fiber protein from Podoviridae family bacteriophage infecting Shigella flexneri
著者: Baek Y / Choi H / Lee J / Ha N-C
履歴
登録2025年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63230.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63230.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.65634227 - 0.95797503
平均 (標準偏差)0.00037888822 (±0.039356854)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 215.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63230_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_63230_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_63230_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric complex of phage tail fiber

全体名称: Trimeric complex of phage tail fiber
要素
  • 複合体: Trimeric complex of phage tail fiber
    • タンパク質・ペプチド: Tail fibers protein

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超分子 #1: Trimeric complex of phage tail fiber

超分子名称: Trimeric complex of phage tail fiber / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 118 KDa

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分子 #1: Tail fibers protein

分子名称: Tail fibers protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella phage SFP21A (ファージ)
分子量理論値: 91.293039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MANTTLTQFP AGQTQYKITF DYLARPFVVV TLVNSNDAAL NRVLTAGNDY LFLNPTTIEI LTSQAGFDIL QIHRFTSTDL LVDFRDGSV LTATDLTNSE LQAIHIAEEG RDQSTGLAKQ YADQAVEAGK DAQDILNQII LLGKNGYTPV GSFENGGTVR L QNDVLQYG ...文字列:
MANTTLTQFP AGQTQYKITF DYLARPFVVV TLVNSNDAAL NRVLTAGNDY LFLNPTTIEI LTSQAGFDIL QIHRFTSTDL LVDFRDGSV LTATDLTNSE LQAIHIAEEG RDQSTGLAKQ YADQAVEAGK DAQDILNQII LLGKNGYTPV GSFENGGTVR L QNDVLQYG SGTATTHWRW EGTLPKVVPA GSTPTSAGGI GKGKWIDVTD ATLRGQLAGT GGASMVKASD GRTVEQWLVQ SD SASYRAK NMAKLAWVDY QVHNRGSIKS CFLGDSMTAG FDRTSSDVIP PQDGDWATRA SMNYPYRFAS YLAEQSGCTS TVV MRAISG HTAKQAYEQA EWQTNPNCDI VFIMYAINDS GGVAGATLDI YMEYMEKLIR RYIDWGCAVV VQRPSGGGQG AGNP RWLHW AKRLQMVARV YGCPIFDAHE VMLYRHYAAV QSDGTHYNSM GYAIHGEKLA SMLMAGGLLD TYRPVVNEIT VWTGM MSDR VGWCDAMGNI GTFRSDGAFT RSKITGRLPG STRVVTTFSF YLDAEAAHIY GKFVGKMNVI MTNSRWWNNN AQPYYQ YAD DQPHSFGMSL ERTPKSPNDF SGASGSRKFI GRVIGRGWHT LTFFKALDGT DTTESFINSL TIQPIPLGLS TEQMWGQ DE ERRYKVVHTR KLPSPSGQGN NLPQATVLNS FHMRVPQSVL GTGPGALCLP TPYFYNTIPA TLRITDEKGT YIEFLVYN N GSSGLTWTGK VLKSTLAEAS YPTLTAQLAT AKQSVVRAAG QDGTNMPLEN IYDFNGGLQP QNSSASDISW KGGIYFQFT LTWPGTAPTG YWNIELEGSD WFGNSESSFG AF

UniProtKB: Tail fibers protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold2 predicted model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 146100
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9lna:
SFP21A phage tail fiber (Gp09)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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