[日本語] English
万見
- EMDB-63219: Cryo-EM structure of human apo inactive GPR4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63219
タイトルCryo-EM structure of human apo inactive GPR4
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: inactive GPR4
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of anti-Bril Fab
    • タンパク質・ペプチド: anti-Fab Nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of anti-Bril Fab
    • タンパク質・ペプチド: G-protein coupled receptor 4,Soluble cytochrome b562
キーワードGPCR / class A / GPR4 / cryo-EM / protein sensing / inactive state / MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glomerular mesangial cell development / regulation of vascular permeability / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / response to acidic pH / angiogenesis involved in wound healing / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of cell adhesion / negative regulation of angiogenesis / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity ...glomerular mesangial cell development / regulation of vascular permeability / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / response to acidic pH / angiogenesis involved in wound healing / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of cell adhesion / negative regulation of angiogenesis / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
G protein-coupled receptor 4 orphan / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / G-prodeshotein coupled receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chen LN / Zhou H / Xi K
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human apo inactive GPR4
著者: Chen LN / Zhou H / Xi K
履歴
登録2025年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_63219.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63219.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-0.60029393 - 1.4150951
平均 (標準偏差)-0.0025912148 (±0.03761162)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 238.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_63219_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63219_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : inactive GPR4

全体名称: inactive GPR4
要素
  • 細胞器官・細胞要素: inactive GPR4
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of anti-Bril Fab
    • タンパク質・ペプチド: anti-Fab Nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of anti-Bril Fab
    • タンパク質・ペプチド: G-protein coupled receptor 4,Soluble cytochrome b562

-
超分子 #1: inactive GPR4

超分子名称: inactive GPR4 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: Heavy chain of anti-Bril Fab

分子名称: Heavy chain of anti-Bril Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.00885 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCDKTHT

-
分子 #2: anti-Fab Nanobody

分子名称: anti-Fab Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.159438 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGRTIS RYAMSWFRQA PGKEREFVAV ARRSGDGAFY ADSVQGRFTV SRDDAKNTVY LQMNSLKPE DTAVYYCAID SDTFYSGSYD YWGQGTQVTV S

-
分子 #3: Light chain of anti-Bril Fab

分子名称: Light chain of anti-Bril Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.586205 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

-
分子 #4: G-protein coupled receptor 4,Soluble cytochrome b562

分子名称: G-protein coupled receptor 4,Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.012133 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGNHTWEGCH VDSRVDHLFP PSLYIFVIGV GLPTNCLALW AAYRQVQQRN ELGVYLMNLS IADLLYICTL PLWVDYFLHH DNWIHGPGS CKLFGFIFYT NIYISIAFLC CISVDRYLAV AHPLRFARLR RVKTAVAVSS VVWATELGAN SAPLFHDELF R DRYNHTFC ...文字列:
MGNHTWEGCH VDSRVDHLFP PSLYIFVIGV GLPTNCLALW AAYRQVQQRN ELGVYLMNLS IADLLYICTL PLWVDYFLHH DNWIHGPGS CKLFGFIFYT NIYISIAFLC CISVDRYLAV AHPLRFARLR RVKTAVAVSS VVWATELGAN SAPLFHDELF R DRYNHTFC FEKFPMEGWV AWMNLYRVFV GFLFPWALML LSYRGILRAV EKRRADLEDN WETLNDNLKV IEKADNAAQV KD ALTKMRA AALDAQKATD KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLAN EGKVKEAQAA AEQLKTTRNA YIQKYLDWER ERL KRLERI KRLALSLIAI VLVCFAPYHV LLLSRSAIYL GRPWDCGFEE RVFSAYHSSL AFTSLNCVAD PILYCLVNEG ARSD VAKAL HNLLRFLASD KPQEMANASL TLETPLTSKR NSTAKAMTGS WAATPPSQGD QVQLKMLPPA Q

UniProtKB: G-prodeshotein coupled receptor 4, Soluble cytochrome b562, G-prodeshotein coupled receptor 4

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 261077
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る