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- EMDB-63204: Cryo-EM structure of D1R-Gs in complex with de novo designed GEM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63204
タイトルCryo-EM structure of D1R-Gs in complex with de novo designed GEM targetingTM1/2/4 and GEM targeting TM3/4/5, and agonist-positive allosteric GEM targeting TM5/6/7
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of D1R-Gs with de novo designed GEM targetingTM1/2/4 and GEM targeting TM3/4/5, and agonist-positive allosteric GEM targeting TM5/6/7
    • タンパク質・ペプチド: D(1A) dopamine receptor,LgBiT
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanoboy 35
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM1/2/4
    • タンパク質・ペプチド: De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM3/4/5
    • タンパク質・ペプチド: De novo designed agonist-positive allosteric GPCR exoframe modulator targeting TM5/6/7
  • リガンド: L-DOPAMINE
  • リガンド: PALMITIC ACID
キーワードGPCR / GEM / GPCR exoframe modulator / D1R / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / dopamine neurotransmitter receptor activity / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / Dopamine receptors / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / dopamine binding / operant conditioning / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein binding / peristalsis ...dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / dopamine neurotransmitter receptor activity / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / Dopamine receptors / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / dopamine binding / operant conditioning / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein binding / peristalsis / G protein-coupled receptor complex / modification of postsynaptic structure / positive regulation of neuron migration / habituation / grooming behavior / regulation of dopamine metabolic process / astrocyte development / sensitization / striatum development / : / dentate gyrus development / positive regulation of potassium ion transport / conditioned taste aversion / maternal behavior / arrestin family protein binding / non-motile cilium / long-term synaptic depression / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / mating behavior / adult walking behavior / : / ciliary membrane / temperature homeostasis / dopamine metabolic process / adenylate cyclase-activating G protein-coupled bile acid receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating serotonin receptor signaling pathway / transmission of nerve impulse / regulation of skeletal muscle contraction / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / developmental growth / intracellular transport / G-protein alpha-subunit binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / D1 dopamine receptor binding / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / behavioral fear response / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / Hedgehog 'off' state / neuronal action potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to acidic pH / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / behavioral response to cocaine / synapse assembly / cellular response to glucagon stimulus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / response to amphetamine / synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to prostaglandin E / bone development / visual learning / platelet aggregation / G protein-coupled receptor activity / vasodilation / GABA-ergic synapse / cognition / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / memory / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / protein import into nucleus / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / sensory perception of smell / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / long-term synaptic potentiation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins
類似検索 - 分子機能
Dopamine D1 receptor / Dopamine receptor family / G-protein alpha subunit, group S / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit ...Dopamine D1 receptor / Dopamine receptor family / G-protein alpha subunit, group S / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
D(1A) dopamine receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Guo J / Zhou Y / Cheng S / Zhang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: GPCR exoframe modulator
著者: Cheng S / Guo J / Zhou Y / Zhang Y
履歴
登録2025年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月4日-
マップ公開2026年3月4日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63204.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63204.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.244
最小 - 最大-3.8972492 - 5.4756856
平均 (標準偏差)0.004032739 (±0.109619774)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 238.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63204_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63204_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of D1R-Gs with de novo designed GEM targetingTM1/2/4 and ...

全体名称: Complex of D1R-Gs with de novo designed GEM targetingTM1/2/4 and GEM targeting TM3/4/5, and agonist-positive allosteric GEM targeting TM5/6/7
要素
  • 複合体: Complex of D1R-Gs with de novo designed GEM targetingTM1/2/4 and GEM targeting TM3/4/5, and agonist-positive allosteric GEM targeting TM5/6/7
    • タンパク質・ペプチド: D(1A) dopamine receptor,LgBiT
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanoboy 35
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM1/2/4
    • タンパク質・ペプチド: De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM3/4/5
    • タンパク質・ペプチド: De novo designed agonist-positive allosteric GPCR exoframe modulator targeting TM5/6/7
  • リガンド: L-DOPAMINE
  • リガンド: PALMITIC ACID

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超分子 #1: Complex of D1R-Gs with de novo designed GEM targetingTM1/2/4 and ...

超分子名称: Complex of D1R-Gs with de novo designed GEM targetingTM1/2/4 and GEM targeting TM3/4/5, and agonist-positive allosteric GEM targeting TM5/6/7
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: D(1A) dopamine receptor,LgBiT

分子名称: D(1A) dopamine receptor,LgBiT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 67.994031 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: RTLNTSAMDG TGLVVERDFS VRILTACFLS LLILSTLLGN TLVCAAVIRF RHLRSKVTNF FVISLAVSDL LVAVLVMPWK AVAEIAGFW PFGSFCNIWV AFDIMCSTAS ILNLCVISVD RYWAISSPFR YERKMTPKAA FILISVAWTL SVLISFIPVQ L SNHKAKPT ...文字列:
RTLNTSAMDG TGLVVERDFS VRILTACFLS LLILSTLLGN TLVCAAVIRF RHLRSKVTNF FVISLAVSDL LVAVLVMPWK AVAEIAGFW PFGSFCNIWV AFDIMCSTAS ILNLCVISVD RYWAISSPFR YERKMTPKAA FILISVAWTL SVLISFIPVQ L SNHKAKPT SPSDGNATSL AETIDNCDSS LSRTYAISSS VISFYIPVAI MIVTYTRIYR IAQKQIRRIA ALERAAVHAK NC QTTTGNG KPVECSQPES SFKMSFKRET KVLKTLSVIM GVFVCCWLPF FILNCILPFC GSGETQPFCI DSNTFDVFVW FGW ANSSLN PIIYAFNADF RKAFSTLLGC YRLCPATNNA IETVSINNNG AAMFSSHHEP RGSISKECNL VYLIPHAVGS SEDL KKEEA AGIARPLEKL SPALSVILDY DTDVSLEKIQ PITQNGQHPT GSGGSGGGGS GGSGGSVFTL EDFVGDWEQT AAYNL DQVL EQGGVSSLLQ NLAVSVTPIQ RIVRSGENAL KIDIHVIIPY EGLSADQMAQ IEEVFKVVYP VDDHHFKVIL PYGTLV IDG VTPNMLNYFG RPYEGIAVFD GKKITVTGTL WNGNKIIDER LITPDGSMLF RVTINSGGS

UniProtKB: D(1A) dopamine receptor

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.729582 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR ...文字列:
MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR FLDDNQIVTS SGDTTCALWD IETGQQTTTF TGHTGDVMSL SLAPDTRLFV SGACDASAKL WDVREGMCRQ TF TGHESDI NAICFFPNGN AFATGSDDAT CRLFDLRADQ ELMTYSHDNI ICGITSVSFS KSGRLLLAGY DDFNCNVWDA LKA DRAGVL AGHDNRVSCL GVTDDGMAVA TGSWDSFLKI WNGSSGGGGS GGGGSSGVSG WRLFKKIS

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Nanoboy 35

分子名称: Nanoboy 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 15.140742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSH HHHHHEPEA

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分子 #5: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit...

分子名称: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.284074 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG DSEKATKVQD IKNNLKEAI ETIVAAMSNL VPPVELANPE NQFRVDYILS VMNVPDFDFP PEFYEHAKAL WEDEGVRACY ERSNEYQLID C AQYFLDKI ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG DSEKATKVQD IKNNLKEAI ETIVAAMSNL VPPVELANPE NQFRVDYILS VMNVPDFDFP PEFYEHAKAL WEDEGVRACY ERSNEYQLID C AQYFLDKI DVIKQADYVP SDQDLLRCRV LTSGIFETKF QVDKVNFHMF DVGAQRDERR KWIQCFNDVT AIIFVVASSS YN MVIREDN QTNRLQAALK LFDSIWNNKW LRDTSVILFL NKQDLLAEKV LAGKSKIEDY FPEFARYTTP EDATPEPGED PRV TRAKYF IRDEFLRIST ASGDGRHYCY PHFTCAVDTE NIRRVFNDCR DIIQRMHLRQ YELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #6: De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM1/2/4

分子名称: De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM1/2/4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.20609 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKEF ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLA NEGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLLEV LFQGPMLLII GTIITLVSSI IFLISFFRFM RKWIRGLTRR D VRRFLVVL ...文字列:
DYKDDDDKEF ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLA NEGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLLEV LFQGPMLLII GTIITLVSSI IFLISFFRFM RKWIRGLTRR D VRRFLVVL LVFFLLFLIS LLLYVLFLVL YFLSLGKIDP KTGSA

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分子 #7: De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM3/4/5

分子名称: De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM3/4/5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.862196 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
GPPLPLSKIV ILLIILLILS IIFLLLLYLL IKYFKSFNEP IPPMLKVFLI YCVLSLIWVI IYTIIEVLEL LLRPPPG

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分子 #8: De novo designed agonist-positive allosteric GPCR exoframe modula...

分子名称: De novo designed agonist-positive allosteric GPCR exoframe modulator targeting TM5/6/7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.614979 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
PPPPGVPPSP LHWYLVFWLI VSILVAVLFI EWLYERLTGK ELFKIPVKVR RKFLIILWIL ILLLIILGLI LIIRSFFPPP LP

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分子 #9: L-DOPAMINE

分子名称: L-DOPAMINE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: LDP
分子量理論値: 153.178 Da
Chemical component information

ChemComp-LDP:
L-DOPAMINE / 薬剤*YM

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分子 #10: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 216896
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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