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万見
- EMDB-63198: Post-fusion ectodomain of KSHV gB in complex with 2C4 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63198
タイトルPost-fusion ectodomain of KSHV gB in complex with 2C4 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of KSHV post-fusion gB with 2C4 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Core gene UL27 family protein
    • タンパク質・ペプチド: 2C4 Fab H chain
    • タンパク質・ペプチド: 2C4 Fab L chain
キーワードKSHV / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome / host cell Golgi apparatus / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Core gene UL27 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Fang XY / Sun C / Xie C / Zeng MS / Liu Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82030046 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Post-fusion ectodomain of KSHV gB in complex with 2C4 Fab
著者: Fang XY / Sun C / Xie C / Zeng MS / Liu Z
履歴
登録2025年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63198.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63198.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 448 pix.
= 383.04 Å		0.86 Å/pix.
x 448 pix.
= 383.04 Å		0.86 Å/pix.
x 448 pix.
= 383.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.222
最小 - 最大-0.14008284 - 0.64952576
平均 (標準偏差)0.00041443564 (±0.020814853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 383.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63198_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63198_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of KSHV post-fusion gB with 2C4 Fab

全体名称: Complex of KSHV post-fusion gB with 2C4 Fab
要素
  • 複合体: Complex of KSHV post-fusion gB with 2C4 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Core gene UL27 family protein
    • タンパク質・ペプチド: 2C4 Fab H chain
    • タンパク質・ペプチド: 2C4 Fab L chain

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超分子 #1: Complex of KSHV post-fusion gB with 2C4 Fab

超分子名称: Complex of KSHV post-fusion gB with 2C4 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Core gene UL27 family protein

分子名称: Core gene UL27 family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 73.137594 KDa
組換発現生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
配列文字列: MTPRSRLATL GTVILLVCFC AGAAHSRGDT FQTSSSPTPP GSSSKAPTKP GEEASGPKSV DFYQFRVCSA SITGELFRFN LEQTCPDTK DKYHQEGILL VYKKNIVPHI FKVRRYRKIA TSVTVYRGHR ESAITNKYEL PRPVPLYEIS HMDSTYQCFS S MKVNVNGV ...文字列:
MTPRSRLATL GTVILLVCFC AGAAHSRGDT FQTSSSPTPP GSSSKAPTKP GEEASGPKSV DFYQFRVCSA SITGELFRFN LEQTCPDTK DKYHQEGILL VYKKNIVPHI FKVRRYRKIA TSVTVYRGHR ESAITNKYEL PRPVPLYEIS HMDSTYQCFS S MKVNVNGV ENTFTDRDDV NTTVFLQPVE GLTDNIQRYF SQPVIYAEPG RVEATYRVRT TVNCEIVDMI ARSAEPYNYF VT SLGDTVE VSPFCYNESS CSTTPSNKNG LSVQVVLNHT VVTYSDRGTS PTPQNRIFVE TGAYTLSWAS ESKTTAVCPL ALW KTFPRS IQTTHEDSFH FVANEITATF TAPLTPVANF TDTYSCLTSD INTTLNASKA KLASTHVPNG TVQYFHTTGG LYLV WQPMS AINLTHAQGD SGNPTSSPPP SASPMTTSAS RGGSGGASTA AAGGGGSTDN LSYTQLQFAY DKLRDGINQV LEELS RAWC REQVRDNLMW YELSKINPTS VMTAIYGRPV SAKFVGDAIS VTECINVDQS SVNIHKSLRT NSKDVCYARP LVTFKF LNS SNLFTGQLGA RNEIILTNNQ VETCKDTCEH YFITRNETLV YKDYAYLRTI NTTDISTLNT FIALNLSFIQ NIDFKAI EL YSSAEKRLAS SGSHHHHHH

UniProtKB: Core gene UL27 family protein

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分子 #2: 2C4 Fab H chain

分子名称: 2C4 Fab H chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.85123 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLVQSGAEL KTPGSSVKVS CKASGGTFSS NTVSWLRQAP GQGLEWMGRI IPIVDVTNYA QKFQGRVKI TADKSTTTAY MQLSSLRSED TAVYFCARDD AIDPFSYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT A ALGCLVKD ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLVQSGAEL KTPGSSVKVS CKASGGTFSS NTVSWLRQAP GQGLEWMGRI IPIVDVTNYA QKFQGRVKI TADKSTTTAY MQLSSLRSED TAVYFCARDD AIDPFSYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT A ALGCLVKD YFPEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKRVEPK SC DKGSHHH HHHHH

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分子 #3: 2C4 Fab L chain

分子名称: 2C4 Fab L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.856516 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGSWAS SELSQPASVS GSPGQSITIS CTGTSSDVGA YNFVSWYQQH PGKAPKLMIY DVTKWPSGVS NRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYYC SSYASSNTYV FGTGTKLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI S DFYPGAVT ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGSWAS SELSQPASVS GSPGQSITIS CTGTSSDVGA YNFVSWYQQH PGKAPKLMIY DVTKWPSGVS NRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYYC SSYASSNTYV FGTGTKLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI S DFYPGAVT VAWKADSSPV KAGVETTTPS KQSNNKYAAS SYLSLTPEQW KSHRSYSCQV THEGSTVEKT VAPTECS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 339379
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る