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- EMDB-63083: Half barrel Pre-pore state of Y194A Vibrio cholerae cytolysin mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63083
タイトルHalf barrel Pre-pore state of Y194A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome.
マップデータhalf-barrel prepore of Y194A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome
試料
  • 複合体: Half-barrel Heptameric Pre-pore state of Y194A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome.
    • タンパク質・ペプチド: Cytolysin VCC
キーワードMembrane Protein / Heptameric Half-barrel Prepore / VCC mutant / Pore-forming toxin / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hemolytic toxin, N-terminal / Hemolytic toxin, N-terminal domain superfamily / Hemolysin, pre-stem domain / Hemolytic toxin N terminal / Hemolysin, beta-prism lectin / Beta-prism lectin / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Jacalin-like lectin domain superfamily ...Hemolytic toxin, N-terminal / Hemolytic toxin, N-terminal domain superfamily / Hemolysin, pre-stem domain / Hemolytic toxin N terminal / Hemolysin, beta-prism lectin / Beta-prism lectin / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Jacalin-like lectin domain superfamily / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Chattopadhyay K / Dutta S / Chatterjee A / Naskar P / Singh M
資金援助 インド, 5件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/INF/22/SP22844/2017 インド
Department of Science & Technology (DST, India)SR/FST/LSII-039/2015 インド
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)09/0079(13652)/2022-EMR-I インド
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2022/002674 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)STR/2022/000006 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Half barrel Pre-pore state of Y194A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome.
著者: Chattopadhyay K / Dutta S / Chatterjee A / Naskar P / Singh M
履歴
登録2025年1月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63083.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63083.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈half-barrel prepore of Y194A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 320 pix.
= 294.4 Å		0.92 Å/pix.
x 320 pix.
= 294.4 Å		0.92 Å/pix.
x 320 pix.
= 294.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0239
最小 - 最大-0.20033087 - 0.32577747
平均 (標準偏差)0.0007508397 (±0.009826919)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 294.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half-map of half-barrel prepore Y194A Vibrio cholerae cytolysin...

ファイルemd_63083_half_map_1.map
注釈half-map of half-barrel prepore Y194A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map of half-barrel prepore Y194A Vibrio cholerae cytolysin...

ファイルemd_63083_half_map_2.map
注釈half-map of half-barrel prepore Y194A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Half-barrel Heptameric Pre-pore state of Y194A Vibrio cholerae cy...

全体名称: Half-barrel Heptameric Pre-pore state of Y194A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome.
要素
  • 複合体: Half-barrel Heptameric Pre-pore state of Y194A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome.
    • タンパク質・ペプチド: Cytolysin VCC

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超分子 #1: Half-barrel Heptameric Pre-pore state of Y194A Vibrio cholerae cy...

超分子名称: Half-barrel Heptameric Pre-pore state of Y194A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)

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分子 #1: Cytolysin VCC

分子名称: Cytolysin VCC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 64.567043 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TNTLPHVAFY ISVNRAISDE ECTFNNSWLW KNEKGSRPFC KDANISLIYR VNLERSLQAG IVGSATPDAK IVRISLDDDS TGAGIHLND QLGYRQFGAS YTTLDAYFRE WSTDAIAQDY RFVFNASNNK AQILKTFPVD NINEKFERKE VSGFELGVTG G VEVSGDGP ...文字列:
TNTLPHVAFY ISVNRAISDE ECTFNNSWLW KNEKGSRPFC KDANISLIYR VNLERSLQAG IVGSATPDAK IVRISLDDDS TGAGIHLND QLGYRQFGAS YTTLDAYFRE WSTDAIAQDY RFVFNASNNK AQILKTFPVD NINEKFERKE VSGFELGVTG G VEVSGDGP KAKLEARASY TQSRWLTYNT QDYRIERNAK NAQAVSFTWN RQQYATAESL LNRSTDALWV NTYPVDVNRI SP LSYASFV PKMDVIYKAS ATETGSTDFI IDSSVNIRPI YNGAYKHYYV VGAHQFYHGF EDTPRRRITK SASFTVDWDH PVF TGGRPV NLQLASFNNR CIQVDAQGRL AANTCDSQQS AQSFIYDQLG RYVSASNTKL CLDGEALDAL QPCNQNLTQR WEWR KGTDE LTNVYSGESL GHDKQTGELG LYASSNDAVS LRTITAYTDV FNAQESSPIL GYTQGKMNQQ RVGQDHRLYV RAGAA IDAL GSASDLLVGG NGGSLSSVDL SGVKSITATS GDFQYGGQQL VALTFTYQDG RQQTVGSKAY VTNAHEDRFD LPAAAK ITQ LKIWSDDWLV KGVQFDLN

UniProtKB: Cytolysin VCC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.75 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

31972

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 70872
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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