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万見
- EMDB-63076: Cryo-EM structure of CsKCS6-CsCER2 like1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63076
タイトルCryo-EM structure of CsKCS6-CsCER2 like1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: CsKCS2-CsCER2 like1 complex
    • タンパク質・ペプチド: CsCER2 like1
    • タンパク質・ペプチド: 3-ketoacyl-CoA synthase
  • リガンド: DODECANE
  • リガンド: HEXADECANE
キーワードCsKCS6-CsCER2 like1 complex / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid elongase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Very-long-chain 3-ketoacyl-CoA synthase / FAE1/Type III polyketide synthase-like protein / FAE1/Type III polyketide synthase-like protein / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ketoacyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrus sinensis (オレンジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang Y / Guan ZY / Zhu F / Chen YJ / Yin P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: structural basis for Synthesis of long-chain fatty acids
著者: Wang Y / Yin P
履歴
登録2025年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63076.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 296.64 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 296.64 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 296.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-2.3294196 - 3.9008553
平均 (標準偏差)-0.00019164743 (±0.08757274)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 296.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63076_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63076_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CsKCS2-CsCER2 like1 complex

全体名称: CsKCS2-CsCER2 like1 complex
要素
  • 複合体: CsKCS2-CsCER2 like1 complex
    • タンパク質・ペプチド: CsCER2 like1
    • タンパク質・ペプチド: 3-ketoacyl-CoA synthase
  • リガンド: DODECANE
  • リガンド: HEXADECANE

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超分子 #1: CsKCS2-CsCER2 like1 complex

超分子名称: CsKCS2-CsCER2 like1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Citrus sinensis (オレンジ)

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分子 #1: CsCER2 like1

分子名称: CsCER2 like1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus sinensis (オレンジ)
分子量理論値: 50.863973 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGSMVNDLLI HSIRLSSVGP GKATGSDVVH ELSGMDLAMK LHYLKGFYIF RSHAVQGLS VKLIKESTFY LFNNYYWTCA RLRRSDSGRP YLKCNDCGAR FVEAQCDKTV DELLEMGDYS SFPNLLVYHQ P IGPDLAFS ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGSMVNDLLI HSIRLSSVGP GKATGSDVVH ELSGMDLAMK LHYLKGFYIF RSHAVQGLS VKLIKESTFY LFNNYYWTCA RLRRSDSGRP YLKCNDCGAR FVEAQCDKTV DELLEMGDYS SFPNLLVYHQ P IGPDLAFS PPIYLQVTWF KCGGMSLGMS WAHILGDAFS ACEFINKMGQ VLTAIKANGP PTCAKSISPG KIVKLEMSSS FF KPKDPIS IKWVDPVGDH WVTANNSKMD TFSFHLTDSR ISHLQSNFRN HHQIPVFESL CAIIWQCVAK IRDGFGPNNV TIC KKGSHI RENGNLSNGQ IISAFQADFS VMEADLEKLA KVLCYEAVED ERSRIEETME KGNGVADYIV YGANLTFVNW EDAD VYGLE LNGEKADFAS FSIQGVGDEG AVLVLPGGKG RILKIILPED QILKLKTELK MNGVL

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分子 #2: 3-ketoacyl-CoA synthase

分子名称: 3-ketoacyl-CoA synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
由来(天然)生物種: Citrus sinensis (オレンジ)
分子量理論値: 59.652207 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM PQTLPDFSNS VKLKYVKLGY QYLVNHILYL LLVPIMVAIL IEVLRLGPDE ILNLWKSLH FDLVQILCSS FLIIFIATVY FMSKPRHVYL VDYACYKPPV TCRVPFATFM EHSRLILKNN PKSVEFQMRI L ERSGLGEE ...文字列:
MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM PQTLPDFSNS VKLKYVKLGY QYLVNHILYL LLVPIMVAIL IEVLRLGPDE ILNLWKSLH FDLVQILCSS FLIIFIATVY FMSKPRHVYL VDYACYKPPV TCRVPFATFM EHSRLILKNN PKSVEFQMRI L ERSGLGEE TCLPPAIHYI PPTPTMEAAR GEAELVIFSA MDSLLQKTGL KPKDIDILIV NCSLFSPTPS LSAMVINKYK LR SNIKSFN LSGMGCSAGL ISIDLARDLL QVHPNSNAVV VSTEIITPNY YQGNERAMLL PNCLFRMGGA AILLSNRRRN RSR AKYRLV HVVRTHKGAD DKAYRCVFEE EDKEGKVGIS LSKDLMAIAG EALKSNITTI GPLVLPASEQ LLFLMTLIGR KIFN PKWKP YIPDFKQAFE HFCIHAGGRA VIDELQKNLQ LSAEQVEASR MTLHRFGNTS SSSLWYEMSY IEEKGRMKKG DRVWQ IAFG SGFKCNSAVW KCNKTIKTTT DNPWSDCIDR YPVHIPEIVK L

UniProtKB: 3-ketoacyl-CoA synthase

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分子 #3: DODECANE

分子名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: D12
分子量理論値: 170.335 Da
Chemical component information

ChemComp-D12:
DODECANE

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分子 #4: HEXADECANE

分子名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: R16
分子量理論値: 226.441 Da
Chemical component information

ChemComp-R16:
HEXADECANE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 272363
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る