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万見
- EMDB-63059: bovine ABCC1 bound to verapamil and GSH -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63059
タイトルbovine ABCC1 bound to verapamil and GSH
マップデータ
試料
  • 複合体: inward-open bABCC1 bound to verapamil and GSH
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug resistance-associated protein 1
  • リガンド: (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile
  • リガンド: GLUTATHIONE
キーワードABC transporter / inward-open ABCC1 / verapamil / GSH / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Sphingolipid de novo biosynthesis / Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / Transport of RCbl within the body / cyclic nucleotide transport / Paracetamol ADME / ABC-family proteins mediated transport / glutathione transmembrane transport / leukotriene transport / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity ...Sphingolipid de novo biosynthesis / Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / Transport of RCbl within the body / cyclic nucleotide transport / Paracetamol ADME / ABC-family proteins mediated transport / glutathione transmembrane transport / leukotriene transport / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / glutathione transmembrane transporter activity / Cytoprotection by HMOX1 / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type xenobiotic transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / xenobiotic transport / lipid transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / positive regulation of inflammatory response / basolateral plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Sun PP / Liu KX / Gao P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: bovine ABCC1 bound to verapamil and GSH
著者: Sun PP / Liu KX / Gao P
履歴
登録2025年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63059.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63059.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320. Å		1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320. Å		1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.42
最小 - 最大-2.4318538 - 4.045531
平均 (標準偏差)0.00033117557 (±0.06741627)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 320.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63059_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63059_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : inward-open bABCC1 bound to verapamil and GSH

全体名称: inward-open bABCC1 bound to verapamil and GSH
要素
  • 複合体: inward-open bABCC1 bound to verapamil and GSH
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug resistance-associated protein 1
  • リガンド: (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile
  • リガンド: GLUTATHIONE

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超分子 #1: inward-open bABCC1 bound to verapamil and GSH

超分子名称: inward-open bABCC1 bound to verapamil and GSH / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Multidrug resistance-associated protein 1

分子名称: Multidrug resistance-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type xenobiotic transporter
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 175.004688 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MALRDFCSVD GSDLFWEWNV TWNTSNPDFT KCFQNTVLVW VPCSYLWVCF PFYFLYLSHH DRGYIQMTHL NKAKTALGFL LWIVCWADL FYSFWERSMG KLLAPVFLVS PTLLGITMLL ATFLIQIERR RGVQSSGIML TFWLIALLCA LAILRSKIMT A LKEDARVD ...文字列:
MALRDFCSVD GSDLFWEWNV TWNTSNPDFT KCFQNTVLVW VPCSYLWVCF PFYFLYLSHH DRGYIQMTHL NKAKTALGFL LWIVCWADL FYSFWERSMG KLLAPVFLVS PTLLGITMLL ATFLIQIERR RGVQSSGIML TFWLIALLCA LAILRSKIMT A LKEDARVD VFRDVTFYIY FSLVLIQLVL SCFSDRSPLF SETINDPNPC PESSASFLSR ITFWWITGMM VQGYRQPLES TD LWSLNKE DTSEQVVPVL VKNWKKECAK SRKQPVKIVY SSKDPAKPKG SSKVDVNEEA EALIVKCPQK ERDPSLFKVL YKT FGPYFL MSFLFKAVHD LMMFAGPEIL KLLINFVNDK KAPEWQGYFY TALLFISACL QTLVLHQYFH ICFVSGMRIK TAVI GAVYR KALVITNAAR KSSTVGEIVN LMSVDAQRFM DLATYINMIW SAPLQVILAL YLLWLNLGPS VLAGVAVMVL MVPLN AVMA MKTKTYQVAH MKSKDNRIKL MNEILNGIKV LKLYAWELAF KDKVLAIRQE ELKVLKKSAY LAAVGTFTWV CTPFLV ALS TFAVYVTVDE NNILDAQKAF VSLALFNILR FPLNILPMVI SSIVQASVSL KRLRVFLSHE DLDPDSIQRR PIKDAGA TN SITVKNATFT WARNDPPTLH GITFSVPEGS LVAVVGQVGC GKSSLLSALL AEMDKVEGHV TVKGSVAYVP QQAWIQNI S LRENILFGRQ LQERYYKAVV EACALLPDLE ILPSGDRTEI GEKGVNLSGG QKQRVSLARA VYCDSDVYLL DDPLSAVDA HVGKHIFENV IGPKGLLKNK TRLLVTHAIS YLPQMDVIIV MSGGKISEMG SYQELLARDG AFAEFLRTYA SAEQEQGQPE DGLAGVGGP GKEVKQMENG MLVTDTAGKQ MQRQLSSSSS YSRDVSQHHT STAELRKPGP TEETWKLVEA DKAQTGQVKL S VYWDYMKA IGLFISFLSI FLFLCNHVAS LVSNYWLSLW TDDPIVNGTQ EHTQVRLSVY GALGISQGIT VFGYSMAVSI GG IFASRRL HLDLLHNVLR SPISFFERTP SGNLVNRFSK ELDTVDSMIP QVIKMFMGSL FNVIGACIII LLATPMAAVI IPP LGLIYF FVQRFYVASS RQLKRLESVS RSPVYSHFNE TLLGVSVIRA FEEQERFIRQ SDLKVDENQK AYYPSIVANR WLAV RLECV GNCIVLFASL FAVISRHSLS AGLVGLSVSY SLQVTTYLNW LVRMSSEMET NIVAVERLKE YSETEKEAPW QIQDM APPK DWPQVGRVEF RDYGLRYRED LDLVLKHINV TIDGGEKVGI VGRTGAGKSS LTLGLFRIKE SAEGEIIIDD INIAKI GLH DLRFKITIIP QDPVLFSGSL RMNLDPFSQY SDEEVWTSLE LAHLKGFVSA LPDKLNHECA EGGENLSVGQ RQLVCLA RA LLRKTKILVL DEATAAVDLE TDDLIQSTIR TQFDDCTVLT IAHRLNTIMD YTRVIVLDKG EIQEWGSPSD LLQQRGLF Y SMAKDSGLVK LGSENLYFQG GSGGSGHHHH HHHHHHH

UniProtKB: Multidrug resistance-associated protein 1

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分子 #2: (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](me...

分子名称: (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: 4YH
分子量理論値: 454.602 Da
Chemical component information

ChemComp-4YH:
(2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile

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分子 #3: GLUTATHIONE

分子名称: GLUTATHIONE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GSH
分子量理論値: 307.323 Da
Chemical component information

ChemComp-GSH:
GLUTATHIONE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 150502
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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