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- EMDB-63050: Cryo-EM structure of linker-extended biparatopic antibody BA1-GP4... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63050
タイトルCryo-EM structure of linker-extended biparatopic antibody BA1-GP4 in complex with TNFR2
マップデータ
試料
  • 複合体: Linker-extended biparatopic antibody BA1-GP4 in complex with TNFR2
    • タンパク質・ペプチド: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B
    • タンパク質・ペプチド: TR92 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: TR92 light chain
    • タンパク質・ペプチド: TR96 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: TR96 light chain
キーワードAntibody / biparatopic antibody / antagonist / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


glial cell-neuron signaling / regulation of cytokine production involved in immune response / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / RNA destabilization / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of T cell cytokine production ...glial cell-neuron signaling / regulation of cytokine production involved in immune response / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / RNA destabilization / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of T cell cytokine production / negative regulation of neuroinflammatory response / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of myelination / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of myelination / Interleukin-10 signaling / regulation of T cell proliferation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / specific granule membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / inflammatory response / membrane raft / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 1B / Tumor necrosis factor receptor 1B, N-terminal / : / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Otsuki T / Matsumoto S / Fujita J / Miyata T / Namba K / Kanada R / Okuno Y / Kamada H / Ohno H / Akiba H
資金援助 日本, 4件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ak0101099 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP24ama121042 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121003 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24K01270 日本
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Conversion of an agonistic anti-TNFR2 biparatopic antibody into an antagonist by insertion of peptide linkers into the hinge region.
著者: Takuya Otsuki / Shigeyuki Matsumoto / Junso Fujita / Tomoko Miyata / Keiichi Namba / Ryo Kanada / Yasushi Okuno / Haruhiko Kamada / Hiroaki Ohno / Hiroki Akiba /
要旨: Biparatopic antibodies (BpAbs) bind two different antigen epitopes to form characteristic immunocomplexes. Many BpAbs have been developed for enhanced cross-linking to induce signal transduction or ...Biparatopic antibodies (BpAbs) bind two different antigen epitopes to form characteristic immunocomplexes. Many BpAbs have been developed for enhanced cross-linking to induce signal transduction or cell internalization, whereas few were reported with smaller immunocomplexes to suppress unwanted signaling. Here, we developed a strategy to induce 1:1 immunocomplex formation to maximize antagonistic function. Various peptide linkers were introduced into the hinge regions of IgG-like agonist BpAbs against tumor necrosis factor receptor 2. Loss of crosslinking activity was observed for one BpAb, allowing the conversion of its function from an agonist to an antagonist. However, cross-linking activity was retained for another agonist BpAb, which binds to a different epitope pair. In a combined analysis of cryo-electron microscopy and coarse-grained molecular dynamics simulations, effect of epitope combination on the stability of 1:1 complexes was observed. These results lead to an understanding of the mechanism and design of BpAbs to adopt a 1:1-binding mode.
履歴
登録2025年1月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63050.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 314.4 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 314.4 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 314.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.066
最小 - 最大-0.28885934 - 0.3818899
平均 (標準偏差)-0.0003448568 (±0.007968252)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 314.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63050_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63050_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63050_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Linker-extended biparatopic antibody BA1-GP4 in complex with TNFR2

全体名称: Linker-extended biparatopic antibody BA1-GP4 in complex with TNFR2
要素
  • 複合体: Linker-extended biparatopic antibody BA1-GP4 in complex with TNFR2
    • タンパク質・ペプチド: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B
    • タンパク質・ペプチド: TR92 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: TR92 light chain
    • タンパク質・ペプチド: TR96 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: TR96 light chain

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超分子 #1: Linker-extended biparatopic antibody BA1-GP4 in complex with TNFR2

超分子名称: Linker-extended biparatopic antibody BA1-GP4 in complex with TNFR2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B

分子名称: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: 1-178, Tumor necrosis factor receptor 1B, Homo sapiens; 179-543, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein - Escherichia coli K-12; 545-550, hexahistidine tag
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.747895 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
TPYAPEPGST CRLREYYDQT AQMCCSKCSP GQHAKVFCTK TSDTVCDSCE DSTYTQLWNW VPECLSCGSR CSSDQVETQA CTREQNRIC TCRPGWYCAL SKQEGCRLCA PLRKCRPGFG VARPGTETSD VVCKPCAPGT FSNTTSSTDI CRP

UniProtKB: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B

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分子 #2: TR92 heavy chain

分子名称: TR92 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: TR92 antibody heavy chain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.777564 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: KVQLQQSGAE LVKPGASVKL SCKASGYTFT ESIIHWVKQR SGQGLEWIGW FYPGSDNINY NEKFKDKATL TADKSSSTVY MELTRLTSE DSAVYFCASH EGPYVYFDYW GQGTTLTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
KVQLQQSGAE LVKPGASVKL SCKASGYTFT ESIIHWVKQR SGQGLEWIGW FYPGSDNINY NEKFKDKATL TADKSSSTVY MELTRLTSE DSAVYFCASH EGPYVYFDYW GQGTTLTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKS

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分子 #3: TR92 light chain

分子名称: TR92 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.242812 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: IVMTQSHKFM STSVGDRVSI TCKASQDVST AVAWYQQKPG QSPKLLIYWT STRHTGVPDR FTGSGSGTDY TLTISSVQAE DLALYYCQH HYSTPYTFGG GTKLEIQRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
IVMTQSHKFM STSVGDRVSI TCKASQDVST AVAWYQQKPG QSPKLLIYWT STRHTGVPDR FTGSGSGTDY TLTISSVQAE DLALYYCQH HYSTPYTFGG GTKLEIQRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRG

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分子 #4: TR96 heavy chain

分子名称: TR96 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.093518 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLQQSGAE LVKPGASVKL SCTPSGFNIK DTYMHWVKQR PEQGLEWIGR IDPANGYTEY DPKFQDKATI TADTSSNTAY LQLSSLTSE DTAVYYCADT QLYYWGQGTT LTVSSASVAA PSVFIFPPSD EQLKSGTASV VCLLNNFYPR EAKVQWKVDN A LQSGNSQE ...文字列:
EVQLQQSGAE LVKPGASVKL SCTPSGFNIK DTYMHWVKQR PEQGLEWIGR IDPANGYTEY DPKFQDKATI TADTSSNTAY LQLSSLTSE DTAVYYCADT QLYYWGQGTT LTVSSASVAA PSVFIFPPSD EQLKSGTASV VCLLNNFYPR EAKVQWKVDN A LQSGNSQE SVTEQDSKDS TYSLSSTLTL SKADYEKHKV YACEVTHQGL SSPVTKSFNR G

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分子 #5: TR96 light chain

分子名称: TR96 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 22.055656 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QIVLTQSPAI MSASLGERVT MTCTASSSVS STYLHWYQQK PGSSPKLWIY STSNLASGVP ARFSGSGSGT SYSLTISNME AEDAATYYC HQYHRSPLTF GAGTKLELKS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG V HTFPAVLQ ...文字列:
QIVLTQSPAI MSASLGERVT MTCTASSSVS STYLHWYQQK PGSSPKLWIY STSNLASGVP ARFSGSGSGT SYSLTISNME AEDAATYYC HQYHRSPLTF GAGTKLELKS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG V HTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.71 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4098 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5508 / 平均露光時間: 4.87 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2971529
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 178242
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3alq


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9lfl:
Cryo-EM structure of linker-extended biparatopic antibody BA1-GP4 in complex with TNFR2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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