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万見
- EMDB-62999: Inactivate TOD4 with TC DNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62999
タイトルInactivate TOD4 with TC DNA substrate
マップデータ
試料
  • 複合体: inactive TOD4 with TC DNA substrate
    • DNA: TC DNA substrate forward strand
    • DNA: TC DNA substrate reverse strand
    • タンパク質・ペプチド: inactivate TOD4
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDe novo design / DNA-binding TALE domain / deaminase(Ddd_Ss) / orienting domain / DE NOVO PROTEIN
生物種Xanthomonas (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Lv XC / Mi L / Lu PL
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0909200 中国
Ministry of Education (MoE, China)2024M762947 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Computational design of a high-precision mitochondrial DNA cytosine base editor.
著者: Li Mi / Yu-Xuan Li / Xinchen Lv / Zi-Li Wan / Xu Liu / Kairan Zhang / Huican Li / Yue Yao / Leping Zhang / Zhe Xu / Xingyu Zhuang / Kunqian Ji / Min Jiang / Yangming Wang / Peilong Lu /
要旨: Bystander editing remains a major limitation of current base editors, hindering their precision and therapeutic potential. Here, we present a de novo protein design strategy that creates a ...Bystander editing remains a major limitation of current base editors, hindering their precision and therapeutic potential. Here, we present a de novo protein design strategy that creates a structurally rigid interface between a DNA-binding TALE domain and a cytosine deaminase, forming a unified editing module termed TALE-oriented deaminase (TOD). Cryo-EM analysis of TOD-DNA complexes confirms that this precise spatial architecture tightly restricts the deaminase activity window, thereby minimizing unwanted deamination. To further enhance editing specificity, we develop a split version, termed DdCBE-TOD, which virtually eliminates off-target editing. As a proof of concept, we apply DdCBE-TOD to generate a mitochondrial disease mouse model and to correct a pathogenic mutation associated with MERRF syndrome in patient-derived cells, achieving single-nucleotide precision. This work introduces a generalizable and computationally guided approach for ultra-precise base editing, offering a promising platform for both mechanistic studies and therapeutic correction of single-nucleotide mutations.
履歴
登録2025年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年12月31日-
現状2025年12月31日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62999.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62999.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.57 Å/pix.
x 384 pix.
= 218.88 Å		0.57 Å/pix.
x 384 pix.
= 218.88 Å		0.57 Å/pix.
x 384 pix.
= 218.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.57 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.9100333 - 1.2178487
平均 (標準偏差)-0.00017117223 (±0.02284652)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 218.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_62999_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62999_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62999_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : inactive TOD4 with TC DNA substrate

全体名称: inactive TOD4 with TC DNA substrate
要素
  • 複合体: inactive TOD4 with TC DNA substrate
    • DNA: TC DNA substrate forward strand
    • DNA: TC DNA substrate reverse strand
    • タンパク質・ペプチド: inactivate TOD4
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: inactive TOD4 with TC DNA substrate

超分子名称: inactive TOD4 with TC DNA substrate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Xanthomonas (バクテリア)

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分子 #1: TC DNA substrate forward strand

分子名称: TC DNA substrate forward strand / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.497122 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DG)

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分子 #2: TC DNA substrate reverse strand

分子名称: TC DNA substrate reverse strand / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.568158 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC)(DA)

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分子 #3: inactivate TOD4

分子名称: inactivate TOD4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 94.158188 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 0.1304 (大腸菌)
配列文字列: MASSHHHHHH HHSGASVDLR TLGYSQQQQE KIKPKVRSTV AQHHEALVGH GFTHAHIVAL SQHPAALGTV AVKYQDMIAA LPEATHEAI VGVGKQWSGA RALEALLTVA GELRGPPLQL DTGQLLKIAK RGGVTAVEAV HAWRNALTGA PLNLTPEQVV A IASHDGGK ...文字列:
MASSHHHHHH HHSGASVDLR TLGYSQQQQE KIKPKVRSTV AQHHEALVGH GFTHAHIVAL SQHPAALGTV AVKYQDMIAA LPEATHEAI VGVGKQWSGA RALEALLTVA GELRGPPLQL DTGQLLKIAK RGGVTAVEAV HAWRNALTGA PLNLTPEQVV A IASHDGGK QALETVQRLL PVLCQAHGLT PEQVVAIASN IGGKQALETV QRLLPVLCQA HGLTPEQVVA IASNNGGKQA LE TVQRLLP VLCQAHGLTP EQVVAIASNN GGKQALETVQ RLLPVLCQAH GLTPEQVVAI ASNIGGKQAL ETVQRLLPVL CQA HGLTPE QVVAIASNGG GKQALETVQR LLPVLCQAHG LTPEQVVAIA SNIGGKQALE TVQRLLPVLC QAHGLTPEQV VAIA SHDGG KQALETVQRL LPVLCQAHGL TPEQVVAIAS NGGGKQALET VQRLLPVLCQ AHGLTPEQVV AIASHDGGKQ ALETV QRLL PVLCQAHGLT PEQVVAIASH DGGKQALETV QRLLPVLCQA HGLTPEQVVA IASNGGGKQA LETVQRLLPV LCQAHG LTP EQVVAIASHD GGKQALETVQ RLLPVLCQAH GLTPEQVVAI ASNIGGKQAL ETVQRLLPVL CQAHGLTPEQ VVAIASN IG GKQALETVQR LLPVLCQAHG LTPEQVVAIA SNGGGRPALE ALHAVLTDGS AQERLRALQE VAGFPVIYTE NIDEKTLE T IEKLIKKEAP GKYRLVRPDG SVEEVSLEEL LERIKENNSA AIALGPSGNV WLFEGIDHSL PEYDGTTTHG VLVLDDGTQ IGFTSGNGDP RYTNYRNNGH VAQKSALYMR ENNISNATVY HNNTNGTCGY CNTMTATFLP EGATLTVVPP ENAVANNSRA IDYVKTYTG TSN

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 233978
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9ld1:
Inactivate TOD4 with TC DNA substrate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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