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万見
- EMDB-62959: unique-vertex of mature phage N4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62959
タイトルunique-vertex of mature phage N4
マップデータconf A of mature N4
試料
  • ウイルス: Escherichia phage N4 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Probable portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: 32 kDa protein
キーワードComplex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Phage SU10 portal protein / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / virion component / viral capsid / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 32 kDa protein / Probable portal protein / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia phage N4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Liu H / Chen W
資金援助 中国, 7件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32430020 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200994 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32401014 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271329 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071262 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: unique-vertex of mature phage N4
著者: Liu H / Chen W
履歴
登録2025年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62959.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62959.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈conf A of mature N4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 508.8 Å		1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 508.8 Å		1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 508.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0
最小 - 最大-32.985076999999997 - 49.121574000000003
平均 (標準偏差)-0.0010446425 (±2.4641316)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-240-240-240
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 508.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map2

ファイルemd_62959_half_map_1.map
注釈half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map1

ファイルemd_62959_half_map_2.map
注釈half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage N4

全体名称: Escherichia phage N4 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage N4 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Probable portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: 32 kDa protein

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超分子 #1: Escherichia phage N4

超分子名称: Escherichia phage N4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2886925 / 生物種: Escherichia phage N4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Probable portal protein

分子名称: Probable portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage N4 (ファージ)
分子量理論値: 85.642523 KDa
配列文字列: MEQNTDSMVP LPDPSQATKL TSWKNELSLQ ALKADLDAAK PSHTAMMIKV KEWNDLMRIE GKAKPPKVKG RSQVQPKLVR RQAEWRYSA LTEPFLGSNK LFKVTPVTWE DVQGARQNEL VLNYQFRTKL NRVSFIDNYV RSVVDDGTGI VRVGWNREIR K EKQEVPVF ...文字列:
MEQNTDSMVP LPDPSQATKL TSWKNELSLQ ALKADLDAAK PSHTAMMIKV KEWNDLMRIE GKAKPPKVKG RSQVQPKLVR RQAEWRYSA LTEPFLGSNK LFKVTPVTWE DVQGARQNEL VLNYQFRTKL NRVSFIDNYV RSVVDDGTGI VRVGWNREIR K EKQEVPVF SLFPIQTQEQ ADALQQALQL RTDNPRGYEE NVDEAIKESV RFFDETGQAT YAVQTGTTTT EVEVPLANHP TV EMLNPEN IIIDPSCQGD INKAMFAIVS FETCKADLLK EKDRYHNLNK IDWQSSAPVN EPDHATTTPQ EFQISDPMRK RVV AYEYWG FWDIEGNGVL EPIVATWIGS TLIRLEKNPY PDGKLPFVLI PYMPVKRDMY GEPDAELLGD NQAVLGAVMR GMID LLGRS ANGQRGMPKG MLDALNSRRY REGEDYEYNP TQNPAQMIIE HKFPELPQSA LTMATLQNQE AESLTGVKAF AGGVT GESY GDVAAGIRGV LDAASKREMA ILRRLAKGMS EIGNKIIAMN AVFLAEHEVV RITNEEFVTI KREDLKGNFD LEVDIS TAE VDNQKSQDLG FMLQTIGPNV DQQITLNILA EIADLKRMPK LAHDLRTWQP QPDPVQEQLK QLAVEKAQLE NEELRSK IR LNDAQAQKAM AERDNKNLDY LEQESGTKHA RDLEKMKAQS QGNQQLEITK ALTKPRKEGE LPPNLSAAIG YNALTNGE D TGIQSVSERD IAAEANPAYS LGSSQFDPTR DPALNPGIRL GN

UniProtKB: Probable portal protein

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分子 #2: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage N4 (ファージ)
分子量理論値: 44.074816 KDa
配列文字列: MLNYNAPTDG QKSSIDGANS DQMQTFFWLK KAIITARKEQ YFMPLASVTN MPKHYGKTIK VYEYVPLLDD RNINDQGIDA SGATIVNGN LYGSSKDIGN ITSKLPLLTE NGGRVNRVGF TRIAREGSIH KFGFFYEFTQ ESIDFDSDDG LMEHLSRELM N GATQITEA ...文字列:
MLNYNAPTDG QKSSIDGANS DQMQTFFWLK KAIITARKEQ YFMPLASVTN MPKHYGKTIK VYEYVPLLDD RNINDQGIDA SGATIVNGN LYGSSKDIGN ITSKLPLLTE NGGRVNRVGF TRIAREGSIH KFGFFYEFTQ ESIDFDSDDG LMEHLSRELM N GATQITEA VLQKDLLAAA GTVLYAGAAT SDATITGEGS TPSVVSYKNL MRLDQILTEN RTPTQTTIIT GSRMIDTKVI GA TRVMYVG SELVPELKAM KDLFGNKAFI ETQHYADAGT IMNGEVGSID KFRIIQVPEM LHWAGAGAQA TGANPGYRTS MVS GQEHYD VYPMLVVGDD SFTSIGFQTD GKSLKFTVMT KMPGKETADR NDPYGETGFS SIKWYYGILV KRPERLALIK TVAP L

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #3: 32 kDa protein

分子名称: 32 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage N4 (ファージ)
分子量理論値: 29.2059 KDa
配列文字列: MPVLKVMFHK DTNVATVLDA SGSLSDGSVE VGTFHHPDET YPDSVTIYHG VRDLLYKRSA KDPSQTASYP NNIINMQVIS IDMKATPRL ILGTALPRVI STIEGKDVTW HVDVAGGKAP LTYKWQFKAN TVGAAFADID SGENPTAKTA TLINHAVTAE S AGTYKVIV ...文字列:
MPVLKVMFHK DTNVATVLDA SGSLSDGSVE VGTFHHPDET YPDSVTIYHG VRDLLYKRSA KDPSQTASYP NNIINMQVIS IDMKATPRL ILGTALPRVI STIEGKDVTW HVDVAGGKAP LTYKWQFKAN TVGAAFADID SGENPTAKTA TLINHAVTAE S AGTYKVIV TDANGTTIES SSLLVVGVQE PPEVASIVAY PSPLALSVAD DITDGKTVKF SSLPAGSLIG TLSIKTQPDS GK ATAEISG NVLTVKPVAA GDTTVVVTNG TKEVTVTVNV TE

UniProtKB: 32 kDa protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15466
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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