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- EMDB-62940: Cryo-EM structure of nanodisc (PE:PS:PC) reconstituted GLIC at pH... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62940
タイトルCryo-EM structure of nanodisc (PE:PS:PC) reconstituted GLIC at pH 4 in ioioo conformation
マップデータpostprocessed masked map of GLIC nanodisc at pH4 in ioioo conformation
試料
  • 複合体: pentameric ligand-gated ion channel
    • タンパク質・ペプチド: Proton-gated ion channel
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
キーワードpentameric ligand-gated ion channels / cis-loop / cryo-EM / nanodisc / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li Z / Bharambe N / Basak S
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Other private シンガポール
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Asymmetric gating of a homopentameric ion channel GLIC revealed by cryo-EM.
著者: Zhuowen Li / Nikhil Bharambe / Kashmiri Manishrao Lande / Bjarne Feddersen / Asha Manikkoth Balakrishna / Philip C Biggin / Giriraj Sahu / Sandip Basak /
要旨: Pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) are vital neurotransmitter receptors that are key therapeutic targets for neurological disorders. Although the high-resolution structures of these ...Pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) are vital neurotransmitter receptors that are key therapeutic targets for neurological disorders. Although the high-resolution structures of these channels have been elucidated, capturing their dynamic conformational transitions remains challenging due to the transient nature of intermediate states. In this study, we investigated a prokaryotic proton-gated pLGIC, GLIC. In our cryo-EM data at pH 4.0, we identified and segregated asymmetric particles, which we precisely aligned to resolve high-resolution structures of several previously unresolved asymmetric intermediate states, in addition to symmetric closed and open states. Detailed structural analysis revealed systematic conformational changes at individual subunits driving the channel opening. Molecular dynamics simulations were used to assign the functional states. We further examined the roles of the F116 and Y251 residues, located at the domain interface, playing a central role in interdomain communication. In addition, patch-clamp experiments on GLIC I240A and L241A mutants, located in the M2 helix, demonstrated their importance in channel gating. Together, these results shed light on the sequential and asymmetric conformational transitions that occur during GLIC activation, offering a deeper mechanistic understanding of asymmetric gating in pLGICs.
履歴
登録2025年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62940.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62940.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocessed masked map of GLIC nanodisc at pH4 in ioioo conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.76 Å/pix.
x 300 pix.
= 228. Å		0.76 Å/pix.
x 300 pix.
= 228. Å		0.76 Å/pix.
x 300 pix.
= 228. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0027
最小 - 最大-0.014822998 - 0.023408847
平均 (標準偏差)0.000008424001 (±0.0008120074)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 228.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62940_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: autorefined map of GLIC nanodisc at pH4 in ioioo conformation

ファイルemd_62940_additional_1.map
注釈autorefined map of GLIC nanodisc at pH4 in ioioo conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: postprocessed unmasked map of GLIC nanodisc at pH4...

ファイルemd_62940_additional_2.map
注釈postprocessed unmasked map of GLIC nanodisc at pH4 in ioioo conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2 map of GLIC nanodisc at pH4 in ioioo conformation

ファイルemd_62940_half_map_1.map
注釈half2 map of GLIC nanodisc at pH4 in ioioo conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half1 map of GLIC nanodisc at pH4 in ioioo conformation

ファイルemd_62940_half_map_2.map
注釈half1 map of GLIC nanodisc at pH4 in ioioo conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : pentameric ligand-gated ion channel

全体名称: pentameric ligand-gated ion channel
要素
  • 複合体: pentameric ligand-gated ion channel
    • タンパク質・ペプチド: Proton-gated ion channel
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

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超分子 #1: pentameric ligand-gated ion channel

超分子名称: pentameric ligand-gated ion channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus (バクテリア)

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分子 #1: Proton-gated ion channel

分子名称: Proton-gated ion channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus (バクテリア)
分子量理論値: 35.699094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VSPPPPIADE PLTVNTGIYL IECYSLDDKA ETFKVNAFLS LSWKDRRLAF DPVRSGVRVK TYEPEAIWIP EIRFVNVENA RDADVVDIS VSPDGTVQYL ERFSARVLSP LDFRRYPFDS QTLHIYLIVR SVDTRNIVLA VDLEKVGKND DVFLTGWDIE S FTAVVKPA ...文字列:
VSPPPPIADE PLTVNTGIYL IECYSLDDKA ETFKVNAFLS LSWKDRRLAF DPVRSGVRVK TYEPEAIWIP EIRFVNVENA RDADVVDIS VSPDGTVQYL ERFSARVLSP LDFRRYPFDS QTLHIYLIVR SVDTRNIVLA VDLEKVGKND DVFLTGWDIE S FTAVVKPA NFALEDRLES KLDYQLRISR QYFSYIPNII LPMLFILFIS WTAFWSTSYE ANVTLVVSTL IAHIAFNILV ET NLPKTPY MTYTGAIIFM IYLFYFVAVI EVTVQHYLKV ESQPARAASI TRASRIAFPV VFLLANIILA FLFFG

UniProtKB: Proton-gated ion channel

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分子 #2: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 4
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMsodium citrate
150.0 mMsodium chlorideNaCl
1.0 mMEthylenediaminetetraacetic acidEDTA
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 14076 / 平均露光時間: 6.35 sec. / 平均電子線量: 71.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 641067
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8wcr

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / 使用した粒子像数: 7540
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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