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万見
- EMDB-62872: Type III-B CRISPR-Cas effector from Archaeoglobus fulgidus (Form 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62872
タイトルType III-B CRISPR-Cas effector from Archaeoglobus fulgidus (Form 1)
マップデータ
試料
  • 複合体: Archaeoglobus fulgidus type III-B CRISPR-Cas effector
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cmr subunit Cmr5
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr6
    • タンパク質・ペプチド: Cmr1 C-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: GGDEF domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3
    • RNA: Pf7.01 crRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
キーワードCRISPR-Cas effector / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cmr1, C-terminal domain / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR-associated protein, TM1793 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 ...: / Cmr1, C-terminal domain / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR-associated protein, TM1793 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / : / : / Cas10/Cmr2, second palm domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr1 / GGDEF domain-containing protein / Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3 / CRISPR type III-associated protein domain-containing protein / CRISPR system Cmr subunit Cmr5 / CRISPR type III-associated protein domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) / Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Ouchi R / Numata T
資金援助 日本, 4件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H04759 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16KK0166 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02916 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24H00505 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A new in vitro reconstitution system of type III-B CRISPR-Cas effector for functional and structural studies
著者: Ouchi R / Numata T
履歴
登録2024年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月31日-
マップ公開2025年12月31日-
更新2025年12月31日-
現状2025年12月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62872.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62872.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 400 pix.
= 300.8 Å		0.75 Å/pix.
x 400 pix.
= 300.8 Å		0.75 Å/pix.
x 400 pix.
= 300.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.752 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.214
最小 - 最大-0.42265052 - 0.9858886
平均 (標準偏差)-0.0004252718 (±0.034764647)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 300.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62872_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_62872_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_62872_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62872_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Archaeoglobus fulgidus type III-B CRISPR-Cas effector

全体名称: Archaeoglobus fulgidus type III-B CRISPR-Cas effector
要素
  • 複合体: Archaeoglobus fulgidus type III-B CRISPR-Cas effector
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cmr subunit Cmr5
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr6
    • タンパク質・ペプチド: Cmr1 C-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: GGDEF domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3
    • RNA: Pf7.01 crRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Archaeoglobus fulgidus type III-B CRISPR-Cas effector

超分子名称: Archaeoglobus fulgidus type III-B CRISPR-Cas effector
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
分子量理論値: 404 KDa

+
分子 #1: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4

分子名称: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: His-tagged protein / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
分子量理論値: 41.252254 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPMFDMFE KAVVFGLYSI TPVHAGSGAE LSVIALPIQR ERHTGFPVIW GQSLKGVLRS RFRQLELDEK IEVESQKWK WKEKTKEVLK EKADEFIKKV EERKRDPLLT EIVFGPATDG ASEHAGAVSV GDAKILLFPV RSAKGVFAFV T SPIVIQRL ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPMFDMFE KAVVFGLYSI TPVHAGSGAE LSVIALPIQR ERHTGFPVIW GQSLKGVLRS RFRQLELDEK IEVESQKWK WKEKTKEVLK EKADEFIKKV EERKRDPLLT EIVFGPATDG ASEHAGAVSV GDAKILLFPV RSAKGVFAFV T SPIVIQRL KEDFELVSEI ENDIELKQIL SRFKVELSNN ETIAGNALIL NGENKVILED IVLKVKSDSN VIENLVEVLK TL FGDNFFG KPIESIKERI AIVSDDVFKS FTRFSTEIVA RVRIDAEKGT VARGGLWYEE FLPSDTLMYS LIAVGSPKKE NLP KEVDNT QKIVNVLKVT FNNAFLQIGG DETVGKGFVK VRAGVLTGGH KGN

UniProtKB: CRISPR type III-associated protein domain-containing protein

+
分子 #2: CRISPR system Cmr subunit Cmr5

分子名称: CRISPR system Cmr subunit Cmr5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
分子量理論値: 17.407707 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MDIREIEQER ASFAFKVVSD IKDKYSQNKK VQGKYSSYAE KAPTIILNNG LGATLAFFLS KLEKPIDDVD YKSINPESFG NAENIAYAF LYKHLSTWLA EGNGKDSAFS GLTNGEDPLK YIMEKTAIDV AISTEEALSI LNWIKKFAKA MLEEEL

UniProtKB: CRISPR system Cmr subunit Cmr5

+
分子 #3: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr6

分子名称: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
分子量理論値: 39.469902 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKSNVVVKYP VNSELANYAE KFWKKELAIY NLSLILNKMT PFVKRRSESY KSSLSAVKEI FKNVDDFQNF LNSVLRRSLD EYRVFFENY ERLFNSFSSK IFSMRTKSRL VVGLGDESVY ETSIRLHRNY GVPYIPGSAL KGVAKHYAFS ILARENGDEI L RIYESVKE ...文字列:
MKSNVVVKYP VNSELANYAE KFWKKELAIY NLSLILNKMT PFVKRRSESY KSSLSAVKEI FKNVDDFQNF LNSVLRRSLD EYRVFFENY ERLFNSFSSK IFSMRTKSRL VVGLGDESVY ETSIRLHRNY GVPYIPGSAL KGVAKHYAFS ILARENGDEI L RIYESVKE DLKARIAKRD KIKKNDVPED YYLTAAVIQE LFEKKFDELG AIRNTRVEIG DTVISVGDIV KIFGTQKEEG SV IFFDAFP TPEQLKDKPN LELDIMNPHY QPYYQHGEPP GDWHSPNPIF FLTVPAGVEF TFAVASRDLD DLAEKAEKLL KEA LKKFGV GAKTSLGYGR FDARDDR

UniProtKB: CRISPR type III-associated protein domain-containing protein

+
分子 #4: Cmr1 C-terminal domain-containing protein

分子名称: Cmr1 C-terminal domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
分子量理論値: 38.016969 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MCMYSATFTL EAITPVFMRG ANQSKAEIRA ASIKGLMRWW FRALSGSYFG NDVEGLRRVE EYVFGSTKRE SRVVVEVVKE HVEERFCPL PMVWKKKKGV TTRVSQRAIA PGSKFTLLLT SDDEEVLKLA CYSLIGLVYF GGIGFRCSRG AGSLKISSLK S DVQLIDLP ...文字列:
MCMYSATFTL EAITPVFMRG ANQSKAEIRA ASIKGLMRWW FRALSGSYFG NDVEGLRRVE EYVFGSTKRE SRVVVEVVKE HVEERFCPL PMVWKKKKGV TTRVSQRAIA PGSKFTLLLT SDDEEVLKLA CYSLIGLVYF GGIGFRCSRG AGSLKISSLK S DVQLIDLP KNKNQLGQMV NDLTVEIAKI LKKTFLCDHE NKNCTSYSSF WCFYLFLWGE KAELEEVYYR SNNLENERLT LL DLFEKEF KNKNNHLSNY GYRDFVFGLP RGTKKDRRAS PIKVGITELS EKYHVRVSVF KTKIFKPGMN VKWDNIFVFL ENI GAERIY PER

UniProtKB: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr1

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分子 #5: GGDEF domain-containing protein

分子名称: GGDEF domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
分子量理論値: 115.211852 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGQYFRVSGK YRGRENLPRE VNKMADNEFW LNKIRAFFHD PPDKSFELKT HERRASFILG ELKPSKSLKR IIKNADIQAS SLQRVDLEK SIHKKELKST FDRIHNTEKY EYIGQPIIRH PVTGEIKEYG TILANLPQTQ REVYDVDDEG KEDYEEQFQE I LSRILKIE ...文字列:
MGQYFRVSGK YRGRENLPRE VNKMADNEFW LNKIRAFFHD PPDKSFELKT HERRASFILG ELKPSKSLKR IIKNADIQAS SLQRVDLEK SIHKKELKST FDRIHNTEKY EYIGQPIIRH PVTGEIKEYG TILANLPQTQ REVYDVDDEG KEDYEEQFQE I LSRILKIE KKVFDDFKNR YSDPKDLYIS LWAFYAEKLK EALEEEFSAS FAEEFVNLPA YTLSPDHTLF DHADATSAIF GA EIDGKKP VLVLFKISPV QKFIADARKE KDLWAASHML STLTFKAISF IADKFGPDVV IYPHLRGNPF FHAWLHSKKI WEF SDSHSL KIASVPNKFL ALVGVSDEKE LNNLREGIRN EIESFLADLF DKLWNEVIVG ALEHSDALKH LGDKKEIHKE ILLK RFTLT LSSLKIHDVD VSGSKEEAYE KVKDFVRSLG LPNAIESKYL QWLDMLGSVE ASNNRPTKYD LYSLYYEILT VLNAI ESTH FDKPAEPAGY KCTLCGEHLA IGGESREMME NVWGKIHKRW PSHLRSNERL CAVCAVKRFY PKFIETLDIF EGVGKV VPD IESVSEVAMC RRTKHGITWK EVYDYLRGLK NVDDEKLLGK LENLKHSVQT LINNVKSELK SRKVYPEEFL EGLNRNF SN EILYSERLRD FNTLLDTLGF DAAKLGLDDV KNYETMISEL RERLSEVYKM LGEPPKYYAI LMMDGDEMGK LLSGEKLK T AEHYLHSAIL ERVSDALRVK AKTVRRLITP AAHSSISRAL KNFSVNHVPD VVRKGNGTLI YSGGDDVLVL LPVDTAFDV ATELAMTFST SWNGWEMLPG NKLSAGLLIV HYKHPLYDAL EKTRELLQKA KKLGRNAIAV GLLKRSGSYY ESVVNFETLE DAKAVANLL VKEQVSPRII YELLNFADVI SKEFLHQLVK YEAVRHSIDK NLAEEFQSVF ARGHQGVRVE LEGNDEEINK Y ISDGANLE TFLDKYEKAV DVIRKQVRGF LNLVKILYES IRGGAK

UniProtKB: GGDEF domain-containing protein

+
分子 #6: Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3

分子名称: Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
分子量理論値: 39.043328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MILVMKPYDS LLFREPRPFD VNNHVARTIL PLPQTLAGAV RSAIYVKYGS KVKDLIGFGK EEPEFEILGH FFYRYDGKFE LLVESPHDV TQNLGLVKPH RIDKLGITIL MDSEGIKFRP FNGFLKFSGL IDYLQGRIAE DSVVERQKIF KKERRVGIAL T KAKVTKEE ...文字列:
MILVMKPYDS LLFREPRPFD VNNHVARTIL PLPQTLAGAV RSAIYVKYGS KVKDLIGFGK EEPEFEILGH FFYRYDGKFE LLVESPHDV TQNLGLVKPH RIDKLGITIL MDSEGIKFRP FNGFLKFSGL IDYLQGRIAE DSVVERQKIF KKERRVGIAL T KAKVTKEE HFYQVEMLRF SDDCGIAVWV EDGVDFDDEG ILGVGGERRF VKFEKREEPE CITNLRSKWK KIRDKINETG RL KIYLATP AILGAKGYSS KLDYDLLGDI GIERVRSVNF IGGKPVIFSG WDFVTRKPKP TRYAVPAGSV YFVEFEGEVK LDM PYLKLG KLTKLGYGLC FMGVW

UniProtKB: Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3

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分子 #7: Pf7.01 crRNA

分子名称: Pf7.01 crRNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
分子量理論値: 14.501589 KDa
配列文字列:
AUUGAAAGUU GUAGUAUGCG GUCCUUGCGG CUGAGAGCAC UUCAG

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris-HCl
200.0 mMNaCl
1.0 mMDTT
2.0 mMMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5500 / 平均露光時間: 2.597 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 60000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold2 model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 80152
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細: The initial model containing all protein subunits was constructed by AlphaFold2
得られたモデル

PDB-9l7c:
Type III-B CRISPR-Cas effector from Archaeoglobus fulgidus (Form 1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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