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- EMDB-62864: double-mutant (K217A & K218A) Vitamin K-dependent gamma-carboxyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62864
タイトルdouble-mutant (K217A & K218A) Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with coagulation factors X and vitamin K
マップデータ
試料
  • 複合体: monomer Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with Coagulation factor IX and vitamin K
    • タンパク質・ペプチド: Coagulation factor X
    • タンパク質・ペプチド: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 2-methyl-3-[(2~{E},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenyl]naphthalene-1,4-diol
  • リガンド: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードcomplex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-glutamate 4-carboxylase / gamma-glutamyl carboxylase activity / negative regulation of testosterone biosynthetic process / negative regulation of bone development / Defective gamma-carboxylation of F9 / vitamin binding / vitamin K metabolic process / negative regulation of neurotransmitter secretion / coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia ...peptidyl-glutamate 4-carboxylase / gamma-glutamyl carboxylase activity / negative regulation of testosterone biosynthetic process / negative regulation of bone development / Defective gamma-carboxylation of F9 / vitamin binding / vitamin K metabolic process / negative regulation of neurotransmitter secretion / coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / protein maturation / phospholipid binding / protein modification process / Golgi lumen / blood coagulation / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vitamin K-dependent gamma-carboxylase / HTTM / : / : / HTTM domain / Vitamin K-dependent gamma-carboxylase, lumenal domain / Horizontally Transferred TransMembrane Domain / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily ...Vitamin K-dependent gamma-carboxylase / HTTM / : / : / HTTM domain / Vitamin K-dependent gamma-carboxylase, lumenal domain / Horizontally Transferred TransMembrane Domain / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / RmlC-like cupin domain superfamily / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / RmlC-like jelly roll fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor X / Vitamin K-dependent gamma-carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Hang J / Chen DD / Zhong QH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32470880 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: double-mutant (K217A & K218A) Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with Coagulation factor IX peptide and vitamin K
著者: Hang J / Chen DD / Zhong QH
履歴
登録2024年12月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62864.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62864.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.255
最小 - 最大-1.1360257 - 1.866182
平均 (標準偏差)-0.00033464795 (±0.04195852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 255.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62864_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62864_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : monomer Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with Coa...

全体名称: monomer Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with Coagulation factor IX and vitamin K
要素
  • 複合体: monomer Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with Coagulation factor IX and vitamin K
    • タンパク質・ペプチド: Coagulation factor X
    • タンパク質・ペプチド: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 2-methyl-3-[(2~{E},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenyl]naphthalene-1,4-diol
  • リガンド: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: monomer Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with Coa...

超分子名称: monomer Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with Coagulation factor IX and vitamin K
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Coagulation factor X

分子名称: Coagulation factor X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: coagulation factor Xa
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.802633 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGRPLHLVLL SASLAGLLLL GESLFIRREQ ANNILARVTR ANSFLEEMKK GHLERECMEE TCSYEEAREV FEDSDKTNEF WNKYKDGDQ CETSPCQNQG KCKDGLGEYT CTCLEGFEGK NCELFTRKLC SLDNGDCDQF CHEEQNSVVC SCARGYTLAD N GKACIPTG ...文字列:
MGRPLHLVLL SASLAGLLLL GESLFIRREQ ANNILARVTR ANSFLEEMKK GHLERECMEE TCSYEEAREV FEDSDKTNEF WNKYKDGDQ CETSPCQNQG KCKDGLGEYT CTCLEGFEGK NCELFTRKLC SLDNGDCDQF CHEEQNSVVC SCARGYTLAD N GKACIPTG PYPCGKQTLE RRKRSVAQAT SSSGEAPDSI TWKPYDAADL DPTENPFDLL DFNQTQPERG DNNLTRIVGG QE CKDGECP WQALLINEEN EGFCGGTILS EFYILTAAHC LYQAKRFKVR VGDRNTEQEE GGEAVHEVEV VIKHNRFTKE TYD FDIAVL RLKTPITFRM NVAPACLPER DWAESTLMTQ KTGIVSGFGR THEKGRQSTR LKMLEVPYVD RNSCKLSSSF IITQ NMFCA GYDTKQEDAC QGDSGGPHVT RFKDTYFVTG IVSWGEGCAR KGKYGIYTKV TAFLKWIDRS MKTRGLPKAK SHAPE VITS SPLK

UniProtKB: Coagulation factor X

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分子 #2: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase

分子名称: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidyl-glutamate 4-carboxylase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.539438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAVSAGSART SPSSDKVQKD KAELISGPRQ DSRIGKLLGF EWTDLSSWRR LVTLLNRPTD PASLAVFRFL FGFLMVLDIP QERGLSSLD RKYLDGLDVC RFPLLDALRP LPLDWMYLVY TIMFLGALGM MLGLCYRISC VLFLLPYWYV FLLDKTSWNN H SYLYGLLA ...文字列:
MAVSAGSART SPSSDKVQKD KAELISGPRQ DSRIGKLLGF EWTDLSSWRR LVTLLNRPTD PASLAVFRFL FGFLMVLDIP QERGLSSLD RKYLDGLDVC RFPLLDALRP LPLDWMYLVY TIMFLGALGM MLGLCYRISC VLFLLPYWYV FLLDKTSWNN H SYLYGLLA FQLTFMDANH YWSVDGLLNA HRRNAHVPLW NYAVLRGQIF IVYFIAGVAA LDADWVEGYS MEYLSRHWLF SP FKLLLSE ELTSLLVVHW GGLLLDLSAG FLLFFDVSRS IGLFFVSYFH CMNSQLFSIG MFSYVMLASS PLFCSPEWPR KLV SYCPRR LQQLLPLKAA PQPSVSCVYK RSRGKSGQKP GLRHQLGAAF TLLYLLEQLF LPYSHFLTQG YNNWTNGLYG YSWD MMVHS RSHQHVKITY RDGRTGELGY LNPGVFTQSR RWKDHADMLK QYATCLSRLL PKYNVTEPQI YFDIWVSIND RFQQR IFDP RVDIVQAAWS PFQRTSWVQP LLMDLSPWRA KLQEIKSSLD NHTEVVFIAD FPGLHLENFV SEDLGNTSIQ LLQGEV TVE LVAEQKNQTL REGEKMQLPA GEYHKVYTTS PSPSCYMYVY VNTTELALEQ DLAYLQELKE KVENGSETGP LPPELQP LL EGEVKGGPEP TPLVQTFLRR QQRLQEIERR RNTPFHERFF RFLLRKLYVF RRSFLMTCIS LRNLILGRPS LEQLAQEV T YANLRPFEAV GELNPSNTDS SHSNPPESNP DPVHSEF

UniProtKB: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #6: 2-methyl-3-[(2~{E},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,...

分子名称: 2-methyl-3-[(2~{E},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenyl]naphthalene-1,4-diol
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: A1EMC
分子量理論値: 446.664 Da

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分子 #7: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-...

分子名称: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: 6PL
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-6PL:
(4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / リン脂質*YM

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分子 #8: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 64570
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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