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- EMDB-62815: Structure of human SCMCcore complex contain NLRP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62815
タイトルStructure of human SCMCcore complex contain NLRP2
マップデータ
試料
  • 複合体: human SCMCcore complex contains NLRP2
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Oocyte-expressed protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Transducin-like enhancer protein 6
キーワードcomplex / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


embryonic process involved in female pregnancy / subcortical maternal complex / Pyrin domain binding / establishment of organelle localization / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / cortical granule exocytosis / endoplasmic reticulum localization / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity ...embryonic process involved in female pregnancy / subcortical maternal complex / Pyrin domain binding / establishment of organelle localization / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / cortical granule exocytosis / endoplasmic reticulum localization / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / cortical granule / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of embryonic development / regulation of establishment of protein localization / mitochondrion localization / embryonic pattern specification / flagellated sperm motility / establishment of spindle localization / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of double-strand break repair / exocytosis / replication fork processing / regulation of cell division / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / sperm midpiece / tubulin binding / actin filament organization / positive regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / transcription corepressor activity / regulation of protein localization / regulation of inflammatory response / cell cortex / spermatogenesis / transcription regulator complex / inflammatory response / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain ...KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / K Homology domain, type 1 superfamily / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Oocyte-expressed protein homolog / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / Transducin-like enhancer protein 6 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ou GJ / Liu QT / Jiao HZ / Han Z / Li JH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82401959 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural assembly of the subcortical maternal complex SCMC
著者: Ou GJ / Liu QT
履歴
登録2024年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62815.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 480 pix.
= 408. Å		0.85 Å/pix.
x 480 pix.
= 408. Å		0.85 Å/pix.
x 480 pix.
= 408. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0018
最小 - 最大-0.008884645 - 0.024493232
平均 (標準偏差)-0.000021552716 (±0.00047955164)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 408.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62815_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62815_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human SCMCcore complex contains NLRP2

全体名称: human SCMCcore complex contains NLRP2
要素
  • 複合体: human SCMCcore complex contains NLRP2
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Oocyte-expressed protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Transducin-like enhancer protein 6

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超分子 #1: human SCMCcore complex contains NLRP2

超分子名称: human SCMCcore complex contains NLRP2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 229.09 kDa/nm

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分子 #1: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 120.666141 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVSSAQMGFN LQALLEQLSQ DELSKFKYLI TTFSLAHELQ KIPHKEVDKA DGKQLVEILT THCDSYWVEM ASLQVFEKMH RMDLSERAK DEVREAALKS FNKRKPLSLG ITRKERPPLD VDEMLERFKT EAQAFTETKG NVICLGKEVF KGKKPDKDNR C RYILKTKF ...文字列:
MVSSAQMGFN LQALLEQLSQ DELSKFKYLI TTFSLAHELQ KIPHKEVDKA DGKQLVEILT THCDSYWVEM ASLQVFEKMH RMDLSERAK DEVREAALKS FNKRKPLSLG ITRKERPPLD VDEMLERFKT EAQAFTETKG NVICLGKEVF KGKKPDKDNR C RYILKTKF REMWKSWPGD SKEVQVMAER YKMLIPFSNP RVLPGPFSYT VVLYGPAGLG KTTLAQKLML DWAEDNLIHK FK YAFYLSC RELSRLGPCS FAELVFRDWP ELQDDIPHIL AQARKILFVI DGFDELGAAP GALIEDICGD WEKKKPVPVL LGS LLNRVM LPKAALLVTT RPRALRDLRI LAEEPIYIRV EGFLEEDRRA YFLRHFGDED QAMRAFELMR SNAALFQLGS APAV CWIVC TTLKLQMEKG EDPVPTCLTR TGLFLRFLCS RFPQGAQLRG ALRTLSLLAA QGLWAQTSVL HREDLERLGV QESDL RLFL DGDILRQDRV SKGCYSFIHL SFQQFLTALF YTLEKEEEED RDGHTWDIGD VQKLLSGVER LRNPDLIQAG YYSFGL ANE KRAKELEATF GCRMSPDIKQ ELLRCDISCK GGHSTVTDLQ ELLGCLYESQ EEELVKEVMA QFKEISLHLN AVDVVPS SF CVKHCRNLQK MSLQVIKENL PENVTASESD AEVERSQDDQ HMLPFWTDLC SIFGSNKDLM GLAINDSFLS ASLVRILC E QIASDTCHLQ RVVFKNISPA DAHRNLCLAL RGHKTVTYLT LQGNDQDDMF PALCEVLRHP ECNLRYLGLV SCSATTQQW ADLSLALEVN QSLTCVNLSD NELLDEGAKL LYTTLRHPKC FLQRLSLENC HLTEANCKDL AAVLVVSREL THLCLAKNPI GNTGVKFLC EGLRYPECKL QTLVLWNCDI TSDGCCDLTK LLQEKSSLLC LDLGLNHIGV KGMKFLCEAL RKPLCNLRCL W LWGCSIPP FSCEDLCSAL SCNQSLVTLD LGQNPLGSSG VKMLFETLTC SSGTLRTLRL KIDDFNDELN KLLEEIEEKN PQ LIIDTEK HHPWAERPSS HDFMI

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2

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分子 #2: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 134.499688 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKVAGGLELG AAALLSASPR ALVTLSTGPT CSILPKNPLF PQNLSSQPCI KMEGDKSLTF SSYGLQWCLY ELDKEEFQTF KELLKKKSS ESTTCSIPQF EIENANVECL ALLLHEYYGA SLAWATSISI FENMNLRTLS EKARDDMKRH SPEDPEATMT D QGPSKEKV ...文字列:
MKVAGGLELG AAALLSASPR ALVTLSTGPT CSILPKNPLF PQNLSSQPCI KMEGDKSLTF SSYGLQWCLY ELDKEEFQTF KELLKKKSS ESTTCSIPQF EIENANVECL ALLLHEYYGA SLAWATSISI FENMNLRTLS EKARDDMKRH SPEDPEATMT D QGPSKEKV PGISQAVQQD SATAAETKEQ EISQAMEQEG ATAAETEEQE ISQAMEQEGA TAAETEEQGH GGDTWDYKSH VM TKFAEEE DVRRSFENTA ADWPEMQTLA GAFDSDRWGF RPRTVVLHGK SGIGKSALAR RIVLCWAQGG LYQGMFSYVF FLP VREMQR KKESSVTEFI SREWPDSQAP VTEIMSRPER LLFIIDGFDD LGSVLNNDTK LCKDWAEKQP PFTLIRSLLR KVLL PESFL IVTVRDVGTE KLKSEVVSPR YLLVRGISGE QRIHLLLERG IGEHQKTQGL RAIMNNRELL DQCQVPAVGS LICVA LQLQ DVVGESVAPF NQTLTGLHAA FVFHQLTPRG VVRRCLNLEE RVVLKRFCRM AVEGVWNRKS VFDGDDLMVQ GLGESE LRA LFHMNILLPD SHCEEYYTFF HLSLQDFCAA LYYVLEGLEI EPALCPLYVE KTKRSMELKQ AGFHIHSLWM KRFLFGL VS EDVRRPLEVL LGCPVPLGVK QKLLHWVSLL GQQPNATTPG DTLDAFHCLF ETQDKEFVRL ALNSFQEVWL PINQNLDL I ASSFCLQHCP YLRKIRVDVK GIFPRDESAE ACPVVPLWMR DKTLIEEQWE DFCSMLGTHP HLRQLDLGSS ILTERAMKT LCAKLRHPTC KIQTLMFRNA QITPGVQHLW RIVMANRNLR SLNLGGTHLK EEDVRMACEA LKHPKCLLES LRLDCCGLTH ACYLKISQI LTTSPSLKSL SLAGNKVTDQ GVMPLSDALR VSQCALQKLI LEDCGITATG CQSLASALVS NRSLTHLCLS N NSLGNEGV NLLCRSMRLP HCSLQRLMLN QCHLDTAGCG FLALALMGNS WLTHLSLSMN PVEDNGVKLL CEVMREPSCH LQ DLELVKC HLTAACCESL SCVISRSRHL KSLDLTDNAL GDGGVAALCE GLKQKNSVLA RLGLKACGLT SDCCEALSLA LSC NRHLTS LNLVQNNFSP KGMMKLCSAF ACPTSNLQII GLWKWQYPVQ IRKLLEEVQL LKPRVVIDGS WHSFDEDDRY WWKN

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

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分子 #3: Oocyte-expressed protein homolog

分子名称: Oocyte-expressed protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.194756 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MVDDAGAAES QRGKQTPAHS LEQLRRLPLP PPQIRIRPWW FPVQELRDPL VFYLEAWLAD ELFGPDRAII PEMEWTSQAL LTVDIVDSG NLVEITVFGR PRVQNRVKSM LLCLAWFHRE HRARAEKMKH LEKNLKAHAS DPHSPQDPVA

UniProtKB: Oocyte-expressed protein homolog

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分子 #4: Transducin-like enhancer protein 6

分子名称: Transducin-like enhancer protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.541148 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTSRDQPRPK GPPKSTSPCP GISNSESSPT LNYQGILNRL KQFPRFSPHF AAELESIYYS LHKIQQDVAE HHKQIGNVLQ IVESCSQLQ GFQSEEVSPA EPASPGTPQQ VKDKTLQESS FEDIMATRSS DWLRRPLGED NQPETQLFWD KEPWFWHDTL T EQLWRIFA ...文字列:
MTSRDQPRPK GPPKSTSPCP GISNSESSPT LNYQGILNRL KQFPRFSPHF AAELESIYYS LHKIQQDVAE HHKQIGNVLQ IVESCSQLQ GFQSEEVSPA EPASPGTPQQ VKDKTLQESS FEDIMATRSS DWLRRPLGED NQPETQLFWD KEPWFWHDTL T EQLWRIFA GVHDEKAKPR DRQQAPGLGQ ESKAPGSCDP GTDPCPEDAS TPRPPEASSS PPEGSQDRNT SWGVVQEPPG RA SRFLQSI SWDPEDFEDA WKRPDALPGQ SKRLAVPCKL EKMRILAHGE LVLATAISSF TRHVFTCGRR GIKVWSLTGQ VAE DRFPES HLPIQTPGAF LRTCLLSSNS RSLLTGGYNL ASVSVWDLAA PSLHVKEQLP CAGLNCQALD ANLDANLAFA SFTS GVVRI WDLRDQSVVR DLKGYPDGVK SIVVKGYNIW TGGPDACLRC WDQRTIMKPL EYQFKSQIMS LSHSPQEDWV LLGMA NGQQ WLQSTSGSQR HMVGQKDSVI LSVKFSPFGQ WWASVGMDDF LGVYSMPAGT KVFEVPEMSP VTCCDVSSNN RLVVTG SGE HASVYQITY

UniProtKB: Transducin-like enhancer protein 6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMTrisTris(hydroxymethyl)aminomethane
5.0 mMDTTDithiothreitol

詳細: 25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl,5 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Vitrification carried out in argon atmosphere.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 51.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3186536
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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