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- EMDB-62813: Structure of mouse SCMCcore complex contain ZBED3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62813
タイトルStructure of mouse SCMCcore complex contain ZBED3
マップデータ
試料
  • 複合体: mouse SCMCcore complex contains mZBED3
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Transducin-like enhancer protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Oocyte-expressed protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Zinc finger BED domain-containing protein 3
  • リガンド: ZINC ION
キーワードcomplex / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


subcortical maternal complex / establishment of organelle localization / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / cortical granule exocytosis / endoplasmic reticulum localization / ooplasm / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / spermatogonial cell division ...subcortical maternal complex / establishment of organelle localization / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / cortical granule exocytosis / endoplasmic reticulum localization / ooplasm / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / spermatogonial cell division / cortical granule / positive regulation of meiotic nuclear division / apical cortex / positive regulation of embryonic development / regulation of RNA stability / regulation of establishment of protein localization / mitochondrion localization / embryonic pattern specification / flagellated sperm motility / establishment of spindle localization / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / fertilization / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of double-strand break repair / exocytosis / replication fork processing / regulation of cell division / response to glucose / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / sperm midpiece / positive regulation of neuron differentiation / embryo implantation / actin filament organization / animal organ morphogenesis / response to insulin / regulation of protein stability / Wnt signaling pathway / apical part of cell / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / intracellular protein localization / regulation of protein localization / protein-containing complex assembly / cell cortex / spermatogenesis / in utero embryonic development / protein stabilization / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger BED domain-containing protein 2/3 / BED zinc finger / KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain ...Zinc finger BED domain-containing protein 2/3 / BED zinc finger / KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / K Homology domain, type 1 superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Oocyte-expressed protein homolog / Zinc finger BED domain-containing protein 3 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / Transducin-like enhancer protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Ou GJ / Liu QT / Jiao HZ / Han Z / Li JH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82401959 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural assembly of the subcortical maternal complex SCMC
著者: Ou GJ / Liu QT
履歴
登録2024年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62813.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å
0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å
0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0131
最小 - 最大-0.030001743 - 0.063985676
平均 (標準偏差)-0.0000028831173 (±0.0017083964)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 255.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62813_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62813_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : mouse SCMCcore complex contains mZBED3

全体名称: mouse SCMCcore complex contains mZBED3
要素
  • 複合体: mouse SCMCcore complex contains mZBED3
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Transducin-like enhancer protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Oocyte-expressed protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Zinc finger BED domain-containing protein 3
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: mouse SCMCcore complex contains mZBED3

超分子名称: mouse SCMCcore complex contains mZBED3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: the virus of MATER-mTLE6-FLOPED-mZBED3 were co-transfected to Spodoptera frugiperda cell and the complex were purified by His-MATER
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 229.09 kDa/nm

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分子 #1: Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

分子名称: Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: His-tagged the full-length MATER / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 109.296773 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DLQDYKAHVI AKFDTSVDLH YDSPEMKLLS DAFKPYQKTF QPHTIILHGR PGVGKSALAR SIVLGWAQGK LFQKMSFVIF FSVREIKWT EKSSLAQLIA KECPDSWDLV TKIMSQPERL LFVIDGLDDM DSVLQHDDMT LSRDWKDEQP IYILMYSLLR K ALLPQSFL ...文字列:
DLQDYKAHVI AKFDTSVDLH YDSPEMKLLS DAFKPYQKTF QPHTIILHGR PGVGKSALAR SIVLGWAQGK LFQKMSFVIF FSVREIKWT EKSSLAQLIA KECPDSWDLV TKIMSQPERL LFVIDGLDDM DSVLQHDDMT LSRDWKDEQP IYILMYSLLR K ALLPQSFL IITTRNTGLE KLKSMVVSPL YILVEGLSAS RRSQLVLENI SNESDRIQVF HSLIENHQLF DQCQAPSVCS LV CEALQLQ KKLGKRCTLP CQTLTGLYAT LVFHQLTLKR PSQSALSQEE QITLVGLCMM AAEGVWTMRS VFYDDDLKNY SLK ESEILA LFHMNILLQV GHNSEQCYVF SHLSLQDFFA ALYYVLEGLE EWNQHFCFIE NQRSIMEVKR TDDTRLLGMK RFLF GLMNK DILKTLEVLF EYPVIPTVEQ KLQHWVSLIA QQVNGTSPMD TLDAFYCLFE SQDEEFVGGA LKRFQEVWLL INQKM DLKV SSYCLKHCQN LKAIRVDIRD LLSVDNTLEL CPVVTVQETQ CKPLLMEWWG NFCSVLGSLR NLKELDLGDS ILSQRA MKI LCLELRNQSC RIQKLTFKSA EVVSGLKHLW KLLFSNQNLK YLNLGNTPMK DDDMKLACEA LKHPKCSVET LRLDSCE LT IIGYEMISTL LISTTRLKCL SLAKNRVGVK SMISLGNALS SSMCLLQKLI LDNCGLTPAS CHLLVSALFS NQNLTHLC L SNNSLGTEGV QQLCQFLRNP ECALQRLILN HCNIVDDAYG FLAMRLANNT KLTHLSLTMN PVGDGAMKLL CEALKEPTC YLQELELVDC QLTQNCCEDL ACMITTTKHL KSLDLGNNAL GDKGVITLCE GLKQSSSSLR RLGLGACKLT SNCCEALSLA ISCNPHLNS LNLVKNDFST SGMLKLCSAF QCPVSNLGII GLWKQEYYAR VRRQLEEVEF VKPHVVIDGD WYASDEDDRN W WKN

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

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分子 #2: Transducin-like enhancer protein 6

分子名称: Transducin-like enhancer protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 47.967273 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: PQFCQGFLIQ GLWELFMDSR QKNQQEHGGE DSSQESKDSG LCDFKPEPQP RHRNSLSDSA DPFLIKSPSA LLDYYQEDVS RPQPETQES SGRADKFLKP LSWGSEVLES SCNQPSTALW QLERFTVPQA LQKVRVLKHQ ELLLVVAVSS FTRHVFTCSQ S GIKVWNLV ...文字列:
PQFCQGFLIQ GLWELFMDSR QKNQQEHGGE DSSQESKDSG LCDFKPEPQP RHRNSLSDSA DPFLIKSPSA LLDYYQEDVS RPQPETQES SGRADKFLKP LSWGSEVLES SCNQPSTALW QLERFTVPQA LQKVRVLKHQ ELLLVVAVSS FTRHVFTCSQ S GIKVWNLV NQVAEDRDPE SHLKCSVQDN KVYLRTCLLS SNSRTLFAGG YNLPGVIVWD LAAPSLYEKC QLPCEGLSCQ AL ANTKENM ALAGFTDGTV RIWDLRTQEI VRNLKGPTNS ARNLVVKDDN IWTGGLDACL RCWDLRMAKV SLEHLFQSQI MSL AHSPTE DWLLLGLANG QHCLFNSRKR DQVLTVDTKD NTILGLKFSP NGKWWASVGM GNFITVHSMP TGAKLFQVPE VGPV RCFDM TENGRLIITG SRDCASVYHI KY

UniProtKB: Transducin-like enhancer protein 6

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分子 #3: Oocyte-expressed protein homolog

分子名称: Oocyte-expressed protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 10.25276 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda granulovirus (ウイルス)
配列文字列:
SLRLRTRPWW FPIQEVSNPL VLYMEAWVAE RVIGTDQAEI SEIEWMCQAL LTVDSVNSGN LAEITIFGQP SAQTRMKNIL LNMAAWHKE

UniProtKB: Oocyte-expressed protein homolog

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分子 #4: Zinc finger BED domain-containing protein 3

分子名称: Zinc finger BED domain-containing protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 6.48345 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
SYSEAWGYFH LDPAQPRHRM MSAWATCRLC GLQVGGLPNF QMWTRALCQH LSDVHL

UniProtKB: Zinc finger BED domain-containing protein 3

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / : ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMTrisTris(hydroxymethyl)aminomethane
5.0 mMDTTDithiothreitol

詳細: 25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl,5 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Vitrification carried out in argon atmosphere.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 51.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1993029
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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