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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of mouse SCMCcore complex contain ZBED3 | |||||||||
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![]() | complex / CYTOSOLIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() subcortical maternal complex / establishment of organelle localization / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / cortical granule exocytosis / endoplasmic reticulum localization / ooplasm / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / spermatogonial cell division ...subcortical maternal complex / establishment of organelle localization / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / cortical granule exocytosis / endoplasmic reticulum localization / ooplasm / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / spermatogonial cell division / cortical granule / positive regulation of meiotic nuclear division / apical cortex / positive regulation of embryonic development / regulation of RNA stability / regulation of establishment of protein localization / mitochondrion localization / embryonic pattern specification / flagellated sperm motility / establishment of spindle localization / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / fertilization / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of double-strand break repair / exocytosis / replication fork processing / regulation of cell division / response to glucose / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / sperm midpiece / positive regulation of neuron differentiation / embryo implantation / actin filament organization / animal organ morphogenesis / response to insulin / regulation of protein stability / Wnt signaling pathway / apical part of cell / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / intracellular protein localization / regulation of protein localization / protein-containing complex assembly / cell cortex / spermatogenesis / in utero embryonic development / protein stabilization / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
![]() | Ou GJ / Liu QT / Jiao HZ / Han Z / Li JH | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural assembly of the subcortical maternal complex SCMC 著者: Ou GJ / Liu QT | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 80.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21 KB 21 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 132.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 80.8 MB 80.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 939.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 938.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9l4jMC ![]() 9l4lC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_62813_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_62813_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : mouse SCMCcore complex contains mZBED3
全体 | 名称: mouse SCMCcore complex contains mZBED3 |
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要素 |
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-超分子 #1: mouse SCMCcore complex contains mZBED3
超分子 | 名称: mouse SCMCcore complex contains mZBED3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: the virus of MATER-mTLE6-FLOPED-mZBED3 were co-transfected to Spodoptera frugiperda cell and the complex were purified by His-MATER |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 229.09 kDa/nm |
-分子 #1: Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
分子 | 名称: Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: His-tagged the full-length MATER / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 109.296773 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DLQDYKAHVI AKFDTSVDLH YDSPEMKLLS DAFKPYQKTF QPHTIILHGR PGVGKSALAR SIVLGWAQGK LFQKMSFVIF FSVREIKWT EKSSLAQLIA KECPDSWDLV TKIMSQPERL LFVIDGLDDM DSVLQHDDMT LSRDWKDEQP IYILMYSLLR K ALLPQSFL ...文字列: DLQDYKAHVI AKFDTSVDLH YDSPEMKLLS DAFKPYQKTF QPHTIILHGR PGVGKSALAR SIVLGWAQGK LFQKMSFVIF FSVREIKWT EKSSLAQLIA KECPDSWDLV TKIMSQPERL LFVIDGLDDM DSVLQHDDMT LSRDWKDEQP IYILMYSLLR K ALLPQSFL IITTRNTGLE KLKSMVVSPL YILVEGLSAS RRSQLVLENI SNESDRIQVF HSLIENHQLF DQCQAPSVCS LV CEALQLQ KKLGKRCTLP CQTLTGLYAT LVFHQLTLKR PSQSALSQEE QITLVGLCMM AAEGVWTMRS VFYDDDLKNY SLK ESEILA LFHMNILLQV GHNSEQCYVF SHLSLQDFFA ALYYVLEGLE EWNQHFCFIE NQRSIMEVKR TDDTRLLGMK RFLF GLMNK DILKTLEVLF EYPVIPTVEQ KLQHWVSLIA QQVNGTSPMD TLDAFYCLFE SQDEEFVGGA LKRFQEVWLL INQKM DLKV SSYCLKHCQN LKAIRVDIRD LLSVDNTLEL CPVVTVQETQ CKPLLMEWWG NFCSVLGSLR NLKELDLGDS ILSQRA MKI LCLELRNQSC RIQKLTFKSA EVVSGLKHLW KLLFSNQNLK YLNLGNTPMK DDDMKLACEA LKHPKCSVET LRLDSCE LT IIGYEMISTL LISTTRLKCL SLAKNRVGVK SMISLGNALS SSMCLLQKLI LDNCGLTPAS CHLLVSALFS NQNLTHLC L SNNSLGTEGV QQLCQFLRNP ECALQRLILN HCNIVDDAYG FLAMRLANNT KLTHLSLTMN PVGDGAMKLL CEALKEPTC YLQELELVDC QLTQNCCEDL ACMITTTKHL KSLDLGNNAL GDKGVITLCE GLKQSSSSLR RLGLGACKLT SNCCEALSLA ISCNPHLNS LNLVKNDFST SGMLKLCSAF QCPVSNLGII GLWKQEYYAR VRRQLEEVEF VKPHVVIDGD WYASDEDDRN W WKN UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 |
-分子 #2: Transducin-like enhancer protein 6
分子 | 名称: Transducin-like enhancer protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 47.967273 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: PQFCQGFLIQ GLWELFMDSR QKNQQEHGGE DSSQESKDSG LCDFKPEPQP RHRNSLSDSA DPFLIKSPSA LLDYYQEDVS RPQPETQES SGRADKFLKP LSWGSEVLES SCNQPSTALW QLERFTVPQA LQKVRVLKHQ ELLLVVAVSS FTRHVFTCSQ S GIKVWNLV ...文字列: PQFCQGFLIQ GLWELFMDSR QKNQQEHGGE DSSQESKDSG LCDFKPEPQP RHRNSLSDSA DPFLIKSPSA LLDYYQEDVS RPQPETQES SGRADKFLKP LSWGSEVLES SCNQPSTALW QLERFTVPQA LQKVRVLKHQ ELLLVVAVSS FTRHVFTCSQ S GIKVWNLV NQVAEDRDPE SHLKCSVQDN KVYLRTCLLS SNSRTLFAGG YNLPGVIVWD LAAPSLYEKC QLPCEGLSCQ AL ANTKENM ALAGFTDGTV RIWDLRTQEI VRNLKGPTNS ARNLVVKDDN IWTGGLDACL RCWDLRMAKV SLEHLFQSQI MSL AHSPTE DWLLLGLANG QHCLFNSRKR DQVLTVDTKD NTILGLKFSP NGKWWASVGM GNFITVHSMP TGAKLFQVPE VGPV RCFDM TENGRLIITG SRDCASVYHI KY UniProtKB: Transducin-like enhancer protein 6 |
-分子 #3: Oocyte-expressed protein homolog
分子 | 名称: Oocyte-expressed protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.25276 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SLRLRTRPWW FPIQEVSNPL VLYMEAWVAE RVIGTDQAEI SEIEWMCQAL LTVDSVNSGN LAEITIFGQP SAQTRMKNIL LNMAAWHKE UniProtKB: Oocyte-expressed protein homolog |
-分子 #4: Zinc finger BED domain-containing protein 3
分子 | 名称: Zinc finger BED domain-containing protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 6.48345 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SYSEAWGYFH LDPAQPRHRM MSAWATCRLC GLQVGGLPNF QMWTRALCQH LSDVHL UniProtKB: Zinc finger BED domain-containing protein 3 |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl,5 mM DTT | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Vitrification carried out in argon atmosphere. | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 51.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |