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- EMDB-62810: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-BQ.1 in complex with ACE2 const... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62810
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-BQ.1 in complex with ACE2 constituent map 2
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 S-BQ.1 and ACE2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
キーワードspike protein / VIRAL PROTEIN
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hsu HF / Wu MH / Chang YC / Hsu STD
資金援助 台湾, 2件
OrganizationGrant number国
Academia Sinica (Taiwan)AS-IDR-112-04 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-CDA-109-L08 台湾
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2024
タイトル: Functional and structural investigation of a broadly neutralizing SARS-CoV-2 antibody.
著者: Yi-Hsuan Chang / Min-Feng Hsu / Wei-Nan Chen / Min-Hao Wu / Wye-Lup Kong / Mei-Yeh Jade Lu / Chih-Heng Huang / Fang-Ju Chang / Lan-Yi Chang / Ho-Yang Tsai / Chao-Ping Tung / Jou-Hui Yu / Yali ...著者: Yi-Hsuan Chang / Min-Feng Hsu / Wei-Nan Chen / Min-Hao Wu / Wye-Lup Kong / Mei-Yeh Jade Lu / Chih-Heng Huang / Fang-Ju Chang / Lan-Yi Chang / Ho-Yang Tsai / Chao-Ping Tung / Jou-Hui Yu / Yali Kuo / Yu-Chi Chou / Li-Yang Bai / Yuan-Chih Chang / An-Yu Chen / Cheng-Cheung Chen / Yi-Hua Chen / Chun-Che Liao / Chih-Shin Chang / Jian-Jong Liang / Yi-Ling Lin / Takashi Angata / Shang-Te Danny Hsu / Kuo-I Lin /
要旨: Since its emergence, SARS-CoV-2 has been continuously evolving, hampering the effectiveness of current vaccines against COVID-19. mAbs can be used to treat patients at risk of severe COVID-19. Thus, ...Since its emergence, SARS-CoV-2 has been continuously evolving, hampering the effectiveness of current vaccines against COVID-19. mAbs can be used to treat patients at risk of severe COVID-19. Thus, the development of broadly protective mAbs and an understanding of the underlying protective mechanisms are of great importance. Here, we isolated mAbs from donors with breakthrough infection with Omicron subvariants using a single-B cell screening platform. We identified a mAb, O5C2, which possesses broad-spectrum neutralization and antibody-dependent cell-mediated cytotoxic activities against SARS-CoV-2 variants, including EG.5.1. Single-particle analysis by cryo-electron microscopy revealed that O5C2 targeted an unusually large epitope within the receptor-binding domain of spike protein that overlapped with the angiotensin-converting enzyme 2 binding interface. Furthermore, O5C2 effectively protected against BA.5 Omicron infection in vivo by mediating changes in transcriptomes enriched in genes involved in apoptosis and interferon responses. Our findings provide insights into the development of pan-protective mAbs against SARS-CoV-2.
履歴
登録2024年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62810.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62810.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 460 pix.
= 496.8 Å		1.08 Å/pix.
x 460 pix.
= 496.8 Å		1.08 Å/pix.
x 460 pix.
= 496.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23
最小 - 最大-0.8917024 - 2.1451647
平均 (標準偏差)-0.0003781859 (±0.033776533)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 496.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62810_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62810_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 S-BQ.1 and ACE2 complex

全体名称: SARS-CoV-2 S-BQ.1 and ACE2 complex
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 S-BQ.1 and ACE2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein

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超分子 #1: SARS-CoV-2 S-BQ.1 and ACE2 complex

超分子名称: SARS-CoV-2 S-BQ.1 and ACE2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQSYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAISGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGWI FGTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLDVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQSYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAISGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGWI FGTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLDVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN FKNLREFVFK NIDGYFKIYS KHTPINLGRD LPQGFSALEP LVDLPIGINI TRFQTLLALH RSYLTPGDSS SGWTAGAAAY YVGYLQPRTF LLKYNENGTI TDAVDCALDP LSETKCTLKS FTVEKGIYQT SNFRVQPTES IVRFPNITNL CPFDEVFNAT RFASVYAWNR KRISNCVADY SVLYNFAPFF AFKCYGVSPT KLNDLCFTNV YADSFVIRGN EVSQIAPGQT GNIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNKLDSTV GGNYNYRYRL FRKSKLKPFE RDISTEIYQA GNKPCNGVAG VNCYFPLQSY GFRPTYGVGH QPYRVVVLSF ELLHAPATVC GPKKSTNLVK NKCVNFNFNG LTGTGVLTES NKKFLPFQQF GRDIADTTDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQGV NCTEVPVAIH ADQLTPTWRV YSTGSNVFQT RAGCLIGAEY VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTKSHGSAS SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIAIP TNFTISVTTE ILPVSMTKTS VDCTMYICGD STECSNLLLQ YGSFCTQLKR ALTGIAVEQD KNTQEVFAQV KQIYKTPPIK YFGGFNFSQI LPDPSKPSKR SPIEDLLFNK VTLADAGFIK QYGDCLGDIA ARDLICAQKF KGLTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLAGTITSG WTFGAGPALQ IPFPMQMAYR FNGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTPSAL GKLQDVVNHN AQALNTLVKQ LSSKFGAISS VLNDILSRLD PPEAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATKMSECVLG QSKRVDFCGK GYHLMSFPQS APHGVVFLHV TYVPAQEKNF TTAPAICHDG KAHFPREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTDNTFVSGN CDVVIGIVNN TVYDPLQPEL DSFKEELDKY FKNHTSPDVD LGDISGINAS VVNIQKEIDR LNEVAKNLNE SLIDLQELGK YEQEFGSGGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLKGQDN SADIQHSGRP LESRGPFEQK LISEEDLNMH TGHHHHHH

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8dm5

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 128951
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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