EMDB-62792: Focused refinement in G protein region of the chemokine-like rece...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-62792

タイトル

Focused refinement in G protein region of the chemokine-like receptor 1 (CMKLR1) in complex with chemerin and Gi1

マップデータ

Sharpen map

試料

複合体: The full length chemerin bound CMKLR1-Gi complex

キーワード

GPCR / G protein / RECOMBINATION

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Zhu Y / He M / Wu B / Zhao Q

資金援助

中国, 3件

Organization	Grant number	国
National Science Foundation (NSF, China)	2022YFA1302900	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82121005	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32401012	中国

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the distinct ligand recognition and signaling of the chemerin receptors CMKLR1 and GPR1.
著者: Xiaowen Lin / Lechen Zhao / Heng Cai / Xiaohua Chang / Yuxuan Tang / Tianyu Luo / Mengdan Wu / Cuiying Yi / Limin Ma / Xiaojing Chu / Shuo Han / Qiang Zhao / Beili Wu / Maozhou He / Ya Zhu /

履歴

登録	2024年12月19日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年3月12日	-
マップ公開	2025年3月12日	-
更新	2025年3月12日	-
現状	2025年3月12日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_62792.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_62792.map.gz	59.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-62792-v30.xml emd-62792.xml	14.2 KB 14.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_62792.png	132.5 KB
Filedesc metadata	emd-62792.cif.gz	4.1 KB
その他	emd_62792_half_map_1.map.gz emd_62792_half_map_2.map.gz	59.5 MB 59.5 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62792 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62792	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62730C 62732C 62793C 62794C 62795C 62796C 62798C 62799C 9l3wC 9l3yC 9l3zC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_62792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Sharpen map

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 274.176 Å	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 274.176 Å	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 274.176 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.071 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.4
最小 - 最大	-4.7096295 - 6.2757955
平均 (標準偏差)	-0.0006495534 (±0.07623212)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: Half map A

ファイル

emd_62792_half_map_1.map

注釈

Half map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイル

emd_62792_half_map_2.map

注釈

Half map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : The full length chemerin bound CMKLR1-Gi complex

全体	名称: The full length chemerin bound CMKLR1-Gi complex
要素	複合体: The full length chemerin bound CMKLR1-Gi complex

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超分子 #1: The full length chemerin bound CMKLR1-Gi complex

超分子	名称: The full length chemerin bound CMKLR1-Gi complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 70.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 760566
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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