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- EMDB-62697: Cryo-EM structure of the human MON1A/CCZ1/C18orf8 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62697
タイトルCryo-EM structure of the human MON1A/CCZ1/C18orf8 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: MCCR complex
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein MON1 homolog A
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog B
    • タンパク質・ペプチド: Regulator of MON1-CCZ1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Ras-related protein Rab-7a
キーワードMON1A / CCZ1 / C18orf8 / Rab7A / autophagy / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Mon1-Ccz1 complex / synaptic vesicle recycling via endosome / lipophagy / phagosome acidification / positive regulation of viral process / protein to membrane docking / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / negative regulation of intralumenal vesicle formation ...Mon1-Ccz1 complex / synaptic vesicle recycling via endosome / lipophagy / phagosome acidification / positive regulation of viral process / protein to membrane docking / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / negative regulation of intralumenal vesicle formation / negative regulation of exosomal secretion / phagosome-lysosome fusion / Suppression of autophagy / establishment of vesicle localization / retromer complex binding / phagosome maturation / presynaptic endosome / protein localization to lysosome / endosome to plasma membrane protein transport / early endosome to late endosome transport / phagophore assembly site membrane / protein targeting to vacuole / positive regulation of exosomal secretion / RAB geranylgeranylation / protein targeting to lysosome / melanosome membrane / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / endosome to lysosome transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / viral release from host cell / autophagosome membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / protein secretion / RHOG GTPase cycle / autophagosome assembly / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / bone resorption / intracellular transport / lipid catabolic process / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / lipid droplet / RAC1 GTPase cycle / MHC class II antigen presentation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / secretory granule membrane / small monomeric GTPase / response to bacterium / mitochondrial membrane / small GTPase binding / autophagy / endocytosis / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of protein catabolic process / GDP binding / synaptic vesicle membrane / late endosome membrane / late endosome / protein transport / G protein activity / endosome membrane / lysosome / regulation of autophagy / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / mitochondrion / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Regulator of MON1-CCZ1 complex, C-terminal / Regulator of MON1-CCZ1 complex / : / Regulator of MON1-CCZ1 complex, C-terminal / Regulator of MON1-CCZ1 complex, N-terminal / Vacuolar fusion protein Ccz1 / Vacuolar fusion protein Mon1 / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 ...Regulator of MON1-CCZ1 complex, C-terminal / Regulator of MON1-CCZ1 complex / : / Regulator of MON1-CCZ1 complex, C-terminal / Regulator of MON1-CCZ1 complex, N-terminal / Vacuolar fusion protein Ccz1 / Vacuolar fusion protein Mon1 / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-related protein Rab-7a / Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog B / Vacuolar fusion protein MON1 homolog A / Regulator of MON1-CCZ1 complex
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Tang Y / Han Y / Zhang Y / Pan L
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022ZD0207400 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92253301 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071219 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2025
タイトル: Mechanistic insights into the GEF activity of the human MON1A/CCZ1/C18orf8 complex.
著者: Yubin Tang / Yaoyao Han / Zhenpeng Guo / Ying Li / Xinyu Gong / Yuchao Zhang / Haobo Liu / Xindi Zhou / Daichao Xu / Yixiao Zhang / Lifeng Pan /
履歴
登録2024年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62697.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62697.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 316.5 Å		1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 316.5 Å		1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 316.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.459
最小 - 最大-3.2035809 - 4.503314
平均 (標準偏差)0.0007909163 (±0.07052953)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 316.49997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62697_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62697_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MCCR complex

全体名称: MCCR complex
要素
  • 複合体: MCCR complex
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein MON1 homolog A
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog B
    • タンパク質・ペプチド: Regulator of MON1-CCZ1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Ras-related protein Rab-7a

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超分子 #1: MCCR complex

超分子名称: MCCR complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Vacuolar fusion protein MON1 homolog A

分子名称: Vacuolar fusion protein MON1 homolog A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.562395 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GTTEGDEEDA TEAWRLHQKH VFVLSEAGKP VYSRYGSEEA LSSTMGVMVA LVSFLEADKN AIRSIHADGY KVVFVRRSPL VLVAVARTR QSAQELAQEL LYIYYQILSL LTGAQLSHIF QQKQNYDLRR LLSGSERITD NLLQLMARDP SFLMGAARCL P LAAAVRDT ...文字列:
GTTEGDEEDA TEAWRLHQKH VFVLSEAGKP VYSRYGSEEA LSSTMGVMVA LVSFLEADKN AIRSIHADGY KVVFVRRSPL VLVAVARTR QSAQELAQEL LYIYYQILSL LTGAQLSHIF QQKQNYDLRR LLSGSERITD NLLQLMARDP SFLMGAARCL P LAAAVRDT VSASLQQARA RSLVFSILLA RNQLVALVRR KDQFLHPIDL HLLFNLISSS SSFREGEAWT PVCLPKFNAA GF FHAHISY LEPDTDLCLL LVSTDREDFF AVSDCRRRFQ ERLRKRGAHL ALREALRTPY YSVAQVGIPD LRHFLYKSKS SGL FTSPEI EAPYTSEEEQ ERLLGLYQYL HSRAHNASRP LKTIYYTGPN ENLLAWVTGA FELYMCYSPL GTKASAVSAI HKLM RWIRK EEDRLFILTP LTY

UniProtKB: Vacuolar fusion protein MON1 homolog A

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分子 #2: Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog B

分子名称: Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.935016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAAAAGAGS GPWAAQEKQF PPALLSFFIY NPRFGPREGQ EENKILFYHP NEVEKNEKIR NVGLCEAIVQ FTRTFSPSKP AKSLHTQKN RQFFNEPEEN FWMVMVVRNP IIEKQSKDGK PVIEYQEEEL LDKVYSSVLR QCYSMYKLFN GTFLKAMEDG G VKLLKERL ...文字列:
MAAAAAGAGS GPWAAQEKQF PPALLSFFIY NPRFGPREGQ EENKILFYHP NEVEKNEKIR NVGLCEAIVQ FTRTFSPSKP AKSLHTQKN RQFFNEPEEN FWMVMVVRNP IIEKQSKDGK PVIEYQEEEL LDKVYSSVLR QCYSMYKLFN GTFLKAMEDG G VKLLKERL EKFFHRYLQT LHLQSCDLLD IFGGISFFPL DKMTYLKIQS FINRMEESLN IVKYTAFLYN DQLIWSGLEQ DD MRILYKY LTTSLFPRHI EPELAGRDSP IRAEMPGNLQ HYGRFLTGPL NLNDPDAKCR FPKIFVNTDD TYEELHLIVY KAM SAAVCF MIDASVHPTL DFCRRLDSIV GPQLTVLASD ICEQFNINKR MSGSEKEPQF KFIYFNHMNL AEKSTVHMRK TPSV SLTSV HPDLMKILGD INSDFTRVDE DEEIIVKAMS DYWVVGKKSD RRELYVILNQ KNANLIEVNE EVKKLCATQF NNIFF LD

UniProtKB: Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog B

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分子 #3: Regulator of MON1-CCZ1 complex

分子名称: Regulator of MON1-CCZ1 complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.068445 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGEEDYYLEL CERPVQFEKA NPVNCVFFDE ANKQVFAVRS GGATGVVVKG PDDRNPISFR MDDKGEVKCI KFSLENKILA VQRTSKTVD FCNFIPDNSQ LEYTQECKTK NANILGFCWT SSTEIVFITD QGIEFYQVLP EKRSLKLLKS HNLNVNWYMY C PESAVILL ...文字列:
MGEEDYYLEL CERPVQFEKA NPVNCVFFDE ANKQVFAVRS GGATGVVVKG PDDRNPISFR MDDKGEVKCI KFSLENKILA VQRTSKTVD FCNFIPDNSQ LEYTQECKTK NANILGFCWT SSTEIVFITD QGIEFYQVLP EKRSLKLLKS HNLNVNWYMY C PESAVILL STTVLENVLQ PFHFRAGTMS KLPKFEIELP AAPKSTKPSL SERDIAMATI YGQLYVLFLR HHSRTSNSTG AE VVLYHLP REGACKKMHI LKLNRTGKFA LNVVDNLVVV HHQDTETSVI FDIKLRGEFD GSVTFHHPVL PARSIQPYQI PIT GPAAVT SQSPVPCKLY SSSWIVFQPD IIISASQGYL WNLQVKLEPI VNLLPDKGRL MDFLLQRKEC KMVILSVCSQ MLSE SDRAS LPVIATVFDK LNHEYKKYLD AEQSYAMAVE AGQSRSSPLL KRPVRTQAVL DQSDVYTHVL SAFVEKKEMP HKFVI AVLM EYIRSLNQFQ IAVQHYLHEL VIKTLVQHNL FYMLHQFLQY HVLSDSKPLA CLLLSLESFY PPAHQLSLDM LKRLST AND EIVEVLLSKH QVLAALRFIR GIGGHDNISA RKFLDAAKQT EDNMLFYTIF RFFEQRNQRL RGSPNFTPGE HCEEHVA FF KQIFGDQALM RPTTF

UniProtKB: Regulator of MON1-CCZ1 complex

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分子 #4: Ras-related protein Rab-7a

分子名称: Ras-related protein Rab-7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: small monomeric GTPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.529719 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTSRKKVLLK VIILGDSGVG KNSLMNQYVN KKFSNQYKAT IGADFLTKEV MVDDRLVTMQ IWDTAGQERF QSLGVAFYRG ADCCVLVFD VTAPNTFKTL DSWRDEFLIQ ASPRDPENFP FVVLGNKIDL ENRQVATKRA QAWCYSKNNI PYFETSAKEA I NVEQAFQT ...文字列:
MTSRKKVLLK VIILGDSGVG KNSLMNQYVN KKFSNQYKAT IGADFLTKEV MVDDRLVTMQ IWDTAGQERF QSLGVAFYRG ADCCVLVFD VTAPNTFKTL DSWRDEFLIQ ASPRDPENFP FVVLGNKIDL ENRQVATKRA QAWCYSKNNI PYFETSAKEA I NVEQAFQT IARNALKQET EVELYNEFPE PIKLDKNDRA KASAESCSC

UniProtKB: Ras-related protein Rab-7a

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77193
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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