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万見
- EMDB-62668: Cryo-EM structure of the 3:3 LGI1-ADAM22 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62668
タイトルCryo-EM structure of the 3:3 LGI1-ADAM22 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: The 3:3 LGI1-ADAM22 complex
    • タンパク質・ペプチド: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
キーワードepilepsy / syanapse / adam / eptp / wd40 / cell adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


LGI-ADAM interactions / negative regulation of cell adhesion / axon initial segment / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission / synaptic cleft / axon guidance / central nervous system development / postsynaptic density membrane / metalloendopeptidase activity ...LGI-ADAM interactions / negative regulation of cell adhesion / axon initial segment / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission / synaptic cleft / axon guidance / central nervous system development / postsynaptic density membrane / metalloendopeptidase activity / neuron projection development / integrin binding / nervous system development / positive regulation of cell growth / cell adhesion / axon / signaling receptor binding / dendrite / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich glioma-inactivated , EPTP repeat / EAR / : / EPTP domain / EAR repeat profile. / ADAM cysteine-rich / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. ...Leucine-rich glioma-inactivated , EPTP repeat / EAR / : / EPTP domain / EAR repeat profile. / ADAM cysteine-rich / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich glioma-inactivated protein 1 / Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Yamaguchi T / Okatsu K / Kubota M / Mistumori A / Yamagata A / Fukai S
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Structural insights into heterohexameric assembly of epilepsy-related ligand-receptor complex LGI1-ADAM22.
著者: Yamaguchi T / Okatsu K / Kubota M / Mitsumori A / Yamagata A / Fukata Y / Fukata M / Shibata M / Fukai S
履歴
登録2024年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62668.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62668.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 320 pix.
= 240.64 Å		0.75 Å/pix.
x 320 pix.
= 240.64 Å		0.75 Å/pix.
x 320 pix.
= 240.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.752 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.4700025 - 0.64984304
平均 (標準偏差)-0.0006204148 (±0.015292313)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 240.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62668_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_62668_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62668_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62668_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The 3:3 LGI1-ADAM22 complex

全体名称: The 3:3 LGI1-ADAM22 complex
要素
  • 複合体: The 3:3 LGI1-ADAM22 complex
    • タンパク質・ペプチド: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1

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超分子 #1: The 3:3 LGI1-ADAM22 complex

超分子名称: The 3:3 LGI1-ADAM22 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22

分子名称: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.80323 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NVEEETKYIE LMIVNDHLMF KKHRLSVVHT NTYAKSVVNM ADLIYKDQLK TRIVLVAMET WATDNKFAIS ENPLITLREF MKYRRDFIK EKSDAVHLFS GSQFESSRSG AAYIGGICSL LKGGGVNEFG KTDLMAVTLA QSLAHNIGII SDKRKLASGE C KCEDTWSG ...文字列:
NVEEETKYIE LMIVNDHLMF KKHRLSVVHT NTYAKSVVNM ADLIYKDQLK TRIVLVAMET WATDNKFAIS ENPLITLREF MKYRRDFIK EKSDAVHLFS GSQFESSRSG AAYIGGICSL LKGGGVNEFG KTDLMAVTLA QSLAHNIGII SDKRKLASGE C KCEDTWSG CIMGDTGYYL PKKFTQCNIE EYHDFLNSGG GACLFNKPSK LLDPPECGNG FIETGEECDC GTPAECVLEG AE CCKKCTL TQDSQCSDGL CCKKCKFQPM GTVCREAVND CDIRETCSGN SSQCAPNIHK MDGYSCDGVQ GICFGGRCKT RDR QCKYIW GQKVTASDKY CYEKLNIEGT EKGNCGKDKD TWIQCNKRDV LCGYLLCTNI GNIPRLGELD GEITSTLVVQ QGRT LNCSG GHVKLEEDVD LGYVEDGTPC GPQMMCLEHR CLPVASFNFS TCLSSKEGTI CSGNGVCSNE LKCVCNRHWI GSDCN TYFP HNDDAKTGIT LSG

UniProtKB: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22

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分子 #2: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1

分子名称: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62.570785 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DAAQPARRAR RTYEAYPAKP KCPAVCTCTK DNALCENARS IPRTVPPDVI SLSFVRSGFT EISEGSFLFT PSLQLLLFTS NSFDVISDD AFIGLPHLEY LFIENNNIKS ISRHTFRGLK SLIHLSLANN NLQTLPKDIF KGLDSLTNVD LRGNSFNCDC K LKWLVEWL ...文字列:
DAAQPARRAR RTYEAYPAKP KCPAVCTCTK DNALCENARS IPRTVPPDVI SLSFVRSGFT EISEGSFLFT PSLQLLLFTS NSFDVISDD AFIGLPHLEY LFIENNNIKS ISRHTFRGLK SLIHLSLANN NLQTLPKDIF KGLDSLTNVD LRGNSFNCDC K LKWLVEWL GHTNATVEDI YCEGPPEYKK RKINSLSSKD FDCIITEFAK SQDLPYQSLS IDTFSYLNDE YVVIAQPFTG KC IFLEWDH VEKTFRNYDN ITGTSTVVCK PIVIETQLYV IVAQLFGGSH IYKRDSFANK FIKIQDIEIL KIRKPNDIET FKI ENNWYF VVADSSKAGF TTIYKWNGNG FYSHQSLHAW YRDTDVEYLE IVRTPQTLRT PHLILSSSSQ RPVIYQWNKA TQLF TNQTD IPNMEDVYAV KHFSVKGDVY ICLTRFIGDS KVMKWGGSSF QDIQAMPSRG SMVFQPLQIN NYQYAILGSD YSFTQ VYNW DAEKAKFVKF QELNVQAPRS FTHVSINKRN FLFASSFKGN TQIYKHVIVD LSAKHHHHHH

UniProtKB: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7625 / 平均露光時間: 2.79627 sec. / 平均電子線量: 60.8046 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

9kzc

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 120728
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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