EMDB-62650: A35 of MPXV in complex with mAb975

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-62650

タイトル

A35 of MPXV in complex with mAb975

マップデータ

試料

複合体: A35 of MPXV in complex with mAb975
- タンパク質・ペプチド: mab975HC
- タンパク質・ペプチド: mab975KC
タンパク質・ペプチド: Protein OPG161

キーワード

envelope glycoprotein / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

Chordopoxvirus A33R / Chordopoxvirus A33R protein / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / host cell membrane / virion membrane / membrane / Protein OPG161

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト) /

Monkeypox virus (サル痘ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Yan RH / Yang HN

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A35 of MPXV in complex with mAb975
著者: Yan RH / Yang HN

履歴

登録	2024年12月9日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年8月13日	-
マップ公開	2025年8月13日	-
更新	2025年8月13日	-
現状	2025年8月13日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_62650.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_62650.map.gz	62.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-62650-v30.xml emd-62650.xml	15.8 KB 15.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_62650.png	48 KB
Filedesc metadata	emd-62650.cif.gz	5.2 KB
その他	emd_62650_half_map_1.map.gz emd_62650_half_map_2.map.gz	116 MB 116 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62650 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62650	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_62650_validation.pdf.gz	717.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_62650_full_validation.pdf.gz	716.6 KB	表示
XML形式データ	emd_62650_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_62650_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-62650 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-62650	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9kyzMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (2) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_62650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.83 Å/pix. x 320 pix. = 264.64 Å	0.83 Å/pix. x 320 pix. = 264.64 Å	0.83 Å/pix. x 320 pix. = 264.64 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.827 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.3
最小 - 最大	-0.22021505 - 0.8347716
平均 (標準偏差)	0.0016647483 (±0.024092654)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_62650_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_62650_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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全体 : A35 of MPXV in complex with mAb975

全体	名称: A35 of MPXV in complex with mAb975
要素	複合体: A35 of MPXV in complex with mAb975 タンパク質・ペプチド: mab975HC タンパク質・ペプチド: mab975KC タンパク質・ペプチド: Protein OPG161

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超分子 #1: A35 of MPXV in complex with mAb975

超分子	名称: A35 of MPXV in complex with mAb975 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Protein OPG161

分子	名称: Protein OPG161 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量	理論値: 9.261993 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: CNGLYYQGSC YILHSDYKSF EDAKANCAAE SSTLPNKSDV LTTWLIDYVE DTWGSDGNPI TKTTSDYQDS DVSQEVRKYF CT UniProtKB: Protein OPG161

-
分子 #2: mab975HC

分子	名称: mab975HC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 13.109636 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: VQLQESGPGL VKPSGTLSLT CAVSRASISS SNWWSWLRQP PGKGLEWIGE IFHSGSTNYN PSLRSRVTIS VDKSKNQFSL NVSSVTAAD TAVYYCARSQ GGSGLFRAKW FDPWGQGTLV TV

-
分子 #3: mab975KC

分子	名称: mab975KC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 11.298476 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQHK PGQAPRLLMY GASSRAPGTP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSPRTF GQGTKV

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 8xa4
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 180429
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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