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- EMDB-62647: Folate ECF transporter affected by PFOS -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62647
タイトルFolate ECF transporter affected by PFOS
マップデータ
試料
  • 複合体: Folate ECF transporter affected by PFOS
    • タンパク質・ペプチド: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
    • タンパク質・ペプチド: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
    • タンパク質・ペプチド: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
    • タンパク質・ペプチド: Folate family ECF transporter S component
キーワードATPase / Folate transport / HYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ECF transporter S component, folate family / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter, substrate-specific component / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. ...: / ECF transporter S component, folate family / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter, substrate-specific component / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / : / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / Folate family ECF transporter S component
類似検索 - 構成要素
生物種Levilactobacillus brevis ATCC 367 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.93 Å
データ登録者Gao Y / Wang Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)41925029 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: First Cryo-EM Structural Observation on the Interaction of Folate ECF Transporter with Perfluoroalkyl Substances
著者: Wang Z / Li H / Gao Y
履歴
登録2024年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62647.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62647.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 280 pix.
= 246.4 Å		0.88 Å/pix.
x 280 pix.
= 246.4 Å		0.88 Å/pix.
x 280 pix.
= 246.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0671
最小 - 最大-0.33867067 - 0.5259335
平均 (標準偏差)0.0014380643 (±0.016967406)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 246.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62647_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62647_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Folate ECF transporter affected by PFOS

全体名称: Folate ECF transporter affected by PFOS
要素
  • 複合体: Folate ECF transporter affected by PFOS
    • タンパク質・ペプチド: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
    • タンパク質・ペプチド: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
    • タンパク質・ペプチド: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
    • タンパク質・ペプチド: Folate family ECF transporter S component

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超分子 #1: Folate ECF transporter affected by PFOS

超分子名称: Folate ECF transporter affected by PFOS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Levilactobacillus brevis ATCC 367 (バクテリア)

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分子 #1: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1

分子名称: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: トランスロカーゼ
由来(天然)生物種: Levilactobacillus brevis ATCC 367 (バクテリア)
分子量理論値: 30.419234 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TENIISVDHL TYQYDENQAP ALTDVSFTVH AGEWLAIVGH NGSGKSTLAK SLDGLLPFTQ GSVTVGGITL TPETVWQVRE QIGMIFQNP DNQFVGATVE DDVAFGLENR QISRDEMVPR VQAALAQVGM TSFAQREPSS LSGGQKQRVA LAGIVAIAPK I LILDEATS ...文字列:
TENIISVDHL TYQYDENQAP ALTDVSFTVH AGEWLAIVGH NGSGKSTLAK SLDGLLPFTQ GSVTVGGITL TPETVWQVRE QIGMIFQNP DNQFVGATVE DDVAFGLENR QISRDEMVPR VQAALAQVGM TSFAQREPSS LSGGQKQRVA LAGIVAIAPK I LILDEATS MLDPQGRIEM LAIVRQLRQQ QNLTVISITH DIDEAASADR VLVIDDGRLV DEAVPSQIFE RGTQLVEMGL DL PFTEKLK AALRQRGITP PTTYQTAAEM EEWLWQSLSN T

UniProtKB: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1

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分子 #2: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2

分子名称: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
由来(天然)生物種: Levilactobacillus brevis ATCC 367 (バクテリア)
分子量理論値: 32.045338 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AIAFEHVTYT YQAGTPMAHT ALTDVSLTVP DRGYLAIIGH TGSGKSTLIQ QLNALLKPTS GTIKIDEFTI TPETTNAALK PLRQHVGMV FQFPENQLFE ETVRQDIAFG PKNFGMADAD ALALADEMLT TVGLDQSYAE RSPFELSGGQ MRRVAIAGVL A MQPKVLVL ...文字列:
AIAFEHVTYT YQAGTPMAHT ALTDVSLTVP DRGYLAIIGH TGSGKSTLIQ QLNALLKPTS GTIKIDEFTI TPETTNAALK PLRQHVGMV FQFPENQLFE ETVRQDIAFG PKNFGMADAD ALALADEMLT TVGLDQSYAE RSPFELSGGQ MRRVAIAGVL A MQPKVLVL DEPTAGLDPQ GRQEMMRLFA RLHQEQGLTI VLVTHQMEDV AQYAEQVAVM HEGRLMKFGT PADVFSNREW LQ DHQLDVP QAAQFARRLR DRGLTFPKQP LTADQLADYL AQQWAQRGAD HV

UniProtKB: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2

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分子 #3: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT

分子名称: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Levilactobacillus brevis ATCC 367 (バクテリア)
分子量理論値: 30.321086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSNFIFGRYL PLDSVVHRLD PRAKLMLSFC YIIVVFLANN IWSYAILIAF TVGAILSSKI SLGFFLKGIR PLLWLIVFTV VLQLLFSPA GGHTYFHWAF INVTQDGLIN AGYIFVRFLL IIMMSTLLTL STQPLDIATG LASLMKPLRW VKVPVDTLAM M LSIALRFV ...文字列:
MSNFIFGRYL PLDSVVHRLD PRAKLMLSFC YIIVVFLANN IWSYAILIAF TVGAILSSKI SLGFFLKGIR PLLWLIVFTV VLQLLFSPA GGHTYFHWAF INVTQDGLIN AGYIFVRFLL IIMMSTLLTL STQPLDIATG LASLMKPLRW VKVPVDTLAM M LSIALRFV PTLMDEATKI MNAQRARGVD FGEGGLFKQA KSLIPLMVPL FMSAFNRAED LSTAMEARGY QDSEHRSQYR IL TWQRRDT VTWLLFLLGF VAILIFRHW

UniProtKB: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT

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分子 #4: Folate family ECF transporter S component

分子名称: Folate family ECF transporter S component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Levilactobacillus brevis ATCC 367 (バクテリア)
分子量理論値: 19.82307 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKTMAKTQLP KLDTLSMVTM GVLMALQLVI SRFSVGNNFI KVSFTFLIVA LIAKWFGPWW GMLTAAVVDV IGTLMTGGPF FIGFTVSAV LGSLIYAVFL YRQPVSWWRV IGASVLIALL VNTLLNTLWV TIMYQTPFWS LLPVRALKEL IVTPVQIVLV Y LLLKSQVI QMIQARLNK

UniProtKB: Folate family ECF transporter S component

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 30 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 400650
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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