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万見
- EMDB-62609: Cryo-EM structure of Leptospirillum ferriphilum helicase Dda -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62609
タイトルCryo-EM structure of Leptospirillum ferriphilum helicase Dda
マップデータ
試料
  • 複合体: LfDda
    • タンパク質・ペプチド: Putative deoxyribonuclease
キーワードHelicases / nanopore sequencing / Leptospirillum ferriphilum / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / AAA domain / DNA helicase activity / : / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Putative deoxyribonuclease
機能・相同性情報
生物種Leptospirillum ferriphilum (strain ML-04) (バクテリア) / Leptospirillum ferriphilum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Liu RH / Liu JD / Zhang K / He SJ / Feng QS / Dai J / Guo XR / Fu Y / Li Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Leptospirillum ferriphilum helicase Dda
著者: Liu RH / Liu JD / Zhang K / He SJ / Feng QS / Dai J / Guo XR / Fu Y / Li Y
履歴
登録2024年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62609.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62609.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.67 Å/pix.
x 480 pix.
= 320.64 Å		0.67 Å/pix.
x 480 pix.
= 320.64 Å		0.67 Å/pix.
x 480 pix.
= 320.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.668 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0
最小 - 最大-37.883353999999997 - 67.486534000000006
平均 (標準偏差)0.000000000002111 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 320.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62609_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62609_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LfDda

全体名称: LfDda
要素
  • 複合体: LfDda
    • タンパク質・ペプチド: Putative deoxyribonuclease

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超分子 #1: LfDda

超分子名称: LfDda / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Leptospirillum ferriphilum (strain ML-04) (バクテリア)

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分子 #1: Putative deoxyribonuclease

分子名称: Putative deoxyribonuclease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leptospirillum ferriphilum (バクテリア) / 株: ML-04
分子量理論値: 47.59716 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNSLTLTSDQ ENALEGMKAF CANSLDKNWP AALLQGYAGT GKTTLLGVLV SSLVEKGYKV AVTAPTNKAV SVLMEKVPDA SCHATIHSL LGLALQEEGE TQKLVSSGTS CVNDFDVVIV DECSMIGADL LSMIRGRPKF IFVGDPAQLP PVNEIFSPVF R SVGLRWSL ...文字列:
MNSLTLTSDQ ENALEGMKAF CANSLDKNWP AALLQGYAGT GKTTLLGVLV SSLVEKGYKV AVTAPTNKAV SVLMEKVPDA SCHATIHSL LGLALQEEGE TQKLVSSGTS CVNDFDVVIV DECSMIGADL LSMIRGRPKF IFVGDPAQLP PVNEIFSPVF R SVGLRWSL SKIVRQAEGN AIIDLSAEIR LKSEEGVPMT LEDIKSILEG KLEACCMSGI DLVSALTHEW KEGRDSRILA WR NATVDFY NRAIFSSLYP DATTPFVPGQ TAIVGSSFEV DPDAHVRLDT SEEVTILSLE PGERLGVPVF LARVQRASGE TWT LPIPRS SSDFAREVKA SFSEWRFWKN QVKASPSASE ASEADRKASA FLKKGWALKK GIADLRHPWA MTVHKAQGST YDTV FVDWN DLRAIPSDDF LRILYTAVTR PSRYLAICH

UniProtKB: Putative deoxyribonuclease

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67213
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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