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万見
- EMDB-62607: Cas12a-PCPS-light -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62607
タイトルCas12a-PCPS-light
マップデータ
試料
  • 複合体: Cas12a-PCPS-dark
    • タンパク質・ペプチド: LbCas12a
    • RNA: RNA (25-MER)
キーワードCas12a-PCPS-dark / DNA BINDING PROTEIN/RNA / header DNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / CRISPR-associated endonuclease Cpf1 PI domain / : / CRISPR-associated endonuclease Cpf1 REC2 domain / CRISPR-associated endonuclease Cas12a / Cas12a, REC1 domain / Cas12a, RuvC nuclease domain / Cas12a, nuclease domain / Alpha helical recognition lobe domain / Nuclease domain / RuvC nuclease domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhang MF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Scalable modulation of CRISPR‒Cas enzyme activity using photocleavable phosphorothioate DNA.
著者: Menglu Hu / Bingni Zhang / Yuanyue Shan / Feng Cao / Yihui Wang / Weiwei Qi / Xue Wang / Yuting Shen / Xinyi Guo / Mengmeng Zhang / Tian Tian / Wei Xie / Mingfeng Zhang / Fang Liang / ...著者: Menglu Hu / Bingni Zhang / Yuanyue Shan / Feng Cao / Yihui Wang / Weiwei Qi / Xue Wang / Yuting Shen / Xinyi Guo / Mengmeng Zhang / Tian Tian / Wei Xie / Mingfeng Zhang / Fang Liang / Duanqing Pei / Xiaoming Zhou /
要旨: The regulation of CRISPR‒Cas activity is critical for developing advanced biotechnologies. Optical control of CRISPR‒Cas system activity can be achieved by modulation of Cas proteins or guide RNA ...The regulation of CRISPR‒Cas activity is critical for developing advanced biotechnologies. Optical control of CRISPR‒Cas system activity can be achieved by modulation of Cas proteins or guide RNA (gRNA), but these approaches either require complex protein engineering modifications or customization of the optically modulated gRNAs according to the target. Here, we present a method, termed photocleavable phosphorothioate DNA (PC&PS DNA)-mediated regulation of CRISPR‒Cas activity (DNACas), that is versatile and overcomes the limitations of conventional methods. In DNACas, CRISPR‒Cas activity is silenced by the affinity binding of PC&PS DNA and restored through light-triggered chemical bond breakage of PC&PS DNA. The universality of DNACas is demonstrated by adopting the PC&PS DNA to regulate various CRISPR‒Cas enzymes, achieving robust light-switching performance. DNACas is further adopted to develop a light-controlled one-pot LAMP-BrCas12b detection method and a spatiotemporal gene editing strategy. We anticipate that DNACas could be employed to drive various biotechnological advances.
履歴
登録2024年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62607.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.57 Å/pix.
x 512 pix.
= 291.84 Å		0.57 Å/pix.
x 512 pix.
= 291.84 Å		0.57 Å/pix.
x 512 pix.
= 291.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.57 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.34127936 - 0.47792003
平均 (標準偏差)-0.00013363338 (±0.009116374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 291.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62607_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62607_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cas12a-PCPS-dark

全体名称: Cas12a-PCPS-dark
要素
  • 複合体: Cas12a-PCPS-dark
    • タンパク質・ペプチド: LbCas12a
    • RNA: RNA (25-MER)

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超分子 #1: Cas12a-PCPS-dark

超分子名称: Cas12a-PCPS-dark / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)

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分子 #1: LbCas12a

分子名称: LbCas12a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)
分子量理論値: 143.489859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SKLEKFTNCY SLSKTLRFKA IPVGKTQENI DNKRLLVEDE KRAEDYKGVK KLLDRYYLSF INDVLHSIKL KNLNNYISLF RKKTRTEKE NKELENLEIN LRKEIAKAFK GNEGYKSLFK KDIIETILPE FLDDKDEIAL VNSFNGFTTA FTGFFDNREN M FSEEAKST ...文字列:
SKLEKFTNCY SLSKTLRFKA IPVGKTQENI DNKRLLVEDE KRAEDYKGVK KLLDRYYLSF INDVLHSIKL KNLNNYISLF RKKTRTEKE NKELENLEIN LRKEIAKAFK GNEGYKSLFK KDIIETILPE FLDDKDEIAL VNSFNGFTTA FTGFFDNREN M FSEEAKST SIAFRCINEN LTRYISNMDI FEKVDAIFDK HEVQEIKEKI LNSDYDVEDF FEGEFFNFVL TQEGIDVYNA II GGFVTES GEKIKGLNEY INLYNQKTKQ KLPKFKPLYK QVLSDRESLS FYGEGYTSDE EVLEVFRNTL NKNSEIFSSI KKL EKLFKN FDEYSSAGIF VKNGPAISTI SKDIFGEWNV IRDKWNAEYD DIHLKKKAVV TEKYEDDRRK SFKKIGSFSL EQLQ EYADA DLSVVEKLKE IIIQKVDEIY KVYGSSEKLF DADFVLEKSL KKNDAVVAIM KDLLDSVKSF ENYIKAFFGE GKETN RDES FYGDFVLAYD ILLKVDHIYD AIRNYVTQKP YSKDKFKLYF QNPQFMGGWD KDKETDYRAT ILRYGSKYYL AIMDKK YAK CLQKIDKDDV NGNYEKINYK LLPGPNKMLP KVFFSKKWMA YYNPSEDIQK IYKNGTFKKG DMFNLNDCHK LIDFFKD SI SRYPKWSNAY DFNFSETEKY KDIAGFYREV EEQGYKVSFE SASKKEVDKL VEEGKLYMFQ IYNKDFSDKS HGTPNLHT M YFKLLFDENN HGQIRLSGGA ELFMRRASLK KEELVVHPAN SPIANKNPDN PKKTTTLSYD VYKDKRFSED QYELHIPIA INKCPKNIFK INTEVRVLLK HDDNPYVIGI DRGERNLLYI VVVDGKGNIV EQYSLNEIIN NFNGIRIKTD YHSLLDKKEK ERFEARQNW TSIENIKELK AGYISQVVHK ICELVEKYDA VIALEDLNSG FKNSRVKVEK QVYQKFEKML IDKLNYMVDK K SNPCATGG ALKGYQITNK FESFKSMSTQ NGFIFYIPAW LTSKIDPSTG FVNLLKTKYT SIADSKKFIS SFDRIMYVPE ED LFEFALD YKNFSRTDAD YIKKWKLYSY GNRIRIFRNP KKNNVFDWEE VCLTSAYKEL FNKYGINYQQ GDIRALLCEQ SDK AFYSSF MALMSLMLQM RNSITGRTDV DFLISPVKNS DGIFYDSRNY EAQENAILPK NADANGAYNI ARKVLWAIGQ FKKA EDEKL DKVKIAISNK EWLEYAQTSV

UniProtKB: LbCas12a

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分子 #2: RNA (25-MER)

分子名称: RNA (25-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.041781 KDa
配列文字列:
AAUUUCUACU AAGUGUAGAU GGGGU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI MORGAGNI
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84400
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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