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- EMDB-62500: Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to VNAR -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62500
タイトルChlorella virus Hyaluronan Synthase bound to VNAR
マップデータ
試料
  • 複合体: Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to VNAR.
    • タンパク質・ペプチド: Hyaluronan synthase
    • タンパク質・ペプチド: VNAR
  • リガンド: URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードChlorella virus Hyaluronan Synthase / membrane-integrated glycosyltransferase / TRANSFERASE
機能・相同性hyaluronan synthase activity / Glycosyltransferase like family 2 / hyaluronan biosynthetic process / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / plasma membrane / Hyaluronan synthase
機能・相同性情報
生物種Chlorella virus (ウイルス) / Chiloscyllium plagiosum (シロボシテンジク)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Deng P / Zhang X / Xu M / Wen J / Li P / Bi Y / Wang H
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2025
タイトル: Generation of shark single-domain antibodies as an aid for Cryo-EM structure determination of membrane proteins: Use hyaluronan synthase as an example.
著者: Penghui Deng / Xiaoyue Zhang / Jianqing Wen / Mingce Xu / Pengwei Li / Hao Wang / Yunchen Bi /
要旨: In cartilaginous fish, the immunoglobulin new antigen receptor (IgNAR) is naturally devoid of light chains. The variable regions of IgNAR (VNARs) are solely responsible for antigen recognition, ...In cartilaginous fish, the immunoglobulin new antigen receptor (IgNAR) is naturally devoid of light chains. The variable regions of IgNAR (VNARs) are solely responsible for antigen recognition, similar to VHHs (variable domain of the heavy chain of heavy-chain antibodies) in camelids. Although VNARs have attracted growing interest, generating VNARs against membrane proteins remains challenging. Furthermore, the structure of a VNAR in complex with a membrane protein has not yet been reported. This study features a membrane protein, Chlorella virus hyaluronan synthase (CvHAS), and provides a comprehensive methodological approach to generate its specific shark VNARs, addressing several major concerns and important optimizations. We showed that shark physiological urea pressure was tolerable for CvHAS, and indirect immobilization was strongly preferred over passive adsorption for membrane proteins. Together with optimizations to improve mononuclear cell (MC) viability and VNAR expression efficiency, we successfully generated S2F6, a CvHAS-specific VNAR with nM-level high affinity. The structure of the CvHAS-S2F6 complex was then determined by cryogenic electron microscopy (cryo-EM), reporting the first membrane protein and VNAR complex structure. It shows that S2F6 binds to the cytoplasmic domain of CvHAS, with a different epitope than the reported CvHAS-specific VHHs. This study provides valuable insights into developing VNARs for membrane proteins and their applications in structural biology.
履歴
登録2024年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62500.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62500.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.46 Å/pix.
x 420 pix.
= 193.2 Å		0.46 Å/pix.
x 420 pix.
= 193.2 Å		0.46 Å/pix.
x 420 pix.
= 193.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.46 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.043907374 - 0.0895769
平均 (標準偏差)0.00068829104 (±0.003580454)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 193.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62500_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62500_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to VNAR.

全体名称: Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to VNAR.
要素
  • 複合体: Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to VNAR.
    • タンパク質・ペプチド: Hyaluronan synthase
    • タンパク質・ペプチド: VNAR
  • リガンド: URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

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超分子 #1: Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to VNAR.

超分子名称: Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to VNAR. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Chlorella virus (ウイルス)
分子量理論値: 79.708 kDa/nm

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分子 #1: Hyaluronan synthase

分子名称: Hyaluronan synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella virus (ウイルス)
分子量理論値: 65.337469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGTSWRTIVS ANLFAVGGAL LMLAPAIVGY VFQWNIGVSA VWGISVYGVF VLGFYIAQIV FSEFNRMRLS DWISLRPDNW NATRVAVII AGYREDPFMF KKCLESVRDS EYGNVARLIC VIDGDEEEDL KMAEIYKQVY NDNVKKPGVV LCESENKNGS T IDSDVSKN ...文字列:
MGTSWRTIVS ANLFAVGGAL LMLAPAIVGY VFQWNIGVSA VWGISVYGVF VLGFYIAQIV FSEFNRMRLS DWISLRPDNW NATRVAVII AGYREDPFMF KKCLESVRDS EYGNVARLIC VIDGDEEEDL KMAEIYKQVY NDNVKKPGVV LCESENKNGS T IDSDVSKN ICILQPHRGK RESLYTGFQL ASMDPSVHAV VLIDSDTVLE KNAILEVVYP LSCDPNIKAV AGECKIWNTD TI LSMLVSW RYFSAFNVER GAQSLWKTVQ CVGGPLGAYT IDIINEIKDP WITQTFLGNK CTYGDDRRLT NEVLMRGKKI VYT PFAVGW SDSPTNVMRY IVQQTRWSKS WCREIWYTLG SAWKHGFSGI YLAFECMYQI MYFFLVMYLF SYIAIKADIR AQTA TVLVS TLVTIIKSSY LALRAKNLKA FYFVLYTYVY FFCMIPARIT AMFTMFDIAW GTRGGNAKMT IGARVWLWAK QFLIT YMWW AGVLAAGVYS IVDNWYFDWA DIQYRFALVG ICSYLVFVSI VLVIYLIGKI TTWNYTPLQK ELIEERYLHN ASENAP EVL EHHHHHH

UniProtKB: Hyaluronan synthase

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分子 #2: VNAR

分子名称: VNAR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chiloscyllium plagiosum (シロボシテンジク)
分子量理論値: 14.473181 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
HHHHHHSSGL VPRGSGMLEV LFQGPQRVEQ TPTTTTKEAG ESLTINCVLR DSACALDNTY WYFTKKGATK KESLSNGGRY AETVNKASK SSSLRISDLR VEDSGTYHCK AYTAGIGCWN IFYEGGGTIL TVK

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分子 #3: URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE

分子名称: URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: UD1
分子量理論値: 607.354 Da
Chemical component information

ChemComp-UD1:
URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc

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分子 #4: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI MORGAGNI
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7sp7

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 263915
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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