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- EMDB-62499: PSII-FCPII supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62499
タイトルPSII-FCPII supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
マップデータCryo-EM map of a PSII-FCPII supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis.
試料
  • 複合体: Photosystem II (PSII)-fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII) supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 16種
キーワードphotosystem II / photosynthesis / chlorophyll / light-harvesting complex / energy transfer / LHCII / FCPII / coccolithophore / haptophyte
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chloroplast thylakoid membrane ...thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / : / photosynthesis / chloroplast / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II protein D1 ...Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Light harvesting protein / Photosystem II protein D1 / H(+)-exporting diphosphatase / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chrysotila roscoffensis (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者La Rocca R / Kato K / Tsai P-C / Nakajima Y / Akita F / Shen J-R
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure of a photosystem II-FCPII supercomplex from a haptophyte reveals a distinct antenna organization.
著者: Romain La Rocca / Koji Kato / Pi-Cheng Tsai / Yoshiki Nakajima / Fusamichi Akita / Jian-Ren Shen /
要旨: Haptophytes are unicellular algae that produce 30 to 50% of biomass in oceans. Among haptophytes, a subset named coccolithophores is characterized by calcified scales. Despite the importance of ...Haptophytes are unicellular algae that produce 30 to 50% of biomass in oceans. Among haptophytes, a subset named coccolithophores is characterized by calcified scales. Despite the importance of coccolithophores in global carbon fixation and CaCO production, their energy conversion system is still poorly known. Here we report a cryo-electron microscopic structure of photosystem II (PSII)-fucoxanthin chlorophyll c-binding protein (FCPII) supercomplex from Chyrostila roscoffensis, a representative of coccolithophores. This complex has two sets of six dimeric and monomeric FCPIIs, with distinct orientations. Interfaces of both FCPII/FCPII and FCPII/core differ from previously reported. We also determine the sequence of Psb36, a subunit previously found in diatoms and red algae. The principal excitation energy transfer (EET) pathways involve mainly 5 FCPIIs, where one FCPII monomer mediates EET to CP47. Our findings provide a solid structural basis for EET and energy dissipation pathways occurring in coccolithophores.
履歴
登録2024年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62499.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62499.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of a PSII-FCPII supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 436.2 Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 436.2 Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 436.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.727 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.10989528 - 0.29804572
平均 (標準偏差)0.00009293009 (±0.0072639408)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 436.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62499_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map (A).

ファイルemd_62499_half_map_1.map
注釈Half map (A).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map (B).

ファイルemd_62499_half_map_2.map
注釈Half map (B).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem II (PSII)-fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein...

全体名称: Photosystem II (PSII)-fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII) supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
要素
  • 複合体: Photosystem II (PSII)-fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII) supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H (psbH)
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I (psbI)
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K (psbK)
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M (psbM)
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein W (psbW)
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein X (psbX)
  • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-1)
  • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-5)
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Psb36
  • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-2)
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
  • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
  • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-4)
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Photosystem II (PSII)-fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein...

超分子名称: Photosystem II (PSII)-fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII) supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #5-#11, #13-#15
詳細: PSII-FCPII supercomplex containing two sets of 6 symmetrical FCPII.
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)

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分子 #1: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-1)

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-1)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 18.30784 KDa
配列文字列:
MGYENELGVI EPTGFFDPLG LSANIDEETF AQYRTAELKH GRVAQLCVIG YVVPEIYRFP GEIAPGVAFA DIPNGVAAIN AIPSLGWLQ MIFFIGAVDY WGVLGDFDIG KPKLDPDELE KRQVQELQHG RLAMIATLEL LRHDSQNLVT PGFDGLDTLI T GLPFLY

+
分子 #2: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-5)

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-5)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 18.451154 KDa
配列文字列:
MGYETELGVI PPTGFFDPLG LSKNIDEETF AQYRTAELKH GRVAQLCVIG YVVPEFYRFP GIIAPGVPFA DIPNGVAAIN AIPALGWFQ MVFLIGAVDY WGVLGDFDAG KPDLAPEELE KRKLQELQHG RLAMLAVLEL LRHDSQNLVK PGFDGLDNLI T GFPFLYN

+
分子 #3: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 39.588004 KDa
配列文字列: MTTTLERRES ASFWEQFCAW ITSTENRLYI GWFGCLMFPT LLTATSAYII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVVPSSNAI GVHFYPIWEA ASIDEWLYNG GPYQLVVFHF FIGVCAYIGR EWELSYRLGM RPWICVAFSA PVAAAAAVFV I YPIGQGSF ...文字列:
MTTTLERRES ASFWEQFCAW ITSTENRLYI GWFGCLMFPT LLTATSAYII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVVPSSNAI GVHFYPIWEA ASIDEWLYNG GPYQLVVFHF FIGVCAYIGR EWELSYRLGM RPWICVAFSA PVAAAAAVFV I YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMLVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETS ENESLNYGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRALHFFLGA WPVVGIWFTA MGVATMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADI LNRSNL GMEVMHERNA HNFPLDLAAG ESLPVALVAP AVAA

UniProtKB: Photosystem II protein D1

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分子 #4: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 56.32425 KDa
配列文字列: MALPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMARLG VTDSWGGWSI TGESVSNPG IWSFEGVALT HIVLSGLCFL AAIWHWVYWD LELFRDPRTG EPALDLPKIF GIHLFLASLL CFGFGAFHVT G AFGPGIWV ...文字列:
MALPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMARLG VTDSWGGWSI TGESVSNPG IWSFEGVALT HIVLSGLCFL AAIWHWVYWD LELFRDPRTG EPALDLPKIF GIHLFLASLL CFGFGAFHVT G AFGPGIWV SDAYGVTGRV QAVAPAWGPE GFNPFNPGGI ASHHIAAGIL GILAGVFHLT IRPPQRLYRA LRMGNIETVL SS SISAVFF AAFITSGTMW YGAATTPIEL FGPTRYQWDS GYFQQEIERR VEASISEGLS LSQAWSRIPD KLAFYDYIGN NPA KGGLFR AGPMNKGDGI AEAWLGHPVF QDKEGRELTV RRMPAFFETF PVILVDKDGI VRADIPFRRA ESKYSIEQVG VSCN FYGGK LNGQVFTDAP TVKKYARKSQ LGEVFEFDRT TLESDGVFRS SPRGWYTFGH ANFALLFFLG HLWHGGRTLF RDVFA GIGA EVLEQVEFGA FQKLGDKSTK KQGIV

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 9.22033 KDa
配列文字列:
GGSTGERPFS DIITSIRYWI IHSITIPSLF VAGFLFVSTG LAYDAFGTPR PNEYFTQDRQ QIPLVNDRFS AKQELEDLTK GL

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 4.858744 KDa
配列文字列:
MINTNQPVAY PIFTFRWLTI HALAVPTVFF LGAITSMQFI QR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein H (psbH)

分子名称: Photosystem II reaction center protein H (psbH) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 7.259597 KDa
配列文字列:
MALRTRLGEI LRPLNAEYGK VAPGWGTTSV MGVFMALFLV FLVIILQIYN SSIILENVDV DWVTV

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein I (psbI)

分子名称: Photosystem II reaction center protein I (psbI) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 4.461228 KDa
配列文字列:
MFTLKILVYT VVIFFISLFT FGFLSSDPSR NPNRKDLE

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein K (psbK)

分子名称: Photosystem II reaction center protein K (psbK) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 4.461356 KDa
配列文字列:
LLSALPEPYT AFRPIVDVMP AIPVLFLLLA FVWQASVGFR

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 4.393113 KDa
配列文字列:
MSAPNPNKQP VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSSYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein M (psbM)

分子名称: Photosystem II reaction center protein M (psbM) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 13.414595 KDa
配列文字列:
LCIGRSAAAA MKLTLAFACL AAVEAFVQQP ALRPMQSKMA VSKLASSPSM SLETSSIAQL SETLAGVVAV DGGTIGLEVS FGAFLAVIL GLFIPVVFLV TLYIQSEAQG TATNFRLPDK APGVPGDRYD A

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein Psb36

分子名称: Photosystem II reaction center protein Psb36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 3.458977 KDa
配列文字列:
MAVASNAGDF GGYTIPIIGL GLIGATIALL AGPVDE

UniProtKB: H(+)-exporting diphosphatase

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 3.77666 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL IGTLIVIFFA IFFRDPPRIV KK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein W (psbW)

分子名称: Photosystem II reaction center protein W (psbW) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 5.643089 KDa
配列文字列:
GTGKALGIND DSLGFVLIGV TAVIGLAWAQ WQSYQDDGDD FFDTYDSRRA AAA

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein X (psbX)

分子名称: Photosystem II reaction center protein X (psbX) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 3.674456 KDa
配列文字列:
MTPSLSAFLS SVILAVVIIV IPIGAALVFV STSDKI

+
分子 #16: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-2)

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-2)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 24.920742 KDa
配列文字列: MKAPPPKAKG RGWLQKARIA DEIDVTGSQY VNVAGLTPQY DEIGVLPPLG RWDPLNIKGQ GEARYRRFVE MEIKHGRMAM AAVLGVLTT YSGIRFPGYL SKTLDLKFED VPGTMIGSWA TVPVTGWIQI VLFVVLLEAS WWKQDPAKAP GDVVPEGVWW A RYPDGYSI ...文字列:
MKAPPPKAKG RGWLQKARIA DEIDVTGSQY VNVAGLTPQY DEIGVLPPLG RWDPLNIKGQ GEARYRRFVE MEIKHGRMAM AAVLGVLTT YSGIRFPGYL SKTLDLKFED VPGTMIGSWA TVPVTGWIQI VLFVVLLEAS WWKQDPAKAP GDVVPEGVWW A RYPDGYSI FLGDGSVKTV AEDELFLGKT WKLNAERNNG RAAMMGITGM YVHELLTGNP VYPLGEL

+
分子 #17: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 39.143762 KDa
配列文字列: MTIAIGQKQD RGVFDLIDDW LKRDRFVFVG WSGLLLFPCA FLAVGGWLTG ITFVTSWYTH GLASSFLEGC NFLTAAVSTP ANSMGHSLL LLWGPEAQGD ITRWFQIGGL WTFVALHGSF GVIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AVFVTVFLVY P LGQASWFF ...文字列:
MTIAIGQKQD RGVFDLIDDW LKRDRFVFVG WSGLLLFPCA FLAVGGWLTG ITFVTSWYTH GLASSFLEGC NFLTAAVSTP ANSMGHSLL LLWGPEAQGD ITRWFQIGGL WTFVALHGSF GVIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AVFVTVFLVY P LGQASWFF APSFGVAAIF RFLLFLQGFH NWTLNPFHMM GVAGILGGAL LCAIHGATVE NTLFEDGDAA NTFRAFTPTQ SE ETYSMVT ANRFWSQIFG VAFSNKRWLH FFMLFVPVAG MWTSSLGIVG LALNLRSYDF VSQELRAAED PEFETFYTKN NLL NEGIRS WMAAQDQPHE NFIFPEEVLP RGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #18: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 48.73373 KDa
配列文字列: ESTGFAWWSG NARLINVSGK LLGAHVAHAG LMVFWCGAMT LFEVAHYIPE KPLYEQGCIL IPHLTTLGWG VGPGGEVTDV YPFFVVGVL HLISSAVLGF GGVYHSLIGP DTLEESFPFF GYDWRDKNKM TTILGIHLIL LGIGSFLLVA KACFVGGLYD T WAPGGGDV ...文字列:
ESTGFAWWSG NARLINVSGK LLGAHVAHAG LMVFWCGAMT LFEVAHYIPE KPLYEQGCIL IPHLTTLGWG VGPGGEVTDV YPFFVVGVL HLISSAVLGF GGVYHSLIGP DTLEESFPFF GYDWRDKNKM TTILGIHLIL LGIGSFLLVA KACFVGGLYD T WAPGGGDV RIVTAPTLNP LIIFGYVLKS PFGGDGWIIS VNNLEDLVGG HIWLGFLCVV GGIWHILTKP FAWARRTFVW SG EAYLSYS LAALSVMGLT ASVFVWYNNT AYPSEFFGPT GPEASQSQAF TFLVRDQRLG ANVASAQGPT GLGKYLMRSP SGE IIFGGE TMRFWDMRAP WVEPLRGPNG LDLNKIRNDI QPWQERRAAE YMTHAPLGAL NSVGGVATEI NSVNYVSPRS WLTT SHFFL GFFLWVGHLW HAGRARAAAA GFEKGINREN EPVLSMRPLD

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #19: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 23.662523 KDa
配列文字列: MTPETICLLL ADVVKMISVV LGSLAFNGLV TPAPTRAAVS MSAISPGDIG TTRPLGVFDP LKLMEKNPGK YRRFQEMEIK HGRIAMLAT LHVFITGAGY KWPGYCSYLS FPPLKFEDIP AGTLASWAAL PQAGWAQIVA VVAILDNSLF AQDPNREPGD V AGDLPWVR ...文字列:
MTPETICLLL ADVVKMISVV LGSLAFNGLV TPAPTRAAVS MSAISPGDIG TTRPLGVFDP LKLMEKNPGK YRRFQEMEIK HGRIAMLAT LHVFITGAGY KWPGYCSYLS FPPLKFEDIP AGTLASWAAL PQAGWAQIVA VVAILDNSLF AQDPNREPGD V AGDLPWVR YDDPKVKEYK LNIERNNGRA AMMGIIGMMT HEYLTGNPLY PLSYEPVV

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #20: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-4)

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-4)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 18.438115 KDa
配列文字列:
MSYESELGVI PPTGFFDPLG LSKNIDEETF AQYRTAELKH GRVAQLCVIG YIVPEIYRFP GEIAPGVAFA DIPNGVAAIN AIPALGWFQ MVFLIGAVDY WGFLGDFEAG KPDLAPEELE KRKLQELQHG RLAMLAVLEL LRHDSQNLVS PGFDGLDKLI T GLPFLYN

+
分子 #21: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 156 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #22: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 4 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
分子 #23: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 28 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #24: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 36 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

+
分子 #25: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 18 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #26: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #27: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 8 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #28: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 21 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #29: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 9 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #30: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #31: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 5 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #32: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #33: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸 / pH緩衝剤*YM

+
分子 #34: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #35: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 2 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #36: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 181 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.53 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
50.0 mMNaClsodium chloride
0.05 %alpha-DDMn-Dodecyl alpha-maltoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Light was turned off during the blot..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction
最終 再構成使用したクラス数: 12 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 38582
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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